一种基于分子进化选择压预测癌症特征基因的方法与装置

    公开(公告)号:CN117809741A

    公开(公告)日:2024-04-02

    申请号:CN202410232355.7

    申请日:2024-03-01

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明提供了一种基于分子进化选择压预测癌症特征基因的方法与装置,其中该方法,包括:基于癌症体细胞突变数据对癌症基因组中每个基因的体细胞错义突变数量进行建模得到双组分混合模型;利用双组分混合模型完成人类基因数据中驱动组分和乘客组分的区分;根据位点组分的区分结果计算位点组分特异性的选择压;根据位点组分特异性的选择压确定基因所受到的选择模式;根据基因所受到的选择模式确定癌症特征基因。本发明基于双组分混合模型实现了基因中不同位点组分的选择压力的定量分析,有助于更全面、深入地理解癌症基因组的分子进化过程和功能意义,从而克服癌症特征基因鉴定的复杂性,能够更全面、准确地预测癌症特征基因。

    一种基于多组学数据识别非经典肿瘤新抗原的装置与方法

    公开(公告)号:CN117577180A

    公开(公告)日:2024-02-20

    申请号:CN202311594625.0

    申请日:2023-11-28

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明提供了一种基于多组学数据识别非经典肿瘤新抗原的装置与方法,属于生物信息学技术领域,包括:线性RNA非规范翻译多肽的鉴定;环状RNA翻译多肽的鉴定;结合线性非编码RNA和环状RNA翻译多肽,构建定制的个性化蛋白质组数据库;使用蛋白质组学搜库软件,基于质谱数据对个性化蛋白质组数据库中的多肽序列进行搜索,识别与谱图匹配的非规范多肽序列;鉴定肿瘤组织中的人类白细胞抗原分型,并基于非规范翻译多肽与各HLA分型的结合亲和力确定新抗原。本发明同时考虑了线性RNA和环状RNA来源的非规范翻译ORF产生的新抗原,能够更全面、准确地预测非经典来源的新抗原,有助于进一步筛选到具有更强免疫原性的肿瘤新抗原靶标。

    一种具有自适应组合增强操作的图对比学习方法

    公开(公告)号:CN117273061A

    公开(公告)日:2023-12-22

    申请号:CN202311233231.2

    申请日:2023-09-22

    Abstract: 本发明涉及一种具有自适应组合增强操作的图对比学习方法,包括:收集原始图数据,并对所述原始图数据进行标记;通过多增强生成器生成所述原始图数据的四种图增强数据;通过图神经网络得到原始图数据与图增强数据的潜在表示,并通过使用无关数据集预训练的固定图神经网络,得到原始图数据与图增强数据的粗略表示;针对潜在表示和粗略表示,使用不同的损失函数形成对抗来执行不同的对比策略;通过最小化目标函数,优化多增强生成器及图神经网络得到图级表征。本发明的有益效果是:本发明考虑到图对比学习里的多层面增强,并可针对特定任务自适应组合增强操作,以提升对比学习质量,得到良好的表征更好地用于下游任务。

    基于图注意力网络和多组学融合的癌症驱动基因预测装置

    公开(公告)号:CN115171779B

    公开(公告)日:2023-09-22

    申请号:CN202210825707.0

    申请日:2022-07-13

    Applicant: 浙江大学

    Inventor: 周展 赵文艺 吴健

    Abstract: 本发明公开了一种基于图注意力网络和多组学融合的癌症驱动基因预测装置,实现的预测包括:基于基因相关数据构建的基因关联图谱和根据癌症多组学数据生成的多组学特征矩阵构建多维度基因网络;利用癌症驱动基因预测模型对多维度基因网络进行预测计算,包括:采用图注意力网络对输入的多维度基因网络提取不同维度的基因表征后,对不同维度的基因表征通过多头注意力机制实现跨维度的信息共享,获得同时融合了维度相关的全局信息和跨维度信息的共享基因表征,使用注意力机制计算不同维度基因表征的重要性,并根据重要性将所有维度的共享基因表征自适应融合为融合基因表征,对融合基因表征进行计算以预测癌症驱动基因,提升了预测准确率和可靠性。

    一种超抗原参与的三功能T细胞衔接器及其应用

    公开(公告)号:CN116284448A

    公开(公告)日:2023-06-23

    申请号:CN202310166185.2

    申请日:2023-02-14

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了一种超抗原参与的三功能T细胞衔接器的制备及其应用,涉及生物制药技术领域。本发明超抗原参与的三功能T细胞衔接器在细胞水平上具有较好的特异性T细胞激活、增殖活性及T细胞抗肿瘤活性,而且对实体瘤具有不错的疗效。因此,本发明的三功能T细胞衔接器或其编码的基因可用于制成抗肿瘤药物。该超抗原参与的三功能T细胞衔接器的制备方法有着制备简便且通过哺乳动物细胞表达的优点。

    一种西妥昔单抗突变体及应用

    公开(公告)号:CN111499749B

    公开(公告)日:2021-11-09

    申请号:CN202010174651.8

    申请日:2020-03-13

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了一种西妥昔单抗突变体及应用。西妥昔单抗突变体的重链可变区的氨基酸序列如SEQ ID No.1~6任一所示。本发明获得的抗体重链可变区氨基酸序列如SEQ ID NO.1~5所示的Cetuximab突变体对EGFR S492R有效,其中抗体重链可变区氨基酸序列如SEQ ID NO.1、2所示的Cetuximab突变体效果优于Panitumumab。本发明获得的抗体重链可变区氨基酸序列如SEQ ID NO.6所示的Cetuximab突变体对EGFR G465R有效,且效果显著。本发明获得的抗体重链可变区氨基酸序列如SEQ ID NO.1、2、6所示的Cetuximab突变体仍然保持对野生型EGFR的亲和力。

    一种面向边缘数据回收的无人机轨迹规划方法和装置

    公开(公告)号:CN119573731A

    公开(公告)日:2025-03-07

    申请号:CN202411696260.7

    申请日:2024-11-25

    Abstract: 本发明公开了一种面向边缘数据回收的无人机轨迹规划方法和装置,涉及导航领域,用以保证数据回收效率的情况下,提升数据回收任务的可靠性。本发明通过获取所有目标边缘节点的边缘节点信息;获取无人机基本参数和初始状态信息,进而获取无人机单位能耗;计算无人机在两两节点之间的飞行能耗,构建边缘节点地理信息模型;再迭代以下步骤,直至所有边缘节点均被访问过,得到无人机飞行轨迹:根据边缘节点地理信息模型以及无人机的状态信息,采用贪心策略规划出最多访问节点数对应的访问轨迹;无人机该访问轨迹按顺序访问节点,并更新无人机的状态信息。本发明可有效提升数据回收可靠性,保证系统的数据回收效率和能耗效率。

    一种推断位点起源时间的方法、装置和存储介质

    公开(公告)号:CN118506852A

    公开(公告)日:2024-08-16

    申请号:CN202410371014.8

    申请日:2024-03-29

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明提供了一种推断位点起源时间的方法、装置和存储介质,其中该方法,包括:筛选出预设若干个与目标物种具有直系同源联系的物种作为参考物种;根据物种分类学将参考物种按照进化时间轴进行排序得到目标物种的进化谱系;在物种的蛋白质组数据库中筛选出具有显著同源性的蛋白质序列;对蛋白质序列进行多序列比对,得到蛋白质序列对齐结果;使用递归方法分析蛋白质序列对齐结果中目标物种的各个氨基酸残基位点的进化起源。本发明在系统发育地层的进化时间轴尺度评估蛋白质序列中氨基酸残基位点的演化过程和保守性特征,有助于更全面、深入地理解位点体细胞突变的分子进化过程和功能意义,从而在进化角度理解癌症,为癌症研究和精准医疗做出贡献。

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