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公开(公告)号：CN118918962A
公开(公告)日：2024-11-08
申请号：CN202411032469.3
申请日：2024-07-30
申请人： 哈尔滨工业大学
IPC分类号： G16B40/00 , G16B20/00 , G16B25/00 , G16B15/00 , G06F18/2132 , G06F18/2136 , G06F18/211 , G06F18/23 , G06N5/04
摘要： 本发明涉及生物信息学领域，具体公开了一种基于单细胞转录组数据的细胞间通讯推断方法，包括步骤：单细胞数据预处理；基于矩阵分解的联合学习模型；识别基因表达模式及细胞亚群；细胞间通讯的推断统计模型的构建。基于本发明模型能够有效地探索基因的表达模式，并进一步揭示细胞的身份和功能；结合细胞间和细胞内的相关通讯信号，提出了识别细胞间通讯的推断统计模型。本发明克服了连接细胞内外的通讯途径难以预测的问题，通过对细胞内部状态和相互关系的深入理解，提高了细胞间通讯网络推断的性能，有助于更全面地理解潜在的生物过程。
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公开(公告)号：CN118711671A
公开(公告)日：2024-09-27
申请号：CN202410747250.5
申请日：2024-06-11
申请人： 哈尔滨工业大学
IPC分类号： G16B40/00 , G16B5/00 , G16B20/00 , G16B20/20 , G16B25/10 , G06N3/042 , G06N3/045 , G06N3/0464 , G06N3/08
摘要： 本发明公开了一种针对空间转录组数据的细胞间通讯智能识别方法，方法包括：对单细胞转录组和空间转录组数据进行预处理；利用注意力机制探索组学数据中存在的深层联系，整合单细胞转录组和空间转录组数据；通过基于子图的机制，挖掘每个细胞的局域特征和全局特征；结合图注意力神经网络，提出在单细胞分辨率上识别细胞间通讯的智能算法。本发明克服了单细胞转录组和空间转录组数据的局限性，解决了细胞间通讯的精准识别和解析问题，有助于更全面地揭示细胞之间的协同调控，进一步加深对复杂生物过程的理解。
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公开(公告)号：CN113160887B
公开(公告)日：2022-06-14
申请号：CN202110443345.4
申请日：2021-04-23
申请人： 哈尔滨工业大学
IPC分类号： G16B20/50 , G16B50/00 , C12Q1/6869 , C12Q1/6886 , G16B5/00 , G16B30/10 , G16B30/20
摘要： 本发明公开了一种融合了单细胞TCR测序数据的肿瘤新生抗原筛选方法，包括：基于全外显子测序数据及转录组测序数据通过软件进行质控、比对等步骤获取新生突变肽库；使用HLA分型预测软件预测HLA‑I类分型；结合单细胞TCR测序及单细胞转录组测序，通过细胞类型注释、克隆频率分析寻找癌症特异性的CD8+T细胞受体；同时，基于集成深度学习通过peptide‑TCR相互作用预测模型鉴定短肽免疫原性，提出融合单细胞TCR测序数据的肿瘤新生抗原筛选方法，解决了传统肿瘤抗原筛选方法新生抗原错选漏选率高、免疫原性不足等问题。
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公开(公告)号：CN113160887A
公开(公告)日：2021-07-23
申请号：CN202110443345.4
申请日：2021-04-23
申请人： 哈尔滨工业大学
IPC分类号： G16B20/50 , G16B50/00 , C12Q1/6869 , C12Q1/6886 , G16B5/00 , G16B30/10 , G16B30/20
摘要： 本发明公开了一种融合了单细胞TCR测序数据的肿瘤新生抗原筛选方法，包括：基于全外显子测序数据及转录组测序数据通过软件进行质控、比对等步骤获取新生突变肽库；使用HLA分型预测软件预测HLA‑I类分型；结合单细胞TCR测序及单细胞转录组测序，通过细胞类型注释、克隆频率分析寻找癌症特异性的CD8+T细胞受体；同时，基于集成深度学习通过peptide‑TCR相互作用预测模型鉴定短肽免疫原性，提出融合单细胞TCR测序数据的肿瘤新生抗原筛选方法，解决了传统肿瘤抗原筛选方法新生抗原错选漏选率高、免疫原性不足等问题。
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