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公开(公告)号：CN111793689B
公开(公告)日：2024-09-10
申请号：CN202010690563.3
申请日：2020-07-17
Applicant: 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 复旦大学附属肿瘤医院
IPC: C12Q1/6886 , G16B20/20
Abstract: 本发明涉及一种直肠癌相关的分子标记物及其用途，属于医学分子生物学技术领域。本发明进行了两个关键性的设计，一是应用425个癌症相关基因的全外显子大panel而不是少数热点基因的小panel来进行ctDNA检测，这样不仅获得了单个基因突变与nCRT疗效的相关性，还获得多个信号通路的基因变异与nCRT疗效的相关性。二是术前设置多个监测时间点（4个时间点），结合425个基因大panel，同时对ctDNA中突变的清除和获得性突变的动态变化进行监测。展示了ctDNA动态监测在nCRT疗效预测中的价值，并对W&W策略的患者选择提出了新的见解。证明了ctDNA检测在早期预测LARC患者预后中的作用。
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公开(公告)号：CN111793689A
公开(公告)日：2020-10-20
申请号：CN202010690563.3
申请日：2020-07-17
Applicant: 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 复旦大学附属肿瘤医院
IPC: C12Q1/6886 , G16B20/20
Abstract: 本发明涉及一种直肠癌相关的分子标记物及其用途，属于医学分子生物学技术领域。本发明进行了两个关键性的设计，一是应用425个癌症相关基因的全外显子大panel而不是少数热点基因的小panel来进行ctDNA检测，这样不仅获得了单个基因突变与nCRT疗效的相关性，还获得多个信号通路的基因变异与nCRT疗效的相关性。二是术前设置多个监测时间点（4个时间点），结合425个基因大panel，同时对ctDNA中突变的清除和获得性突变的动态变化进行监测。展示了ctDNA动态监测在nCRT疗效预测中的价值，并对W&W策略的患者选择提出了新的见解。证明了ctDNA检测在早期预测LARC患者预后中的作用。
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公开(公告)号：CN119108017A
公开(公告)日：2024-12-10
申请号：CN202411598297.6
申请日：2024-11-11
Applicant: 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
Abstract: 本发明涉及分子生物技术领域，具体为基因标志物在消化道多癌种早筛中的应用、早筛模型构建方法以及检测装置，本发明对血浆样本cfDNA 进行WGS 低深度测序，使用高通量测序结果分析三种消化道癌种 cfDNA 片段三种差异特征，包括，拷贝数变化，DNA 片段大小占比，核小体覆盖模式，利用卷积神经网络进行训练建模，实现在低测序深度下对多个癌肿的高特异性高敏感性的精准早期检测，再利用广义线性模型，梯度提升，随机森林，深度学习，和极端梯度提升五种算法分别进行训练建模，广义线性模型进行二次集合训练构建多特征算法整合，实现对多癌种的组织溯源检测的目的。
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公开(公告)号：CN118366547A
公开(公告)日：2024-07-19
申请号：CN202410791117.X
申请日：2024-06-19
Applicant: 南京世和基因生物技术股份有限公司
Abstract: 本发明涉及一种基因标志物在多癌种早筛中的应用、早筛模型构建方法以及检测装置。本发明对血浆样本cfDNA进行WGS低深度测序，使用高通量测序结果分析各癌种cfDNA片段六种差异特征，包括基因组范围片段长度覆盖分布，染色体各长短臂上片段长度分布，1MB窗口片段拷贝数变化，核小体覆盖模式,片段甲基化模式和突变频谱，利用卷积神经网络进行训练建模，实现在低测序深度下对多个癌肿的高特异性高敏感性的精准早期检测，再利用广义线性模型，梯度提升，随机森林，深度学习，和极端梯度提升五种算法分别进行训练建模，广义线性模型进行二次集合训练构建多特征算法整合，实现对多癌种的组织溯源检测的目的。
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公开(公告)号：CN115678999A
公开(公告)日：2023-02-03
申请号：CN202211718841.7
申请日：2022-12-30
Applicant: 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC: C12Q1/6886 , G16B20/50 , G16B30/10 , G16H50/30
Abstract: 本发明公开了一种基因标志物在非小细胞肺癌复发预测中的应用、微小残留病灶的检测方法和预测装置,属于分子生物医学技术领域，通过对血浆样本cfDNA进行液体活检全基因组WGS低深度测序，通过对非小细胞肺癌癌细胞切除术后病人在术后的血液样本进行低通量测序，利用测序结果中的DNA碎片化片段长短比例，进行正则化比例风险模型（Regularized Cox Regression）构建，检测术后病人在术后肿瘤微小残留病灶（minimal residual disease,MRD），实现对非小细胞肺癌切除术后复发风险的早期无创精准预测，对术后辅助治疗提供指导性作用。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN113373524B
公开(公告)日：2022-10-25
申请号：CN202110458794.6
申请日：2021-04-27
Applicant: 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC: C40B70/00 , C40B80/00 , C40B40/06 , C12Q1/6869 , G16B30/00
Abstract: 本发明公开一种利用NGS技术检测血浆ctDNA超低频突变的测序方法及分子标签接头。标签接头包括含有11个碱基的样本标签和含有4个碱基的单分子及双链DNA共用标签序列。样本标签实现了超过300种i7/i5“双端唯一”index组合，分子标签可同时用作单分子和双链分子index。采用本发明提供的标签接头，可以有效去除文库富集过程中DNA氧化应激损伤、PCR扩增以及测序引入的随机错误突变；同时能够有效识别发生“标签跳跃”的分子，避免因标签跳跃造成样本间交叉污染引入的假性突变。本发明在保证100%特异性的前提下实现了检测灵敏度的大力提升，ctDNA中丰度0.1%突变的检测敏感性达到95%以上。
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公开(公告)号：CN113355421A
公开(公告)日：2021-09-07
申请号：CN202110753782.6
申请日：2021-07-03
Applicant: 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC: C12Q1/6886 , G16B20/30 , G16B40/00 , G16B30/10
Abstract: 本发明涉及肺癌早筛标志物、检测方法、检测装置以及计算机可读取介质，本发明提对血浆样本cfDNA进行WGS低深度测序，通过对高通量测序结果进行肺癌健康人差异DNA片段末端断点处序列8mer(Motif end8mer)分析，构建模型，实现了对肺癌无创精准诊断的目的。
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公开(公告)号：CN111424084A
公开(公告)日：2020-07-17
申请号：CN202010180494.1
申请日：2020-03-16
Applicant: 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC: C12Q1/6886 , C12Q1/6858 , C12N15/11 , C12M1/34
Abstract: 本发明涉及一种bTMB标记物、检测试剂盒以及用途，属于医学分子生物学技术领域。本发明验证了Panel估算的bTMB作为生物标志物的临床实用性，可用于鉴定对免疫疗法有响应的患者。另一方面，研究发现了ctDNA MSAF是预测免疫治疗疗效的一个新型生物标志物。重要的是，低ctDNA释放与PFS获益显著相关，且MSAF和bTMB的综合分析可大大增强潜在应答者的富集度。研究结果基于液体活检血液ctDNA作为癌症免疫治疗分子标志物的来源的层面具有重要的临床意义和实用性。
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公开(公告)号：CN116153420B
公开(公告)日：2023-08-18
申请号：CN202310446774.6
申请日：2023-04-24
Applicant: 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC: G16B40/20 , C12Q1/6886 , G16B20/10 , G16B30/10 , G16H50/30 , G06F18/21 , G06F18/241 , G06F18/2431 , G06F18/214 , G06F18/20 , G06F18/27
Abstract: 本发明涉及基因标志物在恶性乳腺癌与良性乳腺结节的早筛中的应用和筛查模型的构建方法，通过对血浆样本cfDNA进行液体活检全基因组WGS低深度测序，并对高通量测序结果进行恶性乳腺癌与良性结节间，窗口拷贝数变化分析(CNV)，DNA片段化分布差异(FSD),DNA片段长度比值差异(FSR),DNA断点序列(BPM)和DNA末端序列(EDM)利用自动机器学习构建多特征多算法的整合模型，实现对乳腺癌无创精准诊断的目的。
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公开(公告)号：CN116052768A
公开(公告)日：2023-05-02
申请号：CN202211453553.3
申请日：2022-10-08
Applicant: 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC: G16B20/30 , G16B40/00 , G16B20/10 , G06N20/00 , G06F18/241
Abstract: 本发明提供了恶性肺结节筛查基因标志物、筛查模型的构建方法和检测装置，通过对高通量测序结果进行影像表现为高风险的肺结节良恶性差异DNA的16bp肿瘤新短序列，利用自动机器学习构建模型，对在影像学表现为高风险的肺结节的良恶性进行预测，实现对恶性肺结节无创精准诊断，减少非必要的良性肺结节切除手术。
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