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公开(公告)号：CN104725453B
公开(公告)日：2017-12-15
申请号：CN201510031230.9
申请日：2015-01-21
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供了一种基于偶氮连接单元的荧光标记核苷酸及其用途，其结构式如式VI所示：其中，荧光素选自BODIPY、罗丹明、香豆素、呫吨、花青、芘、酞菁、Alexa、Squaring染料、产生能量转移染料的组合以及其衍生物中的一种；R1、R2、R3、R4、R6为各种取代基，R5为除‑C2H5以外的取代基、且R1、R2、R3、R4、R5、R6不同时为H；n为0～10的整数。与现有技术相比，本发明合成了一类新的基于偶氮连接单元的可逆终端；该类可逆终端在温和的条件下可以实现高效率的剪切，可用于DNA测序；同时，其合成所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN105254899B
公开(公告)日：2017-11-14
申请号：CN201510666681.X
申请日：2015-10-15
Applicant: 上海交通大学
IPC: C08G81/00
Abstract: 本发明提供了一种基于分子胶的PLA‑PEG两亲性多嵌段共聚物，其结构如式I所示：其中，n为2～200之间的任意整数，m为2～150之间的任意整数，t为1或2。所述的基于分子胶的PLA‑PEG两亲性多嵌段共聚物的制备方法包括如下步骤：分别制备亲水片段化合物S3‑PEG‑S3和疏水片段化合物Z1‑PLA‑Z1将所述亲水片段化合物S3‑PEG‑S3和疏水片段化合物Z1‑PLA‑Z1进行氧化反应，得到所述PLA‑PEG两亲性多嵌段共聚物本发明具有如下的有益效果：使用凝胶色谱技术对该多嵌段共聚物进行分析表征，通过合成基于分子胶的两亲性多嵌段共聚物的表征的对照组共聚物，有效准确地计算每个嵌段在该共聚物中的百分含量。
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公开(公告)号：CN105131064A
公开(公告)日：2015-12-09
申请号：CN201510401611.1
申请日：2015-07-09
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供了一种基于四氢呋喃修饰核苷酸及其在DNA测序中的用途。本发明的四氢呋喃修饰核苷酸，结构式如式I所示：该类化合物合成原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，易于实现大量合成；且该类化合物在DNA聚合酶作用下，可参与DNA链延伸反应，并且在模板为多个相同碱基时，一次只能延伸一个，延伸效率几乎100％。在酸性条件下，连接单元可以完全断裂将标记的荧光素切掉，下一轮延伸反应同样可以几乎100％效率进行，具有应用于DNA测序的价值。
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公开(公告)号：CN103911449B
公开(公告)日：2015-08-12
申请号：CN201410138517.7
申请日：2014-04-08
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明涉及一种检测RNA PAS（Poly A Site）的方法，提供了一种基于3T-seq全基因组范围分析APA的方法，包括含有oligo dT的磁珠制备，即将5'端生物素修饰的oligo dT引物与带链霉亲和素的磁珠混合结合；用所述磁珠与总RNA混合，筛选含有Poly A的RNA；逆转录，双链cDNA第二链合成，双链cDNA断裂；移除Poly A结构；末端修饰后连接测序接头；文库回收。该方法减少了RNA水平操作，在DNA水平移除Poly A序列，消除Poly结构对测序的影响；选择双链DNA断裂酶处理，在不影响文库质量的基础上在DNA水平断裂；简化实验流程，降低实验难度和造价，使其应用范围更广。
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公开(公告)号：CN104693258A
公开(公告)日：2015-06-10
申请号：CN201410692943.5
申请日：2014-11-26
Applicant: 上海交通大学
CPC classification number: C07H19/10 , C07H1/00 , C09K11/06 , C09K2211/1022 , C09K2211/1081 , C12Q1/6869 , C12Q2535/122
Abstract: 本发明公开了一种基于分子胶的荧光标记核苷酸及其在DNA测序中的用途；所述荧光标记核苷酸的结构式如式(Ⅰ)所示：，其中，R1为或R2为荧光素或dNTP为含四个不同的碱基的核苷三磷酸；荧光素选自BODIPY、罗丹明、香豆素、呫吨、花青、芘、酞菁、alexa、squarene染料、产生能量转移染料的组合以及其衍生物中的一种。本发明的荧光标记核苷酸可用于DNA测序；同时，本发明荧光标记核苷酸的合成所需原料简单易得，可用于大规模推广使用，并且生物学评价结果表明该类可逆终端能完全满足高通量测序的生化反应所有要求，具备很好的实用前景。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN102507724B
公开(公告)日：2015-04-01
申请号：CN201110301093.8
申请日：2011-09-28
Applicant: 上海交通大学
IPC: G01N27/72
Abstract: 本发明提出一种基于磁场力的平行大通量单分子力谱方法，将单个分子连接于磁珠之上，放置于线圈中。通过直流升压电路对电容充电获得高电压，然后使电容对电磁线圈放电，线圈电流上升至一定水平后，直流稳压电源开始稳定对线圈供电，从而在短时间内迅速在线圈外部产生一个稳定磁场，对多个磁珠产生基本相同作用力。通过显微镜观察磁珠衍射斑的变化，判断磁珠相对基底之间的移动距离，使用相机间隔设定时间成像，从而可以同时得到多个分子进行单分子力谱测量。
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公开(公告)号：CN103539697B
公开(公告)日：2014-12-24
申请号：CN201310462509.3
申请日：2013-09-30
IPC: C07C245/08 , C07H19/10 , C07H1/00 , C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种还原敏感偶氮连接单元的合成及其在DNA测序中的用途；该还原敏感偶氮连接单元结构式如下：其中m为0～44中任一整数，n为0～44中任一整数。该还原敏感偶氮连接单元与核苷酸及荧光素连接得到可逆终端，所述可逆终端用于DNA合成测序。与现有技术相比，本发明合成了一类新的可裂解连接单元，并用于合成了基于这种连接单元的可逆终端；该类可逆终端在温和的条件下可以实现高效率的裂解，可用于DNA合成测序；同时，其合成所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN104003902A
公开(公告)日：2014-08-27
申请号：CN201410203327.9
申请日：2014-05-14
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07C247/10 , C07H19/10 , C07H1/00 , C09K11/06 , C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种三氮烯连接单元的合成及其在DNA测序中的用途；该三氮烯连接单元结构式如下：，其中-CH2OH和-CH2N3分别连接于三氮烯结构的邻位、对位或间位。该酸敏感的三氮烯连接单元与核苷酸及荧光素连接得到的可逆终端可用于DNA合成测序。与现有技术相比，本发明合成了一类新的酸敏感连接单元，并用于合成了基于这种连接单元的可逆终端；该类可逆终端可用于DNA合成测序；同时，其合成所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN103819523A
公开(公告)日：2014-05-28
申请号：CN201410030095.1
申请日：2014-01-22
IPC: C07H19/167 , C07H1/00 , C07H19/173 , C07H19/20
CPC classification number: Y02P20/55
Abstract: 本发明公开了一种7-去氮-7-卤素鸟嘌呤核苷的合成方法；所述方法包括如下步骤：式(III)化合物在碱性条件下去保护基得式(IV1)或(IV2)化合物；进一步去甲基得式(I)化合物，即所述7-去氮-7-卤素鸟嘌呤核苷；其中，R1为H或OH，R2为I、Br或Cl，R3为H或本发明合成的7-去氮-7-卤素-鸟嘌呤核苷是在DNA测序、标记、延伸等生物学领域广泛使用的基本原料，目前其销售价格很高，且合成方法复杂，难以控制；而本发明的合成方法所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN103804447A
公开(公告)日：2014-05-21
申请号：CN201410055242.0
申请日：2014-02-18
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07H19/167 , C07H19/173 , C07H19/20 , C07H1/00 , C07H1/04 , C09K11/06 , C12Q1/68
CPC classification number: Y02P20/55
Abstract: 本发明公开了一种氮杂化鸟嘌呤核苷及其合成方法和在DNA测序中的用途；所述合成方法包括如下步骤：式(Ⅲ)化合物在碱性条件下去保护基得式(Ⅱ)化合物；进一步去甲基得式(Ⅰ)化合物，即7-去氮-7-卤素-8-氮-鸟嘌呤核苷；其中，R1为H或OH，R2为I、Br或Cl，R3为H或本发明的氮杂化鸟嘌呤核苷是用于DNA测序的新型试剂，与8位未取代氮的鸟嘌呤核苷相比，具有更好的碱基识别效果、更稳定的DNA链结构。同时，现有技术中8位氮取代鸟嘌呤核苷的合成方法复杂，产率低，尚未商业化生产，而本发明的合成方法所需原料简单易得，采用常规化学合成反应，且收率较高，适用于广泛推广使用。
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