公开(公告)号：US20150094236A1

公开(公告)日：2015-04-02

申请号：US14524744

申请日：2014-10-27

申请人： Star Biologics, Inc.

发明人： Yin Chen ,  Xin Xing Tan

IPC分类号： C12N15/113 ,  C12N15/74

CPC分类号： C12N15/113 ,  C07H21/04 ,  C12N15/1034 ,  C12N15/111 ,  C12N15/74 ,  C12N2310/11 ,  C12N2310/111 ,  C12N2310/127 ,  C12N2320/11 ,  C12N2330/31 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q2565/531

摘要： A selectively inducible, single-stranded DNA (ssDNA) expression library, a method for constructing a ssDNA expression library, a method for screening ssDNA using the expression library, and a method for identifying ssDNA molecules that alter expression of bacterial and fungal gene(s) related to cell growth and toxin production and secretion. The screening library is used to, among other things, identify ODNs effective in stopping cell growth, killing bacteria or fungi, or preventing bacteria and/or fungi from synthesizing and secreting their toxins, and/or to discover ODNs effective in eukaryotic (e.g., mammalian) cells for targeted alteration of gene function. The library is also useful for identifying ssDNAs or ODNs that are used as therapeutic agents for, for instance, providing a method for treatment of bacterial infections such as sepsis.

摘要翻译： 选择性诱导型单链DNA（ssDNA）表达文库，构建ssDNA表达文库的方法，使用表达文库筛选ssDNA的方法以及鉴定改变细菌和真菌基因表达的ssDNA分子的方法 ）与细胞生长和毒素生成和分泌有关。 除了别的以外，筛选文库用于鉴别有效阻止细胞生长，杀死细菌或真菌，或阻止细菌和/或真菌合成和分泌其毒素的ODN，和/或发现在真核生物中有效的ODN（例如， 哺乳动物）细胞用于基因功能的靶向改变。 该文库也可用于鉴定用作治疗剂的ssDNA或ODN，例如提供治疗细菌感染如败血症的方法。

公开(公告)号：US20140274767A1

公开(公告)日：2014-09-18

申请号：US14162180

申请日：2014-01-23

申请人： THE JOHNS HOPKINS UNIVERSITY

发明人： Srinivasan Yegnasubramanian ,  G. Steven Bova ,  Martin Aryee ,  William B. Isaacs ,  William G. Nelson

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q1/6855 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2537/164 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2565/531

摘要： The present invention relates to the field of cancer. More specifically, the present invention provides methods and compositions useful for assessing prostate cancer. In a specific embodiment, present inventors have developed and applied a new technology and associated computation methods enabling simultaneous genome-scale analysis of genetic (copy number) and epigenetic (total methylation (TM) and allele-specific methylation (ASM) alternation, This method, called MBD-SNP, features affinity enrichment or methylated genomic DNA fragments using a methyl-binding domain polypeptide.

摘要翻译： 本发明涉及癌症领域。 更具体地，本发明提供了可用于评估前列腺癌的方法和组合物。 在一个具体的实施方案中，本发明人已经开发并应用了一种能够同时进行基因组（拷贝数）和表观遗传学（总甲基化（TM））和等位基因特异性甲基化（ASM）交替的基因组大规模分析的新技术和相关计算方法。 称为MBD-SNP，使用甲基结合结构域多肽具有亲和力富集或甲基化基因组DNA片段。

公开(公告)号：US20140255935A1

公开(公告)日：2014-09-11

申请号：US14285474

申请日：2014-05-22

申请人： QUANTAPORE, INC.

发明人： Martin HUBER

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6869 ,  G01N21/6428 ,  G01N33/48721 ,  G01N2021/6432 ,  C12Q2563/155 ,  C12Q2563/119 ,  C12Q2563/107 ,  C12Q2565/531 ,  C12Q2565/101 ,  C12Q2561/113

摘要： Methods and systems for sequencing a biological molecule or polymer, e.g., a nucleic acid, are provided. One or more donor labels, which are attached to a pore or nanopore, may be illuminated or otherwise excited. A polymer having a monomer labeled with one or more acceptor labels, may be translocated through the pore. Either before, after or while the labeled monomer of the polymer passes through, exits or enters the pore, energy may be transferred from the excited donor label to the acceptor label of the monomer. As a result of the energy transfer, the acceptor label emits energy, and the emitted energy is detected in order to identify the labeled monomer of the translocated polymer and to thereby sequence the polymer.

摘要翻译： 提供了用于测序生物分子或聚合物例如核酸的方法和系统。 连接到孔或纳米孔上的一个或多个供体标记可以被照亮或以其它方式激发。 具有由一个或多个受体标记物标记的单体的聚合物可以通过孔易位。 在聚合物的标记单体通过之前，之后或之后，离开或进入孔，能量可以从激发的供体标记转移到单体的受体标记。 作为能量转移的结果，受体标记物发射能量，并且检测发射的能量，以便鉴定易位聚合物的标记单体，从而对聚合物进行排序。

公开(公告)号：US20120261261A1

公开(公告)日：2012-10-18

申请号：US13426515

申请日：2012-03-21

申请人： Martin HUBER

发明人： Martin HUBER

IPC分类号： G01N27/447 ,  G01N27/453 ,  B82Y5/00 ,  B82Y99/00 ,  B82Y30/00

CPC分类号： C12Q1/6869 ,  G01N21/6428 ,  G01N33/48721 ,  G01N2021/6432 ,  C12Q2563/155 ,  C12Q2563/119 ,  C12Q2563/107 ,  C12Q2565/531 ,  C12Q2565/101 ,  C12Q2561/113

摘要： Methods and systems for sequencing a biological molecule or polymer, e.g., a nucleic acid, are provided. One or more donor labels, which are attached to a pore or nanopore, may be illuminated or otherwise excited. A polymer having a monomer labeled with one or more acceptor labels, may be translocated through the pore. Either before, after or while the labeled monomer of the polymer passes through, exits or enters the pore, energy may be transferred from the excited donor label to the acceptor label of the monomer. As a result of the energy transfer, the acceptor label emits energy, and the emitted energy is detected in order to identify the labeled monomer of the translocated polymer and to thereby sequence the polymer.

摘要翻译： 提供了用于测序生物分子或聚合物例如核酸的方法和系统。 连接到孔或纳米孔上的一个或多个供体标记可以被照亮或以其它方式激发。 具有由一个或多个受体标记物标记的单体的聚合物可以通过孔易位。 在聚合物的标记单体通过之前，之后或之后，离开或进入孔，能量可以从激发的供体标记转移到单体的受体标记。 作为能量转移的结果，受体标记物发射能量，并且检测发射的能量，以便鉴定易位聚合物的标记单体，从而对聚合物进行排序。

公开(公告)号：US08076070B2

公开(公告)日：2011-12-13

申请号：US12537138

申请日：2009-08-06

申请人： Lin Chen ,  Reza Kalhor

发明人： Lin Chen ,  Reza Kalhor

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N33/53 ,  C12P19/34 ,  C07H21/00 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6855 ,  C12Q2565/531 ,  C12Q2523/101

摘要： The invention relates to the use of GCC (Genome Conformation Capture) technology in determining the three dimensional arrangement of an entire genome.

摘要翻译： 本发明涉及GCC（基因组构象捕获）技术在确定整个基因组的三维排列中的应用。

公开(公告)号：US20080248958A1

公开(公告)日：2008-10-09

申请号：US11697154

申请日：2007-04-05

申请人： Andrew D. Hollenbach

发明人： Andrew D. Hollenbach

IPC分类号： C40B20/04 ,  C40B20/00

CPC分类号： C12Q1/6811 ,  C12Q2565/531 ,  C12Q2522/101

摘要： Disclosed are methods for identifying molecular interactions between proteins and DNA sequences in vitro. All of the methods of the invention employ known or suspected DNA-binding proteins and genomic DNA from a stable library. Interacting molecules direct the expression of a reporter gene, the expression of which is then assayed. Also disclosed are genetic constructs useful in practicing the methods of the invention.

摘要翻译： 公开了用于在体外鉴定蛋白质和DNA序列之间的分子相互作用的方法。 本发明的所有方法都使用已知或可疑的DNA结合蛋白和来自稳定文库的基因组DNA。 交互分子指导报告基因的表达，然后测定其表达。 还公开了可用于实践本发明方法的遗传构建体。

公开(公告)号：US07291464B2

公开(公告)日：2007-11-06

申请号：US10773911

申请日：2004-02-06

申请人： Min-Hao Kuo

发明人： Min-Hao Kuo

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N33/53 ,  G01N53/567 ,  C12N15/63

CPC分类号： C07H21/04 ,  C07K14/39 ,  C07K14/47 ,  C07K2319/70 ,  C07K2319/80 ,  C12N9/1029 ,  C12N15/1055 ,  C12Q1/025 ,  C12Q1/6837 ,  G01N2333/39 ,  C12Q2565/531 ,  C12Q2565/201

摘要： The present invention provides compounds and methods for the detection of protein-protein interactions wherein said interactions are dependent on the presence or absence of post-translational modifications (PTMs) of at least one of the proteins.

摘要翻译： 本发明提供了用于检测蛋白质 - 蛋白质相互作用的化合物和方法，其中所述相互作用取决于至少一种蛋白质的翻译后修饰（PTM）的存在或不存在。

公开(公告)号：US20040018512A1

公开(公告)日：2004-01-29

申请号：US10391090

申请日：2003-03-18

发明人： Joseph A. Sorge ,  Ronald W. Davis

IPC分类号： C12Q001/68 ,  C07H021/04

CPC分类号： C12N15/1072 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2565/519 ,  C12Q2565/531 ,  C12Q2533/101 ,  C12Q2522/101

摘要： The invention encompasses methods for enriching for and identifying a polymorphism within a nucleic acid sample either by separating a subset of a nucleic acid sample or by selectively replicating a subset of a nucleic acid sample such that the polymorphism is contained within a nucleic acid population with reduced complexity, and then identifying the polymorphism within the enriched nucleic acid sample. Methods also are disclosed for enriching for and identifying a polymorphism by contacting a nucleic acid sample that includes a subset of nucleic acid molecules having a sequence that binds to a sequence-specific binding activity with a molecule having a sequence-specific binding activity under conditions which permit specific binding, such that the subset of nucleic acid molecules bound to the activity is enriched for nucleic acid molecules having the sequence recognized by the sequence-specific binding activity, and detecting a polymorphism with respect to a reference sequence in the subset of nucleic acid molecules.

摘要翻译： 本发明包括用于通过分离核酸样品的子集或通过选择性复制核酸样品的子集来使得核酸样品中的多态性富集和鉴定核酸样品中的多态性的方法，使得多态性包含在具有降低的核酸群体的核酸群体内 复杂性，然后鉴定富集的核酸样品内的多态性。 公开了通过使包含具有与序列特异性结合活性结合的序列的核酸分子的子集与具有序列特异性结合活性的分子的核酸样品接触的方法来丰富和鉴定多态性的方法， 允许特异性结合，使得与活性结合的核酸分子的子集富含具有由序列特异性结合活性识别的序列的核酸分子，并且检测核酸子集中的参考序列的多态性 分子。

公开(公告)号：US20030022193A1

公开(公告)日：2003-01-30

申请号：US10060465

申请日：2002-01-30

发明人： Wilhelm Pluster ,  Peter Kunze ,  Thomas Kolzau

IPC分类号： C12Q001/68 ,  C12P019/34

CPC分类号： C12N15/1006 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q2565/531

摘要： A method for the purification and subsequent determination of double-strand DNA in which the DNA is immobilized on a solid phase, wherein during purification the DNA is immobilized on a probe using a residue having an affinity for DNA, whereby the probe itself is bound to a solid phase or is coupled in a later step to a solid phase and the solid phase is the surface of a reaction vessel, a chip or a tip and subsequent further purification for purposes of determination of the DNA is initiated directly using the nucleic acids immobilized on the solid phase.

摘要翻译： 用于纯化和随后测定将DNA固定在固相上的双链DNA的方法，其中在纯化期间，使用对DNA具有亲和力的残基将DNA固定在探针上，由此将探针本身与 固相或在后续步骤中偶联到固相中，并且固相是反应容器的表面，芯片或尖端，并且随后进一步纯化用于测定DNA的目的是直接使用固定的核酸 在固相上。

公开(公告)号：US06403309B1

公开(公告)日：2002-06-11

申请号：US09272970

申请日：1999-03-19

申请人： Francois J.-M. Iris ,  Jean-Louis Pourny

发明人： Francois J.-M. Iris ,  Jean-Louis Pourny

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： C12Q1/683 ,  C12Q1/6804 ,  C12Q1/6823 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q2565/531 ,  C12Q2565/1025 ,  C12Q2525/107 ,  C12Q2521/30

摘要： The present invention is directed to methods and compositions for use in screening nucleic acid populations for nucleic acid polymorphisms. The methods, referred to generally as ValiGeneSM Mutation Screening, Peptide-Linked (VGMS-PL) methods, are specifically designed for high-throughput genotype mapping and gene expression analysis of animal and plant nucleic acids without requiring a PCR amplification step. In particular, the methods of the invention utilize oligonucleotide probes labeled with distinguishable and identifiable peptide tags, that are captured on addressable antibody arrays.

摘要翻译： 本发明涉及用于筛选核酸群体核酸多态性的方法和组合物。 通常称为ValiGeneSM突变筛选，肽连接（VGMS-PL）方法的方法专门用于动物和植物核酸的高通量基因型作图和基因表达分析，而不需要PCR扩增步骤。 特别地，本发明的方法利用在可寻址的抗体阵列上捕获的用可区分和可识别的肽标签标记的寡核苷酸探针。