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公开(公告)号：CN115678999A
公开(公告)日：2023-02-03
申请号：CN202211718841.7
申请日：2022-12-30
申请人： 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC分类号： C12Q1/6886 , G16B20/50 , G16B30/10 , G16H50/30
摘要： 本发明公开了一种基因标志物在非小细胞肺癌复发预测中的应用、微小残留病灶的检测方法和预测装置,属于分子生物医学技术领域，通过对血浆样本cfDNA进行液体活检全基因组WGS低深度测序，通过对非小细胞肺癌癌细胞切除术后病人在术后的血液样本进行低通量测序，利用测序结果中的DNA碎片化片段长短比例，进行正则化比例风险模型（Regularized Cox Regression）构建，检测术后病人在术后肿瘤微小残留病灶（minimal residual disease,MRD），实现对非小细胞肺癌切除术后复发风险的早期无创精准预测，对术后辅助治疗提供指导性作用。
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公开(公告)号：CN113373524B
公开(公告)日：2022-10-25
申请号：CN202110458794.6
申请日：2021-04-27
申请人： 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC分类号： C40B70/00 , C40B80/00 , C40B40/06 , C12Q1/6869 , G16B30/00
摘要： 本发明公开一种利用NGS技术检测血浆ctDNA超低频突变的测序方法及分子标签接头。标签接头包括含有11个碱基的样本标签和含有4个碱基的单分子及双链DNA共用标签序列。样本标签实现了超过300种i7/i5“双端唯一”index组合，分子标签可同时用作单分子和双链分子index。采用本发明提供的标签接头，可以有效去除文库富集过程中DNA氧化应激损伤、PCR扩增以及测序引入的随机错误突变；同时能够有效识别发生“标签跳跃”的分子，避免因标签跳跃造成样本间交叉污染引入的假性突变。本发明在保证100%特异性的前提下实现了检测灵敏度的大力提升，ctDNA中丰度0.1%突变的检测敏感性达到95%以上。
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公开(公告)号：CN113355421A
公开(公告)日：2021-09-07
申请号：CN202110753782.6
申请日：2021-07-03
申请人： 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC分类号： C12Q1/6886 , G16B20/30 , G16B40/00 , G16B30/10
摘要： 本发明涉及肺癌早筛标志物、检测方法、检测装置以及计算机可读取介质，本发明提对血浆样本cfDNA进行WGS低深度测序，通过对高通量测序结果进行肺癌健康人差异DNA片段末端断点处序列8mer(Motif end8mer)分析，构建模型，实现了对肺癌无创精准诊断的目的。
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公开(公告)号：CN111424084A
公开(公告)日：2020-07-17
申请号：CN202010180494.1
申请日：2020-03-16
申请人： 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC分类号： C12Q1/6886 , C12Q1/6858 , C12N15/11 , C12M1/34
摘要： 本发明涉及一种bTMB标记物、检测试剂盒以及用途，属于医学分子生物学技术领域。本发明验证了Panel估算的bTMB作为生物标志物的临床实用性，可用于鉴定对免疫疗法有响应的患者。另一方面，研究发现了ctDNA MSAF是预测免疫治疗疗效的一个新型生物标志物。重要的是，低ctDNA释放与PFS获益显著相关，且MSAF和bTMB的综合分析可大大增强潜在应答者的富集度。研究结果基于液体活检血液ctDNA作为癌症免疫治疗分子标志物的来源的层面具有重要的临床意义和实用性。
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公开(公告)号：CN116153420B
公开(公告)日：2023-08-18
申请号：CN202310446774.6
申请日：2023-04-24
申请人： 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC分类号： G16B40/20 , C12Q1/6886 , G16B20/10 , G16B30/10 , G16H50/30 , G06F18/21 , G06F18/241 , G06F18/2431 , G06F18/214 , G06F18/20 , G06F18/27
摘要： 本发明涉及基因标志物在恶性乳腺癌与良性乳腺结节的早筛中的应用和筛查模型的构建方法，通过对血浆样本cfDNA进行液体活检全基因组WGS低深度测序，并对高通量测序结果进行恶性乳腺癌与良性结节间，窗口拷贝数变化分析(CNV)，DNA片段化分布差异(FSD),DNA片段长度比值差异(FSR),DNA断点序列(BPM)和DNA末端序列(EDM)利用自动机器学习构建多特征多算法的整合模型，实现对乳腺癌无创精准诊断的目的。
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公开(公告)号：CN116052768A
公开(公告)日：2023-05-02
申请号：CN202211453553.3
申请日：2022-10-08
申请人： 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC分类号： G16B20/30 , G16B40/00 , G16B20/10 , G06N20/00 , G06F18/241
摘要： 本发明提供了恶性肺结节筛查基因标志物、筛查模型的构建方法和检测装置，通过对高通量测序结果进行影像表现为高风险的肺结节良恶性差异DNA的16bp肿瘤新短序列，利用自动机器学习构建模型，对在影像学表现为高风险的肺结节的良恶性进行预测，实现对恶性肺结节无创精准诊断，减少非必要的良性肺结节切除手术。
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公开(公告)号：CN113355421B
公开(公告)日：2023-02-28
申请号：CN202110753782.6
申请日：2021-07-03
申请人： 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC分类号： C12Q1/6886 , G16B20/30 , G16B40/00 , G16B30/10
摘要： 本发明涉及肺癌早筛标志物、检测方法、检测装置以及计算机可读取介质，本发明提对血浆样本cfDNA进行WGS低深度测序，通过对高通量测序结果进行肺癌健康人差异DNA片段末端断点处序列8mer(Motif end8mer)分析，构建模型，实现了对肺癌无创精准诊断的目的。
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公开(公告)号：CN115181800A
公开(公告)日：2022-10-14
申请号：CN202210809270.1
申请日：2022-07-11
申请人： 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC分类号： C12Q1/6886 , C12Q1/6869 , G16B15/30
摘要： 本发明涉及基因标志物在非小细胞肺癌预后效果预测中的的应用、预测装置以及计算机可读取介质，属于医学分子生物学技术领域。通过对阿法替尼治疗患者进行NGS检测及获益时间随访分析，找到了可以用于EGFR阳性非小细胞肺癌患者阿法替尼治疗疗效预测的分子标志物：Mutation signature APOBEC，能够有效地区分出阿法替尼原发耐药患者，及时调整临床方案，从而使得患者能够更好的获益。
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公开(公告)号：CN114807377B
公开(公告)日：2022-09-23
申请号：CN202210762897.6
申请日：2022-06-29
申请人： 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC分类号： C12Q1/6886 , G16B20/50 , G16B30/00
摘要： 本发明涉及膀胱癌预后生存期标志物的应用、评估装置以及计算机可读取介质，属于肿瘤医学技术领域。本发明通过对大量膀胱癌患者肿瘤样本的基因组测序数据进行单因素和多因素分析，评估各因素与总生存期的相关性，并建立了包括淋巴结状态、TOP1扩增、MYC扩增、CREBBP突变及CDKN2A缺失状态在内的5特征预后模型，该模型可以有效进行膀胱癌患者预后分层，为临床诊疗提供参考依据。
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公开(公告)号：CN114927213A
公开(公告)日：2022-08-19
申请号：CN202210392412.9
申请日：2022-04-15
申请人： 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
IPC分类号： G16H50/20 , G16H50/30 , G16B20/20 , G06N3/08 , G06N3/04 , G06K9/62 , C12Q1/6886 , C12Q1/6869
摘要： 本发明涉及多癌种(肺癌、肠癌和肝癌)早期检测和癌种预测方法、检测装置以及计算机可读取介质。本发明提供了一种对血浆样本cfDNA进行WGS低深度测序，使用高通量测序结果分析各癌种cfDNA片段五种差异特征，包括基因组范围片段长度覆盖分布，染色体各长短臂上片段长度分布，片段断点处序列，片段5’端序列和1MB窗口片段拷贝数变化，利用再用广义线性模型,梯度提升机，随机森林，深度学习和极端梯度提升五种算法分别进行训练建模，再用广义线性模型进行二次集合训练构建多特征多算法整合模型，实现了对多癌种低深度高特异性高敏感性的无创精准早期检测和组织起源检测的目的。
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