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公开(公告)号：CN110895959A
公开(公告)日：2020-03-20
申请号：CN201911089855.5
申请日：2019-11-08
Applicant: 至本医疗科技(上海)有限公司
Abstract: 本发明提供了一种能提高对基因拷贝数的评估结果的准确性的基因拷贝数评估方法、装置、系统以及计算机可读介质，其中的基因拷贝数评估方法，根据样本中的肿瘤细胞含量和分别对检测样本和对照样本测序分析后得到的包含检测样本和对照样本各自测序深度矫正后的检测矫正测序深度和对照矫正测序深度的测序分析数据，对检测样本中的基因拷贝数进行评估，其特征在于，包括以下步骤：获取样本矫正测序深度和对照矫正测序深度并采用公式(一)计算得到矫正后测序深度比；根据矫正后测序深度比，采用公式(二)计算得到相应的基因拷贝数。
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公开(公告)号：CN110706749B
公开(公告)日：2022-06-10
申请号：CN201910852801.3
申请日：2019-09-10
Applicant: 至本医疗科技(上海)有限公司
Abstract: 本发明提供了一种基于组织器官分化层次关系的癌症类型预测系统和方法。该方法包括：获取多个癌症类型中的每种癌症的转录组基因表达量数据作为训练集；将不同的癌症类型按照组织器官分化关系分成第一等级和第二等级；基于组织器官分化层次关系进行特征选取，即对于每个等级的每种组织器官类型或癌症类型，选取该种癌症类型和训练集中其它所有癌症类型相比较为差异表达基因并且是高表达的基因，得到所选取的基因的每个的表达量的值作为特征值；对上述特征值进行归一化处理；将上述归一化处理的特征值输入机器学习算法以构建双层机器学习分类模型；以及对将处理后的待检测样本数据输入到双层机器学习分类模型中进行预测。
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公开(公告)号：CN111584002B
公开(公告)日：2022-04-29
申请号：CN202010443187.8
申请日：2020-05-22
Applicant: 至本医疗科技(上海)有限公司
IPC: G16B20/50
Abstract: 本公开涉及一种用于检测肿瘤突变负荷的方法、计算设备和计算机存储介质。该方法包括：获取待测对象的血液样本的循环肿瘤基因(ctDNA)测序结果；基于ctDNA测序结果，确定与每个位点相关联的突变碱基类型和突变频率，以便生成待测对象的突变位点信息；比较待测对象的突变位点信息和健康对象突变位点数据集，以便生成差异突变位点集合，健康对象突变位点数据集是基于多个健康对象的ctDNA测序结果而生成的；确定点突变和短插入/缺失变异信息；以及利用差异突变位点集合，针对所确定的点突变和短插入/缺失变异信息进行过滤，以便确定阳性突变位点的数量。本公开能够准确、便捷以及稳定地检测肿瘤突变负荷。
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公开(公告)号：CN110853705B
公开(公告)日：2022-04-22
申请号：CN201911088666.6
申请日：2019-11-08
Applicant: 至本医疗科技(上海)有限公司
IPC: G16B20/20
Abstract: 本发明提供了一种能提高对肿瘤细胞含量评估的准确性的肿瘤细胞含量评估方法、装置、系统以及计算机可读介质，其中的肿瘤细胞含量评估方法包括以下步骤：逐一获取满足预定突变条件的突变位点的平均样本突变频率和对照突变频率，并计算得到与该突变位点对应的单个肿瘤细胞含量；一旦得到所有满足预定突变条件的突变位点对应的所有单个肿瘤细胞含量，就获取该所有单个肿瘤细胞含量并计算得到检测样本中的肿瘤细胞含量；根据预定评估规则对计算得到的检测样本中的肿瘤细胞含量评估得到评估后检测样本中的肿瘤细胞含量。
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公开(公告)号：CN110853705A
公开(公告)日：2020-02-28
申请号：CN201911088666.6
申请日：2019-11-08
Applicant: 至本医疗科技(上海)有限公司
IPC: G16B20/20
Abstract: 本发明提供了一种能提高对肿瘤细胞含量评估的准确性的肿瘤细胞含量评估方法、装置、系统以及计算机可读介质，其中的肿瘤细胞含量评估方法包括以下步骤：逐一获取满足预定突变条件的突变位点的平均样本突变频率和对照突变频率，并计算得到与该突变位点对应的单个肿瘤细胞含量；一旦得到所有满足预定突变条件的突变位点对应的所有单个肿瘤细胞含量，就获取该所有单个肿瘤细胞含量并计算得到检测样本中的肿瘤细胞含量；根据预定评估规则对计算得到的检测样本中的肿瘤细胞含量评估得到评估后检测样本中的肿瘤细胞含量。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN111440871A
公开(公告)日：2020-07-24
申请号：CN202010338341.5
申请日：2020-04-26
Applicant: 至本医疗科技(上海)有限公司
IPC: C12Q1/6886 , G01N33/574
Abstract: 本发明涉及选自用于检测如下基因的表达量的检测剂在制备用于肺癌的复发风险评估、预后判断、治疗或者辅助治疗的试剂盒中的应用：CD1A、CD1B、CD1C、CD1D、MR1、AQP3和CEACAM3。依据基因表达量的变化，用于准确评估肺癌患者预后，避免了复杂繁琐的统计学分析。本发明基因群检测结果可以为临床医生和患者提供准确的疗效评估，同时还能检测出对常规治疗方案不敏感的患者，帮助医生选择新的有效临床治疗方案，从而真正实现“个性化治疗”。
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公开(公告)号：CN110055334B
公开(公告)日：2019-12-17
申请号：CN201910549657.6
申请日：2019-06-24
Applicant: 至本医疗科技(上海)有限公司 , 北京肿瘤医院
IPC: C12Q1/6886 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供了一种用于胃癌预后预测的评估基因群以及相应的试剂盒，其中的评估基因群基于调控RhoA蛋白活性的RhoA蛋白活性调控通路中包括的基因筛选得到，其中，评估基因群包括以下基因：RHOA、ARHGAP32、ARHGAP4、ARHGAP6、ARHGAP9、ARHGEF17、ARHGEF2、ARHGEF3、BCR、CDC42、CDKN1B、DLEC1、FARP1、NET1、NGEF、OBSCN、PRPF38B、SLC6A5、TSPAN1、VAV2以及VAV3。
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公开(公告)号：CN110055334A
公开(公告)日：2019-07-26
申请号：CN201910549657.6
申请日：2019-06-24
Applicant: 至本医疗科技(上海)有限公司 , 北京肿瘤医院
IPC: C12Q1/6886 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供了一种用于胃癌预后预测的评估基因群以及相应的试剂盒，其中的评估基因群基于调控RhoA蛋白活性的RhoA蛋白活性调控通路中包括的基因筛选得到，其中，评估基因群包括以下基因：RHOA、ARHGAP32、ARHGAP4、ARHGAP6、ARHGAP9、ARHGEF17、ARHGEF2、ARHGEF3、BCR、CDC42、CDKN1B、DLEC1、FARP1、NET1、NGEF、OBSCN、PRPF38B、SLC6A5、TSPAN1、VAV2以及VAV3。
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公开(公告)号：CN110895959B
公开(公告)日：2022-05-20
申请号：CN201911089855.5
申请日：2019-11-08
Applicant: 至本医疗科技(上海)有限公司
Abstract: 本发明提供了一种能提高对基因拷贝数的评估结果的准确性的基因拷贝数评估方法、装置、系统以及计算机可读介质，其中的基因拷贝数评估方法，根据样本中的肿瘤细胞含量和分别对检测样本和对照样本测序分析后得到的包含检测样本和对照样本各自测序深度矫正后的检测矫正测序深度和对照矫正测序深度的测序分析数据，对检测样本中的基因拷贝数进行评估，其特征在于，包括以下步骤：获取样本矫正测序深度和对照矫正测序深度并采用公式(一)计算得到矫正后测序深度比；根据矫正后测序深度比，采用公式(二)计算得到相应的基因拷贝数。
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公开(公告)号：CN110229902A
公开(公告)日：2019-09-13
申请号：CN201910550753.2
申请日：2019-06-24
Applicant: 至本医疗科技(上海)有限公司
IPC: C12Q1/6886
Abstract: 本发明提供了一种用于胃癌预后预测的评估基因群的确定方法，其特征在于：基于调控RhoA蛋白活性的RhoA蛋白活性调控通路中包括的基因筛选得到含有多个基因的评估基因群，具体包括以下步骤：步骤1，将RhoA基因调控通路中包括的基因作为备选目标基因集合；步骤2，基于用于筛选的每个胃癌样本的备选目标基因集合中各个基因的表达数据以及RhoA基因的表达数据，按预定确定规则确定待定评估基因群；步骤3，基于包括多个胃癌验证样本的胃癌验证样本群根据预定限定方法确定各个胃癌验证样本得到的胃癌预后为良好的所有预后良好样本和所有胃癌预后为不好的预后不好样本的cox生存分析，确定待定评估基因群是否为能够用于胃癌预后的评估的评估基因群。
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