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公开(公告)号：CN208938659U
公开(公告)日：2019-06-04
申请号：CN201821513809.4
申请日：2018-09-13
申请人： 深圳市瀚海基因生物科技有限公司
IPC分类号： G16B20/00
摘要： 本实用新型公开了一种测序系统，其包括支撑架和多个电路板，所述多个电路板包括接口板、电源转接板和主控制板，所述支撑架包括第一侧，所述第一侧划分有上区和下区，所述接口板设置在所述下区，所述电源转接板和所述主控制板设置在所述上区。上述的测序系统中，在第一侧的下区设置接口板可方便用户连接接口板，在第一侧的上区设置电源转接板和主控制板，可使得电源转接板和主控制板产生的热量向上散发时，不会影响或较少地影响测序系统，同时，也使得测序系统下方更多温度较低的空气自下而上补充至上区，进而保证了电源转接板和主控制板的散热效果。
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公开(公告)号：CN118983008A
公开(公告)日：2024-11-19
申请号：CN202411079563.4
申请日：2024-08-07
申请人： 复旦大学
摘要： 本发明公开了基于同源搜索的微生物小蛋白注释方法，属于微生物组以及宏基因组学技术领域，整合全球微生物组基因组及基因数据，利用同源比对对基因组或宏基因组中小蛋白的鉴定和注释。该注释方法，包括如下步骤：第一步、输入序列；第二步、同源比对；第三步、注释：结合所有的比对命中信息，基于已整理的全球微生物数组smORF注释数据，对得到的候选小蛋白序列进行物种分类、栖息地注释、功能结构域注释和质量控制信息匹配；第四步、输出。本发明基于自构建的全球微生物组smORF目录，利用同源比对方法对微生物基因组进行smORF预测和注释，降低预测的假阳性率，提高smORF预测的可信度。
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公开(公告)号：CN118983003A
公开(公告)日：2024-11-19
申请号：CN202410835078.9
申请日：2024-06-25
申请人： 南京世和基因生物技术股份有限公司 , 南京世和医疗器械有限公司
摘要： 本发明涉及一种WGS甲基化水平预测方法以及组织起源推断方法，属于基因检测技术领域。使用二代测序技术，对cfDNA进行全基因组测序(WGS)。通过生物信息学手段，提取每条cfDNA片段碎片特征，使用高斯混合模型将WGS数据每条片段覆盖的CpG点标记为未甲基化和甲基化状态，然后构建非均匀隐马尔可夫模型，解码每个CpG在每条片段中的甲基化最佳状态，进而在参考基因组上汇总每个CpG点的状态，计算连续的甲基化水平。对比公开的人类特异性参考甲基化图谱，在片段层面对甲基化信号解卷积，估计对cfDNA有贡献的细胞类型和组织的相对丰度。这种方法可以直接从WGS数据推断出cfDNA甲基化水平以及起源组织状态。
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公开(公告)号：CN118946932A
公开(公告)日：2024-11-12
申请号：CN202380030454.0
申请日：2023-08-04
申请人： 因美纳有限公司
发明人： K·贾加纳坦
摘要： 所公开的技术涉及检测基因保守性和表达保留。特别地，所公开的技术涉及通过生成染色质形式的序列的多个替代性表示(300)，以碱基分辨率检测参考遗传序列(302)与该参考遗传序列(302)的变体相比的基因保守性和表观遗传信号，该替代性表示能够表示进化保守性、转录起始或表观遗传信号，将该多个另选染色质序列映射到基因表达可变性分类器(2700)以生成该变体的基因表达类别预测，以及将该另选染色质序列映射到致病性预测器以检测变体的致病性。
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公开(公告)号：CN118919074A
公开(公告)日：2024-11-08
申请号：CN202410955172.8
申请日：2024-07-17
申请人： 海南医科大学(海南省医学科学院)
摘要： 本发明提供一种口腔鳞状细胞癌双硫死亡相关DNA甲基化预后模型构建方法，涉及分子生物学技术领域，包括步骤：S101、获取双硫死亡相关的差异DNA甲基化位点集合；S102、基于差异DNA甲基化位点构建OSCC(口腔鳞状细胞癌)双硫死亡相关DNA甲基化预后模型。所述方法基于双硫死亡相关的差异DNA甲基化位点来构建OSCC患者预后模型，能够更全面地评估OSCC癌症细胞的生存状态和疾病的发展趋势，从而提高患者生存预后状况预测的准确性，帮助医生制定更为个性化的治疗方案，提高治疗效果的同时降低治疗风险，而准确的预后预测可以帮助患者更好地了解自己的病情和预后，提高其治疗效果和生活质量。
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公开(公告)号：CN118919053A
公开(公告)日：2024-11-08
申请号：CN202410933156.9
申请日：2024-07-12
申请人： 中国医学科学院肿瘤医院
IPC分类号： G16H50/20 , G16H50/70 , G16B20/00 , G06F18/23213 , G06F18/21
摘要： 本发明公开了特定疾病的复发概率的预测模型的构建方法，包括采集特定疾病的患者医疗数据和个性化治疗方案，对所述患者医疗数据进行预处理，通过对比度对所述患者医疗数据进行特征提取获取基线特征，采用偏差量对所述基线特征进行时序分析获得时序数据，根据所述时序数据计算个性化风险指数，根据所述时序数据对所述个性化治疗方案进行影响分析获得预后因素，对所述个性化风险指数进行风险分层获得等级风险，根据所述预后因素和所述等级风险构建特定疾病复发概率预测模型，优化所述特定疾病复发概率预测模型，输出目标模型。该方法不仅可以提高复发概率的预测模型的构建精度，同时具有较好的可解释性，可以直接应用于疾病的复发概率的预测系统中。
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公开(公告)号：CN118918963A
公开(公告)日：2024-11-08
申请号：CN202411044112.7
申请日：2024-07-31
申请人： 北京诺禾致源科技股份有限公司
IPC分类号： G16B40/00 , G16B20/00 , G06F18/241 , G06F18/20
摘要： 本发明涉及生物信息领域，具体而言，涉及一种刺胞动物门物种基因组Homeobox基因家族鉴定方法、装置、电子设备及存储介质。该方法包括：S1.构建模式生物基因组Homeobox基因家族保守结构域序列的隐马尔可夫模型数据库；S2.提取刺胞动物门物种的基因组候选Homeobox基因；S3.基于Homeobox基因家族保守结构域序列的隐马尔可夫模型数据库，对刺胞动物门物种基因组候选Homeobox基因的蛋白序列进行同源检索；S4.整合同源检索结果，基于比对期望值进行排序，筛选最佳比对。该方法对刺胞动物门物种基因组Homeobox基因家族能够进行全面鉴定，具有通用性，分类效率高，不易出现假阳性。
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公开(公告)号：CN118918962A
公开(公告)日：2024-11-08
申请号：CN202411032469.3
申请日：2024-07-30
申请人： 哈尔滨工业大学
IPC分类号： G16B40/00 , G16B20/00 , G16B25/00 , G16B15/00 , G06F18/2132 , G06F18/2136 , G06F18/211 , G06F18/23 , G06N5/04
摘要： 本发明涉及生物信息学领域，具体公开了一种基于单细胞转录组数据的细胞间通讯推断方法，包括步骤：单细胞数据预处理；基于矩阵分解的联合学习模型；识别基因表达模式及细胞亚群；细胞间通讯的推断统计模型的构建。基于本发明模型能够有效地探索基因的表达模式，并进一步揭示细胞的身份和功能；结合细胞间和细胞内的相关通讯信号，提出了识别细胞间通讯的推断统计模型。本发明克服了连接细胞内外的通讯途径难以预测的问题，通过对细胞内部状态和相互关系的深入理解，提高了细胞间通讯网络推断的性能，有助于更全面地理解潜在的生物过程。
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公开(公告)号：CN118910240A
公开(公告)日：2024-11-08
申请号：CN202410995308.8
申请日：2024-07-24
申请人： 中国科学院广州生物医药与健康研究院
IPC分类号： C12Q1/6874 , G16B20/00
摘要： 本发明涉及一种基于浸液式条形码标记的空间组学检测装置及其制备方法和应用。本发明基于浸液式条形码标记，可实现快速构建具有二维或三维坐标的空间组学检测装置，如在微针阵列的三维空间中三个方向上分别设置沿方向分布的已知DNA条形码序列，每个微针上构造出的独特三维空间坐标已知，可根据DNA条形码序列确认三维空间坐标，能够通过微针序列的三维空间坐标将所捕获的三维组织细胞内的分子信息进行重建，从而获得真实的三维空间组学信息。
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