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公开(公告)号：CN108796039B
公开(公告)日：2021-10-08
申请号：CN201810697732.9
申请日：2018-06-29
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6806
Abstract: 本发明公开了一种用于DNA甲基化检测的试剂盒，其至少包括生物素标记的甲基化的λ‑DNA和链霉素包被的磁珠。还公开了该试剂盒在少量DNA样品甲基化检测中的应用，样品量可低至1ng。本发明还公开了一种DNA甲基化检测的方法及其应用。本发明提供的技术方案显著降低了DNA甲基化检测所需的最低起始样品量，且不需要特定的试剂盒和实验设备，节省成本，具有较高的普适性。在富集甲基化DNA的同时不引入外源DNA污染，若采取文库构建和高通量测序的检测方法时不会受到外源DNA信息的影响，有利于进一步降低测序成本，提高数据质量。
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公开(公告)号：CN109651506A
公开(公告)日：2019-04-19
申请号：CN201710943109.2
申请日：2017-10-11
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供了一种快速获得抗原特异性抗体的方法，包括：建立抗体与多肽、基序的对应关系；通过搜索抗体与多肽的对应关系，查找与目标蛋白质氨基酸序列一致的多肽，其对应的抗体即为抗原特异性抗体；或计算所述抗体与基序的对应关系中，每一抗体的所有基序与目标蛋白质所有模块的相似度，取其中相似度值大于0.4所对应的基序，其对应的抗体即为抗原特异性抗体。本发明联合噬菌体展示技术和高通量测序技术，可以高效全局性地获取给定抗体所能特异性识别的多肽或基序信息，建立抗体与多肽或基序的对应关系，通过该对应关系，可快速确定目标蛋白质所对应的特异性抗体，具有十分广阔的应用前景。
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公开(公告)号：CN105542024B
公开(公告)日：2018-11-20
申请号：CN201610006118.4
申请日：2016-01-06
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种来自红藻类植物龙须菜的海洋中药龙须菜多糖，还首次揭示了其作为抗肿瘤药物，尤其是顺铂的增效剂的增效作用，可作为抗肿瘤药物的增效剂。还公开了该龙须菜多糖在制备治疗肿瘤的药物、保健品或食品中的应用，其主要通过抑制肿瘤细胞的生长和增殖达到抗肿瘤作用。对胃腺癌、肺癌和子宫颈癌都有抗肿瘤作用。本发明还公开了龙须菜多糖的制备方法，及其抗肿瘤作用的检测方法。本发明为龙须菜作为海洋药物资源的进一步利用提供了新的途径，本发明的龙须菜多糖在制备抗肿瘤药物、防癌保健品或食品中的用途，也为治疗或预防肿瘤的药物开发提供了新的选择。
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公开(公告)号：CN108796057A
公开(公告)日：2018-11-13
申请号：CN201810698578.7
申请日：2018-06-29
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6869 , C12Q1/6806
CPC classification number: C12Q1/6869 , C12Q1/6806 , C12Q2535/122 , C12Q2523/301 , C12Q2525/191 , C12Q2531/113 , C12Q2521/531
Abstract: 本发明公开了一种少量样品全基因组DNA甲基化的检测方法，涉及一种通过改进基于高通量测序的MeDIP‑Seq技术来检测少量样品(300pg DNA或50个细胞)全基因组DNA甲基化的方法。本发明通过在少量起始样品中补加含dUTP的λDNA以减少样品损失并提高建库和免疫沉淀反应的效率，通过USER酶对MeDIP‑DNA进行消化以除去补加的甲基化λDNA，避免了甲基化λDNA对待测甲基化样品测序文库的污染。本发明需样品量为300pg DNA或50个细胞，更加适用于少量来源样品的MeDIP‑Seq分析且本发明的MeDIP实验技术及其配套试剂盒的操作方法简便高效，不需要特定的商品化试剂盒和实验设备，成本较低，具有较广泛的适用性和通用性。
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公开(公告)号：CN106074594A
公开(公告)日：2016-11-09
申请号：CN201610561746.9
申请日：2016-07-15
Applicant: 上海交通大学
IPC: A61K31/715 , A61P35/00
CPC classification number: A61K31/715 , A61K36/04
Abstract: 本发明公开了龙须菜多糖作为抑癌基因甲基化抑制剂的新用途及其在制备抗肿瘤药物中的应用，还公开了一种含龙须菜多糖的去甲基化试剂盒。本发明首次从DNA甲基化角度揭示了海洋中药龙须菜多糖抗肺癌作用的表观遗传学调控机制，发现肺癌、胃癌和宫颈癌细胞中SHP1、RARβ、MGMT、GADD45A、RASSF1A等抑癌基因表现为高甲基化状态，其基因表达关闭或表现为低表达，而龙须菜多糖对这些抑癌基因具有去甲基化和恢复表达的转录调节作用，这表明龙须菜多糖是潜在的甲基化抑制剂，在制备抗肿瘤药物中的应用中具有可观前景。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN105154567A
公开(公告)日：2015-12-16
申请号：CN201510672118.3
申请日：2015-10-16
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6869 , C12Q2531/119 , C12Q2525/191 , C12Q2535/122
Abstract: 本发明公开了一种基于高通量测序的研究与目标蛋白结合的RNA的方法，提供了一种反转录随机引物，包括形成发卡结构的碱基序列以及随机碱基序列，形成发卡结构的碱基序列包括用于识别RNA链信息的条码碱基序列和与测序引物部分相同的碱基序列。还提供了一种双链接头，所述双链接头的一条链包括与测序引物碱基序列中的一部分相同的碱基序列，并且，相对于配对的另一条链，在3’端还具有突出的随机碱基序列。该方法主要包括以下步骤：将获得的与目标蛋白结合的RNA利用反转录随机引物反转录合成第一链cDNA；酶消化过量反转录随机引物并碱解RNA；双链接头与所述第一链cDNA退火杂交，引入已知序列，随后引入测序引物，最终形成双端测序文库用于测序。
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公开(公告)号：CN104673785A
公开(公告)日：2015-06-03
申请号：CN201510076248.0
申请日：2015-02-12
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种链特异性全基因组范围内研究APA的方法SS-3T-seq，该方法是用于在全基因组范围内研究APA变化，首先构建一种特殊的含有oligo dT的磁珠，用这种磁珠筛选含有多聚A的RNA，然后在磁珠上逆转录合成第一链cDNA，逆转录体系中用甲基化的dCTP替代正常的dCTP，然后用特殊的dNTP(dUTP代替dTTP)合成双链cDNA。经过断裂后磁珠上留下的即为含有APA位点的片段，再经过Gsu I酶切除去多聚A结构，将目的片段从磁珠上释放下来，两端经过修饰后添加Illumina测序接头，经过片段大小筛选，USER酶处理以除去第二链中dUTP，只剩余第一链做PCR扩增，即得到可用于Illumina二代测序的含有链的信息的文库。本方法实验操作简单，降低了步骤繁琐引起的损失，同时降低了实验难度和造价，非常适合推广。
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公开(公告)号：CN103601778A
公开(公告)日：2014-02-26
申请号：CN201310489350.4
申请日：2013-10-17
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07H19/167 , C07H19/173 , C07H19/20 , C07H1/00 , C07H1/04 , C07H19/23
CPC classification number: Y02P20/55
Abstract: 本发明公开了一种7-去氮-7-取代鸟嘌呤核苷的合成方法；所述方法包括如下步骤：式(III)化合物在碱性条件下去保护基得式(IV1)或(IV2)化合物；进一步去甲基得式(I)化合物，即所述7-去氮-7-取代鸟嘌呤核苷；其中，R1为H或OH，R2为I、Br或C1，R3为H或OBz。本发明合成的7-去氮-7-取代-鸟嘌呤核苷是在DNA测序、标记、延伸等生物学领域广泛使用的基本原料，目前其销售价格很高，且合成方法复杂，难以控制；而本发明的合成方法所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN103087131A
公开(公告)日：2013-05-08
申请号：CN201310015235.3
申请日：2013-01-15
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种可逆终端及其合成和在DNA合成测序中的用途。所述可逆终端的结构式如式(I)所示：其中R1为荧光素，R2为连接单元。本发明的可裂解该可逆终端可用于DNA合成测序；同时，本发明的可逆终端的合成所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用，并且生物学评价结果表明该类可逆终端能完全满足高通量测序的生化反应要求，具备较好的实用前景。
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公开(公告)号：CN109725158A
公开(公告)日：2019-05-07
申请号：CN201811594481.8
申请日：2018-12-25
Applicant: 上海交通大学
IPC: G01N33/68 , G01N33/535 , G01N33/564
Abstract: 本发明公开一种多肽SLE2018-V001在诊断系统性红斑狼疮试剂盒中的应用。所述多肽SLE2018-V001的氨基酸序列为：YEHAMYRSAVLL。本发明采用临床广泛使用的酶联免疫吸附检测(ELISA)技术，应用间接法定性检测人血清中抗YEHAMYRSAVLL多肽的IgG抗体的水平。通过本发明所提供的试剂盒，将作为辅助系统性红斑狼疮早期诊断的一种手段，可大大提高系统性红斑狼疮早期诊断的特异性和灵敏度，其特异性为74％、灵敏度为88％。
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