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公开(公告)号：CN115985392A
公开(公告)日：2023-04-18
申请号：CN202310051198.5
申请日：2023-02-02
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种高密度样品基因测序方法，通过分别采集按二维点阵排列的高密度测序样品的A、C、T、G四通道荧光采集图像各一次并确定每个荧光信号的衍射斑中心位置，从而计算得到样品点阵的整体空间位置分布并确定每一个样品点在成像时单独存在信号情况下的荧光信号计算图像，再根据该荧光信号图像对耦合图像进行解耦，得到每个样品点的信号强度，通过对每一样品点在每一次成像时不同波长通道的信号强度分析，确定每一样品点中核酸的碱基排布顺序。本发明在现有测序仪器的基础上，最小可以将样品分布间距减小到成像系统分辨率的0.45倍，且保持读取错误率为万分之一。缩小样品间距到成像系统分辨率的0.36倍，保持错误率为千分之一。
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公开(公告)号：CN105085591B
公开(公告)日：2018-02-09
申请号：CN201510388164.0
申请日：2015-07-03
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种荧光标记偶氮修饰核苷酸及其在DNA测序中的用途；其结构式如式I所示：其中，R1、R2、R3、R4、R5、R6不同时为H；m，n为0～10的整数。与现有技术相比，本发明合成了一类新的基于偶氮连接单元的可逆终端；用变性PAGE胶即测序胶证明，该类可逆终端在模板为连续多个相同碱基时，一次只能延伸一个可逆终端，且延伸效率为100％，在还原剂作用下，可实现高效快递完全剪切，具有应用于DNA测序的巨大潜力和价值；同时，其合成所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN104693258B
公开(公告)日：2017-12-08
申请号：CN201410692943.5
申请日：2014-11-26
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种基于分子胶的荧光标记核苷酸及其在DNA测序中的用途；所述荧光标记核苷酸的结构式如式(Ⅰ)所示：，其中，R1为或R2为荧光素或dNTP为含四个不同的碱基的核苷三磷酸；荧光素选自BODIPY、罗丹明、香豆素、呫吨、花青、芘、酞菁、alexa、squarene染料、产生能量转移染料的组合以及其衍生物中的一种。本发明的荧光标记核苷酸可用于DNA测序；同时，本发明荧光标记核苷酸的合成所需原料简单易得，可用于大规模推广使用，并且生物学评价结果表明该类可逆终端能完全满足高通量测序的生化反应所有要求，具备很好的实用前景。
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公开(公告)号：CN105085591A
公开(公告)日：2015-11-25
申请号：CN201510388164.0
申请日：2015-07-03
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种荧光标记偶氮修饰核苷酸及其在DNA测序中的用途；其结构式如式I所示：，其中，R1、R2、R3、R4、R5、R6不同时为H；m，n为0～10的整数。与现有技术相比，本发明合成了一类新的基于偶氮连接单元的可逆终端；用变性PAGE胶即测序胶证明，该类可逆终端在模板为连续多个相同碱基时，一次只能延伸一个可逆终端，且延伸效率为100％，在还原剂作用下，可实现高效快递完全剪切，具有应用于DNA测序的巨大潜力和价值；同时，其合成所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN103601778A
公开(公告)日：2014-02-26
申请号：CN201310489350.4
申请日：2013-10-17
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07H19/167 , C07H19/173 , C07H19/20 , C07H1/00 , C07H1/04 , C07H19/23
CPC classification number: Y02P20/55
Abstract: 本发明公开了一种7-去氮-7-取代鸟嘌呤核苷的合成方法；所述方法包括如下步骤：式(III)化合物在碱性条件下去保护基得式(IV1)或(IV2)化合物；进一步去甲基得式(I)化合物，即所述7-去氮-7-取代鸟嘌呤核苷；其中，R1为H或OH，R2为I、Br或C1，R3为H或OBz。本发明合成的7-去氮-7-取代-鸟嘌呤核苷是在DNA测序、标记、延伸等生物学领域广泛使用的基本原料，目前其销售价格很高，且合成方法复杂，难以控制；而本发明的合成方法所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN102153761B
公开(公告)日：2013-06-19
申请号：CN201110023046.1
申请日：2011-01-21
Applicant: 上海交通大学
IPC: C08G81/00 , C08G65/48 , C08G63/91 , C08G63/08 , C07C323/52 , C07C323/42 , C07C319/20 , C07D249/04 , A61K47/34
CPC classification number: Y02P20/55
Abstract: 一种化工技术领域的用于合成两亲性嵌段共聚物的亲水性模块化合物及其制备方法，所述的亲水性模块化合物的结构式如下：所述的疏水性模块化合物，其结构式为以下两种中的任意一种：该亲水性模块在温和、简单的条件下就可以和疏水性模块化合物形成双亲性嵌段共聚物，且生成的嵌段共聚物稳定、易于纯化，可以在溶液中自组装为可以装载药物的纳米胶束。
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公开(公告)号：CN103087131A
公开(公告)日：2013-05-08
申请号：CN201310015235.3
申请日：2013-01-15
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种可逆终端及其合成和在DNA合成测序中的用途。所述可逆终端的结构式如式(I)所示：其中R1为荧光素，R2为连接单元。本发明的可裂解该可逆终端可用于DNA合成测序；同时，本发明的可逆终端的合成所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用，并且生物学评价结果表明该类可逆终端能完全满足高通量测序的生化反应要求，具备较好的实用前景。
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公开(公告)号：CN103044298A
公开(公告)日：2013-04-17
申请号：CN201210545392.0
申请日：2011-01-21
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07C323/60 , C07C319/20 , C07D249/04 , C08G65/00
Abstract: 本发明公开了一种疏水性模块化合物及其制备方法。其结构式为以下两种中的任意一种：其中，R为-SCPh3或-SH，m为2～8中任一整数，n为2～9中任一整数。本发明制得的疏水性模块化合物M1-1或M1-2在温和、简单的条件下就可以和亲水性模块通过同时形成两个二硫键与两个氢键的形式生成双亲性嵌段共聚物，且生成的嵌段共聚物稳定、易于纯化，可以在溶液中自组装为可以装载药物的纳米胶束。
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公开(公告)号：CN102558535A
公开(公告)日：2012-07-11
申请号：CN201110418589.3
申请日：2011-12-14
IPC: C08G65/00 , C08G65/48 , C08G63/91 , C07D285/00 , C07D417/12 , C07C323/60 , C07C319/20 , C07C323/42 , C07D249/04 , A61K31/337 , A61K31/015 , A61K31/4745 , A61K47/34 , A61K47/22 , A61K47/20
Abstract: 本发明公开了通过分子胶连接的两亲性嵌段共聚物及其合成方法与应用，还公开了合成该共聚物的亲水化合物、疏水化合物及其制备方法。该共聚物M结构式如下式所示：本发明是通过分别取亲水化合物、疏水化合物和氧化剂，在卤代烃溶剂中进行混合，制得所述两亲性嵌段共聚物M。该共聚物M可作为药物运输载体；所述药物为难溶于水的药物。本发明化合物合成原料简单易得，合成过程均为常规反应，反应条件温和，可以大量制备；由该类嵌段共聚物自组装而成的胶束可用于药物运输载体。
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公开(公告)号：CN102516208A
公开(公告)日：2012-06-27
申请号：CN201110331659.1
申请日：2011-10-27
Applicant: 上海交通大学 , 华东理工大学 , 深圳华因康基因科技有限公司
IPC: C07D307/20 , C07D309/10 , C08G65/00 , C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种可裂解连接单元及其合成方法与用途。可裂解连接单元的结构式为：，其中，n为1或2，m为0～20中的任意一个整数，k为1～20中的任意一个整数。该可裂解连接单元可用于DNA合成测序。与现有技术相比，本发明的化合物合成原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，易于实现大量合成；该类化合物可与核苷酸和荧光素实现高效率的连接；通过研究该类化合物的裂解性能，发现该类化合物在温和的条件下可以实现高效率的完全裂解，可应用于DNA测序。
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