本发明公开了一种针对空间转录组数据的细胞间通讯智能识别方法，方法包括：对单细胞转录组和空间转录组数据进行预处理；利用注意力机制探索组学数据中存在的深层联系，整合单细胞转录组和空间转录组数据；通过基于子图的机制，挖掘每个细胞的局域特征和全局特征；结合图注意力神经网络，提出在单细胞分辨率上识别细胞间通讯的智能算法。本发明克服了单细胞转录组和空间转录组数据的局限性，解决了细胞间通讯的精准识别和解析问题，有助于更全面地揭示细胞之间的协同调控，进一步加深对复杂生物过程的理解。