公开(公告)号：US10385391B2

公开(公告)日：2019-08-20

申请号：US13497069

申请日：2010-09-22

申请人： Frederick P. Roth ,  Joseph C. Mellor ,  Yong Lu ,  Mark Chee

发明人： Frederick P. Roth ,  Joseph C. Mellor ,  Yong Lu ,  Mark Chee

IPC分类号： C40B20/00 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/6874

摘要： Methods and compositions are provided for performing a set of N DNA sequencing reaction cycles whereby sequence information is obtained for approximately 2*N nucleotide bases.

公开(公告)号：US20120245039A1

公开(公告)日：2012-09-27

申请号：US13497069

申请日：2010-09-22

申请人： Frederick P. Roth ,  Joseph C. Mellor ,  Yong Lu ,  Mark Chee

发明人： Frederick P. Roth ,  Joseph C. Mellor ,  Yong Lu ,  Mark Chee

IPC分类号： C40B20/00 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6874 ,  C12Q2565/518 ,  C12Q2525/191 ,  C12Q2525/185

摘要： Methods and compositions are provided for performing a set of N DNA sequencing reaction cycles whereby sequence information is obtained for approximately 2*N nucleotide bases.

摘要翻译： 提供了用于进行一组N DNA测序反应循环的方法和组合，其中获得大约2 * N个核苷酸碱基的序列信息。

公开(公告)号：US20140135233A1

公开(公告)日：2014-05-15

申请号：US14157323

申请日：2014-01-16

申请人： John R. Stuelpnagel ,  Mark Chee

发明人： John R. Stuelpnagel ,  Mark Chee

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12N15/1093 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6834 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6876 ,  G11C7/1048 ,  H03K19/0966 ,  Y10S977/792 ,  C12Q2525/197 ,  C12Q2523/107

摘要： The present invention is directed to methods and compositions for generating a pool of oligonucleotides. The invention finds use in preparing a population or subpopulations of oligonucleotides in solution. The pool of oligonucleotides finds use in a variety of nucleic acid detection and/or amplification assays.

摘要翻译： 本发明涉及用于产生寡核苷酸库的方法和组合物。 本发明用于制备溶液中寡核苷酸的群体或亚群。 寡核苷酸库可用于各种核酸检测和/或扩增测定。

公开(公告)号：US20120329677A9

公开(公告)日：2012-12-27

申请号：US11506176

申请日：2006-08-18

申请人： Maureen T. Cronin ,  Charles Garrett Miyada ,  Earl A. Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen P.A. Fodor ,  Xiaohua C. Huang ,  Robert J. Lipshutz ,  Peter E. Lobban ,  MacDonald S. Morris ,  Edward L. Sheldon

发明人： Maureen T. Cronin ,  Charles Garrett Miyada ,  Earl A. Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen P.A. Fodor ,  Xiaohua C. Huang ,  Robert J. Lipshutz ,  Peter E. Lobban ,  MacDonald S. Morris ,  Edward L. Sheldon

IPC分类号： C40B40/06 ,  C40B50/14

CPC分类号： C12Q1/6874 ,  C12Q1/6886

摘要： The invention provides arrays of immobilized probes, and methods employing the arrays, for detecting mutations in the CFTR gene.

摘要翻译： 本发明提供了固定化探针的阵列，以及采用阵列的方法，用于检测CFTR基因中的突变。

公开(公告)号：US07612020B2

公开(公告)日：2009-11-03

申请号：US10767476

申请日：2004-01-28

申请人： John Stuelpnagel ,  Mark Chee ,  Steven Auger

发明人： John Stuelpnagel ,  Mark Chee ,  Steven Auger

IPC分类号： C40B40/00 ,  C40B40/06 ,  C40B60/00 ,  G01N33/543

CPC分类号： B01J19/0046 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00382 ,  B01J2219/005 ,  B01J2219/00511 ,  B01J2219/00524 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00648 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00704 ,  B01J2219/0072 ,  B01J2219/00722 ,  C40B40/06 ,  G01N33/54393

摘要： The invention relates to sensor compositions comprising a composite array of individual arrays, to allow for simultaneous processing of a number of samples. The invention further provides methods of making and using the composite arrays. The invention further provides a hybridization chamber for use with a composite array.

摘要翻译： 本发明涉及包括单独阵列的复合阵列的传感器组合物，以允许同时处理多个样品。 本发明还提供了制备和使用复合阵列的方法。 本发明还提供了一种与复合阵列一起使用的杂交室。

公开(公告)号：US07399584B2

公开(公告)日：2008-07-15

申请号：US09510378

申请日：2000-02-22

申请人： Maureen T. Cronin ,  Charles Garrett Miyada ,  Earl A. Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen P. A. Fodor ,  Xiaohua C. Huang ,  Robert J. Lipshutz ,  Peter E. Lobban ,  MacDonald S. Morris ,  Edward L. Sheldon

发明人： Maureen T. Cronin ,  Charles Garrett Miyada ,  Earl A. Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen P. A. Fodor ,  Xiaohua C. Huang ,  Robert J. Lipshutz ,  Peter E. Lobban ,  MacDonald S. Morris ,  Edward L. Sheldon

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C12M1/34 ,  C07H21/00

CPC分类号： C07H21/00 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q1/6883 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  C12Q2565/513

摘要： The invention provides methods of comparing a target nucleic acid with a reference nucleic acid using nucleic acid arrays.

摘要翻译： 本发明提供了使用核酸阵列比较靶核酸与参考核酸的方法。

公开(公告)号：US20060229824A1

公开(公告)日：2006-10-12

申请号：US11367800

申请日：2006-03-03

申请人： Maureen Cronin ,  Charles Miyada ,  Earl Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen Fodor ,  Xiaohua Huang ,  Robert Lipshutz ,  Peter Lobban ,  MacDonald Morris ,  Edward Sheldon

发明人： Maureen Cronin ,  Charles Miyada ,  Earl Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen Fodor ,  Xiaohua Huang ,  Robert Lipshutz ,  Peter Lobban ,  MacDonald Morris ,  Edward Sheldon

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00644 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/172 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14

摘要： The invention provides arrays of immobilized probes, and methods employing the arrays, for detecting mutations in the biotransformation genes, such as cytochromes P450. For example, one such array comprises four probe sets. A first probe set comprises a plurality of probes, each probe comprising a segment of at least three nucleotides exactly complementary to a subsequence of a reference sequence from a biotransformation gene, the segment including at least one interrogation position complementary to a corresponding nucleotide in the reference sequence. Second, third and fourth probe sets each comprise a corresponding probe for each probe in the first probe set. The probes in the second, third and fourth probe sets are identical to a sequence comprising the corresponding probe from the first probe set or a subsequence of at least three nucleotides thereof that includes the at least one interrogation position, except that the at least one interrogation position is occupied by a different nucleotide in each of the four corresponding probes from the four probe sets.

摘要翻译： 本发明提供了固定化探针的阵列，以及采用该阵列的方法，用于检测生物转化基因如细胞色素P450中的突变。 例如，一个这样的阵列包括四个探针组。 第一探针组包含多个探针，每个探针包含与来自生物转化基因的参考序列的亚序列完全互补的至少三个核苷酸的片段，该片段包含与参考文献中的相应核苷酸互补的至少一个询问位置 序列。 第二，第三和第四探针组各自包括在第一探针组中的每个探针的相应探针。 第二，第三和第四探针组中的探针与包含来自第一探针组的相应探针或包含至少一个询问位置的至少三个核苷酸的亚序列的序列相同，除了至少一个询问 位置由来自四个探针组的四个相应探针中的每一个中的不同核苷酸占据。

公开(公告)号：US20050191698A1

公开(公告)日：2005-09-01

申请号：US11107215

申请日：2005-04-14

申请人： Mark Chee ,  John Stuelpnagel

发明人： Mark Chee ,  John Stuelpnagel

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C40B40/06 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6813 ,  B01J2219/005 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00648 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00707 ,  B01J2219/00722 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06

摘要： The invention relates to DNA sequencing by synthesis techniques, including those utilizing the detection of pyrophosphate (PPi) generated during the DNA synthesis reaction (pyrosequencing). The methods and compositions utilize biosensor arrays comprising microspheres distributed on a surface.

公开(公告)号：US20050170412A1

公开(公告)日：2005-08-04

申请号：US11053164

申请日：2005-02-07

申请人： Erik Gentalen ,  Mark Chee

发明人： Erik Gentalen ,  Mark Chee

IPC分类号： G01N33/53 ,  C12M1/00 ,  C12M1/34 ,  C12N15/09 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6874 ,  G01N33/566 ,  G01N37/00

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2565/543 ,  C12Q2565/513

摘要： The invention provides arrays of polynucleotide probes having at least one pooled position. A typical array comprises a support having at least three discrete regions. A first region bears a pool of polynucleotide probes comprising first and second probes. A second region bears the first probe without the second probe and a third region bears the second probe without the first probe. A target nucleic acid having segments complementary to both the first and second probes shows stronger normalized binding to the first region than to the aggregate of binding to the second and third regions due to cooperative binding of pooled probes in the first region. The invention provide methods of using such arrays for e.g., linkage analysis, sequence analysis, and expression monitoring.

摘要翻译： 本发明提供具有至少一个合并位置的多核苷酸探针阵列。 典型的阵列包括具有至少三个离散区域的支撑件。 第一区域具有包含第一和第二探针的多核苷酸探针池。 第二区域承载第一探针而没有第二探针，第三区域承载第二探针而没有第一探针。 具有与第一和第二探针两者互补的区段的靶核酸由于在第一区域中的合并探针的协同结合而显示比第一区域更强的标准化结合，而不是与第二和第三区域结合的聚集体。 本发明提供了使用这种阵列进行例如连锁分析，序列分析和表达监测的方法。

公开(公告)号：US20050158772A1

公开(公告)日：2005-07-21

申请号：US11021367

申请日：2004-12-23

申请人： David Lockhart ,  Mark Chee ,  Kevin Gunderson ,  Lai Chaoqiang ,  Lisa Wodicka ,  Maureen Cronin ,  Danny Lee ,  Huu Tran ,  Hajime Matsuzaki ,  Glenn McGall ,  Anthony Barone

发明人： David Lockhart ,  Mark Chee ,  Kevin Gunderson ,  Lai Chaoqiang ,  Lisa Wodicka ,  Maureen Cronin ,  Danny Lee ,  Huu Tran ,  Hajime Matsuzaki ,  Glenn McGall ,  Anthony Barone

IPC分类号： C07B61/00 ,  C07H19/052 ,  C07H19/12 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/00 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C07H19/052 ,  C07H19/12 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6809 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q2600/156 ,  C40B40/00 ,  G16B25/00 ,  G16B30/00 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2561/125

摘要： The present invention provides a simplified method for identifying differences in nucleic acid abundances (e.g., expression levels) between two or more samples. The methods involve providing an array containing a large number (e.g. greater than 1,000) of arbitrarily selected different oligonucleotide probes where the sequence and location of each different probe is known. Nucleic acid samples (e.g. mRNA) from two or more samples are hybridized to the probe arrays and the pattern of hybridization is detected. Differences in the hybridization patterns between the samples indicates differences in expression of various genes between those samples. This invention also provides a method of end-labeling a nucleic acid. In one embodiment, the method involves providing a nucleic acid, providing a labeled oligonucleotide and then enzymatically ligating the oligonucleotide to the nucleic acid. Thus, for example, where the nucleic acid is an RNA, a labeled oligoribonucleotide can be ligated using an RNA ligase. In another embodiment, the end labeling can be accomplished by providing a nucleic acid, providing labeled nucleoside triphosphates, and attaching the nucleoside triphosphates to the nucleic acid using a terminal transferase.