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公开(公告)号：CN118084996A
公开(公告)日：2024-05-28
申请号：CN202410228897.7
申请日：2024-02-29
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07H19/10 , C12Q1/6869 , C07H19/14 , C07H1/00 , C09K11/06
Abstract: 本发明公开了一种可逆终止核苷酸及其在DNA合成测序及单分子测序中的应用，所述荧光标记核苷酸典型结构#imgabs0#其中Base为U,C,A,G四个不同的碱基；R是将噻唑烷连接单元与核苷酸连接在一起的化学分子基团；Cleavable Linker为噻唑烷连接单元；R1是将噻唑烷连接单元与荧光素连接在一起的化学分子基团；Dye是荧光染料。该可逆终止核苷酸在参与DNA链延伸后，可快速发生断裂。断裂后，残留在碱基上的基团较小，有利于DNA合成测序的顺利进行。在DNA合成测序及单分子测序中，连接单元可快死断裂，反应干净彻底，几乎没有观察到副反应发生；且该类化合物合成简单方便，且可以大量合成，能够极大降低测序成本。
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公开(公告)号：CN109232693A
公开(公告)日：2019-01-18
申请号：CN201811143066.0
申请日：2018-09-28
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种核苷四磷酸的合成方法。所述方法包括以下步骤：将核苷与环状磷酸化试剂发生选择性磷酸化反应，再经氧化、水解开环，即得所述核苷四磷酸。所述环状磷酸化试剂的结构如式I所示：式I。本方法将核苷在该高选择性磷酸化试剂作用下,选择性地生成5＇-核苷四磷酸，在此过程中并不需要将3＇-OH(以及2＇-OH)保护起来，即能有效抑制3＇(以及2＇-)四磷酸的生成。本发明合成的核苷四磷酸在DNA测序、标记、延伸等生物学领域具有广泛用途，目前其销售价格昂贵，合成方法复杂，反应选择性差；而本发明提供的合成方法选择性好，容易分离纯化，且所需实验条件简单，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN112390839B
公开(公告)日：2022-02-25
申请号：CN202011286386.9
申请日：2020-11-17
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07H19/073 , C07H1/00 , C12Q1/6869
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公开(公告)号：CN112390839A
公开(公告)日：2021-02-23
申请号：CN202011286386.9
申请日：2020-11-17
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07H19/073 , C07H1/00 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明提供了一种三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂及DNA单分子测序系统及测序方法，所述三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂包括以下基于三氮烯连接单元的不同荧光素标记四种不同碱基的可逆终止核苷酸：本发明在包含所述三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂的DNA单分子集成测序系统中，通过前一次DNA链延伸产物的荧光信号图像作为下一次延伸产物的定位荧光，无需额外的定位荧光，并且三氮烯荧光标记核苷酸在断裂反应后，在DNA链上无残基保留，理论上读长无限制。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN109320445B
公开(公告)日：2020-05-08
申请号：CN201811149807.6
申请日：2018-09-29
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07D209/08 , C07D209/60 , C12Q1/6869 , C09K11/06
Abstract: 本发明公开了一种Cy系列荧光素的合成方法以及在DNA测序中的应用，所述方法包括：A、将反应物与反应物YCH2(CH2)4COOH或者YR回流，得到反应中间体和B、将步骤A所得与反应，生成然后直接加入一锅法生成目标产物；所述各结构式中，Y＝Cl，Br，I；R＝Me,乙基，丙基；X＝O，CH(CH3)2；R1‑R4任选H或者SO3‑、或者R1,R2与苯环共同构成萘环以及衍生物、或者R3,R4与苯环共同构成萘环以及衍生物；n＝1，3，5。该方法通过一锅法得到所需不对称结构荧光素，反应选择性好，容易分离纯化，且所需实验条件简单，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN109320445A
公开(公告)日：2019-02-12
申请号：CN201811149807.6
申请日：2018-09-29
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07D209/08 , C07D209/60 , C12Q1/6869 , C09K11/06
Abstract: 本发明公开了一种Cy系列荧光素的合成方法以及在DNA测序中的应用，所述方法包括：A、将反应物与反应物YCH2(CH2)4COOH或者YR回流，得到反应中间体 和B、将步骤A所得 与反应，生成然后直接加入 一锅法生成目标产物；所述各结构式中，Y＝Cl，Br，I；R＝Me,乙基，丙基；X＝O，CH(CH3)2；R1-R4任选H或者SO3-、或者R1,R2与苯环共同构成萘环以及衍生物、或者R3,R4与苯环共同构成萘环以及衍生物；n＝1，3，5。该方法通过一锅法得到所需不对称结构荧光素，反应选择性好，容易分离纯化，且所需实验条件简单，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN118239996A
公开(公告)日：2024-06-25
申请号：CN202410334815.7
申请日：2024-03-22
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07H19/10 , C07H19/23 , C07H1/00 , C09K11/06 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种荧光标记核苷酸在DNA合成测序及单分子测序中的应用，所述荧光标记核苷酸典型结构#imgabs0#其中Base为U,C,A,G四个不同的碱基；R为苯环；Cleavable Linker为偶氮连接单元；R1是将偶氮连接单元与荧光素连接在一起的化学分子基团，Dye是荧光染料。该结构式通过可裂解连接单元使荧光素与含有芳环的碱基相连。该类荧光标记核苷酸参与DNA延伸、断裂后，残留在碱基上的基团只有苯胺基。本发明在DNA合成测序及单分子测序中，荧光标记核苷酸在参与延伸并断裂反应后，在DNA链上的残基只有苯胺基，在单分子测序中的实验结果表明，有望发展为长读长DNA测序方法，且保持低错误率。
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公开(公告)号：CN117567537A
公开(公告)日：2024-02-20
申请号：CN202311526581.8
申请日：2023-11-15
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07H23/00 , C07H19/10 , C07H1/00 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明提供了一种基于pH敏感型连接单元的可逆终止核苷酸的合成及其用途，所述pH敏感型可逆终止核苷酸的典型结构是：#imgabs0#该结构式的特点为使用特定结构的pH敏感型三氮烯连接单元将dNTP(包含于#imgabs1#)和荧光素(R3)连接在一起形成可逆终止核苷酸。该可逆终止核苷酸在参与DNA链延伸后，仅需在酸性条件下即可快速发生断裂。断裂后，残留在碱基上的基团较小，有利于DNA合成测序的进行。实验表明该类可逆终止核苷酸具有很好的应用前景；在DNA合成测序及单分子测序中，连接单元断裂快速，反应干净彻底，几乎没有观察到副反应发生；且该类化合物合成简单方便，且可以大量合成，能够极大降低测序成本。
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公开(公告)号：CN117567536A
公开(公告)日：2024-02-20
申请号：CN202311527920.4
申请日：2023-11-15
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07H19/10 , C12Q1/6869 , C07H19/14 , C07H19/20 , C09K11/06
Abstract: 本发明公开了一种荧光标记核苷酸在DNA合成测序及单分子测序中的应用，所述荧光标记核苷酸典型结构#imgabs0#其中Base为U,C,A,G四个不同的碱基；R为苯环、炔基或乙烯基；Cleavable Linker为三氮烯连接单元；R1是将三氮烯连接单元与荧光素连接在一起的化学分子基团，Dye是荧光染料。该类荧光标记核苷酸参与DNA延伸、断裂后，残留在碱基上的基团只有苯(胺)基、炔基、乙烯基等含π‑电子基团。本发明在DNA合成测序及单分子测序中，荧光标记核苷酸在参与延伸并断裂反应后，在DNA链上的残基只有苯(胺)基、炔基、乙烯基，有助于DNA测序读长更长且错误率更低。
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