公开(公告)号：CN118084996A

公开(公告)日：2024-05-28

申请号：CN202410228897.7

申请日：2024-02-29

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 沈玉梅 ,  王平阳 ,  邵志峰 ,  汤博为 ,  吴开杰 ,  孙嘉伟

IPC: C07H19/10 ,  C12Q1/6869 ,  C07H19/14 ,  C07H1/00 ,  C09K11/06

Abstract: 本发明公开了一种可逆终止核苷酸及其在DNA合成测序及单分子测序中的应用，所述荧光标记核苷酸典型结构#imgabs0#其中Base为U,C,A,G四个不同的碱基；R是将噻唑烷连接单元与核苷酸连接在一起的化学分子基团；Cleavable Linker为噻唑烷连接单元；R1是将噻唑烷连接单元与荧光素连接在一起的化学分子基团；Dye是荧光染料。该可逆终止核苷酸在参与DNA链延伸后，可快速发生断裂。断裂后，残留在碱基上的基团较小，有利于DNA合成测序的顺利进行。在DNA合成测序及单分子测序中，连接单元可快死断裂，反应干净彻底，几乎没有观察到副反应发生；且该类化合物合成简单方便，且可以大量合成，能够极大降低测序成本。

公开(公告)号：CN115651973A

公开(公告)日：2023-01-31

申请号：CN202211093343.8

申请日：2022-09-08

Applicant: 苏州京脉生物科技有限公司 ,  上海交通大学

Inventor： 康亚妮 ,  程酩 ,  王佳宁 ,  邵志峰 ,  李华 ,  秦玉兰

IPC: C12Q1/6869 ,  G16B40/00 ,  G16B30/00

Abstract: 本申请提供一种可传代细胞的高保真甲基化位点的分离与分析方法，包括步骤：(A)将可传代细胞进行传代培养多代后，取不同代数的细胞进行基因组DNA提取，作为实验样本；(B)将spike‑in加入实验样本中，进行重亚硫酸盐转化，构建简并代表性重亚硫酸盐测序文库，并进行测序；所述spike‑in为甲基化和未甲基化的lambda DNA；(C)对于测序数据，根据spike‑in计算转化效率和错误转化率最终对甲基化水平的评估产生偏差，并且对每个位点的DNA甲基化水平采用二项分布近似贝叶斯模型进行定量检测，通过比较不同代别的甲基化水平得到高保真甲基化位点。

公开(公告)号：CN115308414A

公开(公告)日：2022-11-08

申请号：CN202210147304.5

申请日：2022-02-17

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 邵志峰 ,  张小丹 ,  郭妍 ,  丹尼尔·恰可夫 ,  程酩

IPC: G01N33/58 ,  G01N21/64 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明提供了基于免疫荧光的高精度空间转录组分析方法和系统。具体地，本发明采用特定的RNA酶抑制剂并优化了激光显微切割等相关技术，从而可以对组织切片中免疫荧光标记鉴定的特定细胞进行高分辨的空间转录组分析。本发明对液氮速冻样品和RNAlater保存的样品均适用，在长时间的免疫荧光标记后进行激光显微切割分选，能同时获取高质量的成像结果和RNA产物，实现低至几十个特定抗体标记细胞的捕获和全基因组的转录本分析。

公开(公告)号：CN110343612B

公开(公告)日：2021-07-13

申请号：CN201810308292.3

申请日：2018-04-08

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 沈玉梅 ,  谭连江 ,  邵志峰 ,  龚兵 ,  李小卫

IPC: C12Q1/6869 ,  C12M1/34 ,  C12M1/00

Abstract: 本发明提供了一种基于多色荧光可逆终止核苷酸的DNA单分子测序系统及装置，所述测序系统包括引物、待测DNA模板、多色荧光可逆终止核苷酸测序试剂；所述引物固定在流通池反应器表面；将待测DNA模板与测序引物进行杂交，然后用多色荧光可逆终止核苷酸延伸引物后，检测延伸引物的荧光信号即可得到待测DNA序列信息；所述待测DNA模板的3’端不需要标记定位荧光。本发明通过利用测序循环过程中，延伸反应物的荧光作为下一次延伸的定位荧光，或采用固定在流通池反应器表面的定位荧光标记物作为定位荧光，无需对待测DNA模板的3’端标记定位荧光，从而有效避免了由于淬灭而导致定位信息丢失的问题，可进一步大幅延长测序读长并降低错误率。

公开(公告)号：CN110887825A

公开(公告)日：2020-03-17

申请号：CN201911260222.6

申请日：2019-12-10

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 沈轶 ,  滕子优 ,  丹尼尔·恰可夫 ,  孙洁林 ,  邵志峰

IPC: G01N21/64 ,  G01B11/16

Abstract: 本发明提供了一种基于可控磁场的生物力学参数测量方法，包括下列步骤：磁性物体与生物样品接触；通过磁场对多个磁性物体同时产生作用力，磁性物体受到磁场作用，对作为生物样品产生作用力；检测记录磁性物体的运动轨迹；通过分析磁性物体所受磁场力与其运动轨迹的关系，获得作为测量对象的生物样品有关的力学参数的表征。在本发明提供的基于可控磁场的生物力学参数测量方法中，磁场源产生磁场对磁性物体产生作用力，磁性物质受力对生物样品产生形变，通过测试磁性物体的运动轨迹，从而获得生物样品的形变，最终获得生物样品的受力的力学参数。

公开(公告)号：CN109097439A

公开(公告)日：2018-12-28

申请号：CN201811024725.9

申请日：2018-09-04

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 赵小东 ,  康亚妮 ,  邵志峰 ,  胡丛霞

IPC: C12Q1/6804

Abstract: 本发明提供了一种检测少量样品全基因组DNA甲基化的方法。具体地，本发明的方法包括步骤：(a)提供DNA片段；(b)在所述DNA片段两端添加接头；(c)向所述末端带有接头的DNA中加入辅助核酸片段，形成第一混合物；(d)将所述第一混合物进行热变性，使双链DNA成为单链DNA，形成第二混合物；(e)用特异性抗体对所述第二混合物中甲基化的核酸片段进行捕获；(f)用特异性引物对被捕获的核酸片段进行扩增，从而获得含有甲基化的核酸片段的扩增产物。本发明的方法适用于极少量来源样品的甲基化核酸测序分析，而且成本较低，具有很高的普遍适用性。

公开(公告)号：CN108572099A

公开(公告)日：2018-09-25

申请号：CN201810368691.9

申请日：2018-04-23

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 李小卫 ,  邵志峰 ,  张倪

IPC: G01N1/31 ,  G05D27/02

Abstract: 一种实现生物组织快速染色的装置包括染色箱，其中，所述染色箱内部具有1-100个电泳腔放置槽；所述的电泳腔放置槽具有电泳腔、温度传感器、离子浓度传感器、pH传感器、电流传感器和流速传感器。本发明的装置能够有效提高染色的效率，能大幅够减少染色的时间，显著提高染色的质量，具有简单、通用性强、易于组装、且成本低的优点。

公开(公告)号：CN108424844A

公开(公告)日：2018-08-21

申请号：CN201810307850.4

申请日：2018-04-08

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 沈玉梅 ,  谭连江 ,  邵志峰 ,  龚兵 ,  李小卫

IPC: C12M1/34 ,  C12M1/00 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明提供了一种单分子测序芯片及其制备方法，所述芯片包括流道板、基板和盖板，所述流道板设置在基板和盖板之间；所述流道板上设置流通池，所述流通池包括多个平行设置的流道；所述流通池的上方设置盖板、流通池的下方设置基板；所述流道的底部与基板表面连通；与流道板接触的所述基板的表面固定测序引物和定位用荧光标记物。该芯片表面负载有荧光寿命长、荧光强度高，荧光性能稳定的量子点或荧光微球，可以在测序过程中对目标DNA单分子进行定位。由于量子点或荧光微球在经过很多次的激发光照后仍然能够保持较高的荧光强度，解决了定位荧光信号无法长时间保持的问题，显著提高单分子测序读长，降低测序的错误率，并有效降低测序成本。

公开(公告)号：CN107727732A

公开(公告)日：2018-02-23

申请号：CN201711139298.4

申请日：2017-11-16

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 沈轶 ,  丹尼尔·恰可夫 ,  滕子优 ,  邵志峰 ,  孙洁林

IPC: G01N27/72

CPC classification number: G01N27/72

Abstract: 本发明公开了一种用于蛋白相互作用组单分子力谱方法，用于高效测量多种不同生物分子间单分子相互作用。该方法通过磁场对待测生物分子微阵列表面所有磁性物质产生作用力，使磁性物质对连接在其与基底间的生物分子或生物分子对产生作用力；通过磁性物质在微阵列上位置，获得对应的与该磁性物质连接的生物分子或生物分子对种类，再通过检测记录磁性物质空间运动轨迹，来分析获得该生物分子或生物分子对的物理化学参量的表征信息。本发明具有高效、连续、高通量测量等优点。

公开(公告)号：CN107217052A

公开(公告)日：2017-09-29

申请号：CN201710552185.0

申请日：2017-07-07

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 李鑫辉 ,  王琪 ,  邵志峰

IPC: C12N15/11 ,  C12N15/10 ,  C12Q1/68 ,  C40B50/06

CPC classification number: C12N15/11 ,  C12N15/1093 ,  C12Q1/6806 ,  C40B50/06 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2525/191 ,  C12Q2521/531

Abstract: 本发明提供了一种定量高通量测序文库的制备方法及其配套试剂盒，具体地，本发明提供了一种衔接子，所述衔接子具有式I或II所示的结构：各式中，S1为任选地引导部(N)m，N为A、T、G、C中任一碱基，m为1‑150的正整数；pS1为磷酸化的S1；S2为茎部1，具有SEQ ID NO.:1所示的核苷酸序列；S3为环部，其中含有至少一个碱基U；S4为茎部2，具有SEQ ID NO.:2所示的核苷酸序列；S2与S4完全互补或部分互补；S5为无或与引导部S1互补的延伸部；S6为无或含有至少一个碱基T的结合部；若S5为无，则S6为无；“─”为化学键。5'‑S1─S2─S3─S4─S5─S6‑3' (I)5'‑pS1─S2─S3─S4─S5─S6‑3' (II)。