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公开(公告)号：CN108251516B
公开(公告)日：2021-04-02
申请号：CN201711280069.4
申请日：2017-12-06
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供了一种DNA单分子测序方法与测序系统，所述DNA单分子测序方法包括如下步骤：S1对基体表面进行修饰，将水溶性双功能连接单元连接于基体表面；然后将引物P1与水溶性双功能连接单元连接，即得固定有引物的基体；S2、将含待测DNA模板、聚合酶、四色荧光标记可逆终止剂的混合溶液置于固定有引物P1的基体上，进行延伸，形成含荧光素的引物/模板复合物；S3、对延伸后的引物/模板复合物进行成像，确定参与延伸的核苷酸碱基种类；S4、将参与延伸的核苷酸的可裂解连接单元断裂，进行下一次延伸；S5、重复上述步骤S2至步骤S4，获得待测DNA模板的碱基序列。本发明能够完美地做到一次测序循环只延伸一个可逆终止剂的效果。
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公开(公告)号：CN110343612A
公开(公告)日：2019-10-18
申请号：CN201810308292.3
申请日：2018-04-08
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供了一种基于多色荧光可逆终止核苷酸的DNA单分子测序系统及装置，所述测序系统包括引物、待测DNA模板、多色荧光可逆终止核苷酸测序试剂；所述引物固定在流通池反应器表面；将待测DNA模板与测序引物进行杂交，然后用多色荧光可逆终止核苷酸延伸引物后，检测延伸引物的荧光信号即可得到待测DNA序列信息；所述待测DNA模板的3’端不需要标记定位荧光。本发明通过利用测序循环过程中，延伸反应物的荧光作为下一次延伸的定位荧光，或采用固定在流通池反应器表面的定位荧光标记物作为定位荧光，无需对待测DNA模板的3’端标记定位荧光，从而有效避免了由于淬灭而导致定位信息丢失的问题，可进一步大幅延长测序读长并降低错误率。
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公开(公告)号：CN106588722B
公开(公告)日：2018-08-03
申请号：CN201510684831.X
申请日：2015-10-20
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07C323/52 , C07C319/20 , C07H19/10 , C07H1/00 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了种硫代缩酮连接单元的合成及其在DNA测序中的用途。该连接单元的结构式为:其中R=OH或者COOH;R=R=甲基,或R=苯基、对甲氧基苯基、2,4,6‑三甲氧基苯基、萘基或对甲氧基萘基,R=H,或R、R共同构成环己基、环戊基。该连接单元与核苷酸及荧光素连接得到的荧光素标记核苷酸可用于DNA测序。与现有技术相比,本发明合成的基于硫代缩酮结构的连接单元的可逆终止剂用于DNA测序时,其延伸效率接近100%,并且在模板为连续多个相同碱基时,次只延伸个可逆终止剂;同时,其合成所需原料简单易得,合成过程均为常规化学反应,可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN108251516A
公开(公告)日：2018-07-06
申请号：CN201711280069.4
申请日：2017-12-06
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供了一种DNA单分子测序方法与测序系统，所述DNA单分子测序方法包括如下步骤：S1对基体表面进行修饰，将水溶性双功能连接单元连接于基体表面；然后将引物P1与水溶性双功能连接单元连接，即得固定有引物的基体；S2、将含待测DNA模板、聚合酶、四色荧光标记可逆终止剂的混合溶液置于固定有引物P1的基体上，进行延伸，形成含荧光素的引物/模板复合物；S3、对延伸后的引物/模板复合物进行成像，确定参与延伸的核苷酸碱基种类；S4、将参与延伸的核苷酸的可裂解连接单元断裂，进行下一次延伸；S5、重复上述步骤S2至步骤S4，获得待测DNA模板的碱基序列。本发明能够完美地做到一次测序循环只延伸一个可逆终止剂的效果。
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公开(公告)号：CN105131064B
公开(公告)日：2018-04-20
申请号：CN201510401611.1
申请日：2015-07-09
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07H19/10 , C07H1/00 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明提供了一种基于四氢呋喃修饰核苷酸及其在DNA测序中的用途。本发明的四氢呋喃修饰核苷酸，结构式如式I所示：该类化合物合成原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，易于实现大量合成；且该类化合物在DNA聚合酶作用下，可参与DNA链延伸反应，并且在模板为多个相同碱基时，一次只能延伸一个，延伸效率几乎100％。在酸性条件下，连接单元可以完全断裂将标记的荧光素切掉，下一轮延伸反应同样可以几乎100％效率进行，具有应用于DNA测序的价值。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN104725453B
公开(公告)日：2017-12-15
申请号：CN201510031230.9
申请日：2015-01-21
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供了一种基于偶氮连接单元的荧光标记核苷酸及其用途，其结构式如式VI所示：其中，荧光素选自BODIPY、罗丹明、香豆素、呫吨、花青、芘、酞菁、Alexa、Squaring染料、产生能量转移染料的组合以及其衍生物中的一种；R1、R2、R3、R4、R6为各种取代基，R5为除‑C2H5以外的取代基、且R1、R2、R3、R4、R5、R6不同时为H；n为0～10的整数。与现有技术相比，本发明合成了一类新的基于偶氮连接单元的可逆终端；该类可逆终端在温和的条件下可以实现高效率的剪切，可用于DNA测序；同时，其合成所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN105254899B
公开(公告)日：2017-11-14
申请号：CN201510666681.X
申请日：2015-10-15
Applicant: 上海交通大学
IPC: C08G81/00
Abstract: 本发明提供了一种基于分子胶的PLA‑PEG两亲性多嵌段共聚物，其结构如式I所示：其中，n为2～200之间的任意整数，m为2～150之间的任意整数，t为1或2。所述的基于分子胶的PLA‑PEG两亲性多嵌段共聚物的制备方法包括如下步骤：分别制备亲水片段化合物S3‑PEG‑S3和疏水片段化合物Z1‑PLA‑Z1将所述亲水片段化合物S3‑PEG‑S3和疏水片段化合物Z1‑PLA‑Z1进行氧化反应，得到所述PLA‑PEG两亲性多嵌段共聚物本发明具有如下的有益效果：使用凝胶色谱技术对该多嵌段共聚物进行分析表征，通过合成基于分子胶的两亲性多嵌段共聚物的表征的对照组共聚物，有效准确地计算每个嵌段在该共聚物中的百分含量。
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公开(公告)号：CN105131064A
公开(公告)日：2015-12-09
申请号：CN201510401611.1
申请日：2015-07-09
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供了一种基于四氢呋喃修饰核苷酸及其在DNA测序中的用途。本发明的四氢呋喃修饰核苷酸，结构式如式I所示：该类化合物合成原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，易于实现大量合成；且该类化合物在DNA聚合酶作用下，可参与DNA链延伸反应，并且在模板为多个相同碱基时，一次只能延伸一个，延伸效率几乎100％。在酸性条件下，连接单元可以完全断裂将标记的荧光素切掉，下一轮延伸反应同样可以几乎100％效率进行，具有应用于DNA测序的价值。
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公开(公告)号：CN104693258A
公开(公告)日：2015-06-10
申请号：CN201410692943.5
申请日：2014-11-26
Applicant: 上海交通大学
CPC classification number: C07H19/10 , C07H1/00 , C09K11/06 , C09K2211/1022 , C09K2211/1081 , C12Q1/6869 , C12Q2535/122
Abstract: 本发明公开了一种基于分子胶的荧光标记核苷酸及其在DNA测序中的用途；所述荧光标记核苷酸的结构式如式(Ⅰ)所示：，其中，R1为或R2为荧光素或dNTP为含四个不同的碱基的核苷三磷酸；荧光素选自BODIPY、罗丹明、香豆素、呫吨、花青、芘、酞菁、alexa、squarene染料、产生能量转移染料的组合以及其衍生物中的一种。本发明的荧光标记核苷酸可用于DNA测序；同时，本发明荧光标记核苷酸的合成所需原料简单易得，可用于大规模推广使用，并且生物学评价结果表明该类可逆终端能完全满足高通量测序的生化反应所有要求，具备很好的实用前景。
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公开(公告)号：CN103304802B
公开(公告)日：2015-04-22
申请号：CN201310205811.0
申请日：2013-05-28
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种酸敏感两亲性嵌段共聚物及其制备、用途。所述酸敏感两亲性嵌段共聚物的结构式为式(I)所示，其中，n为1～300中的任意一个整数，R为式(II)、(III)、(IV)或(V)所示的结构：其中m为1～100的任意一个整数。本发明化合物合成原料简单易得，合成过程均为常规反应，反应条件温和，可以大量制备；由该类嵌段共聚物自组装而成的胶束可用于药物运输载体。
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