公开(公告)号：CN119360986A

公开(公告)日：2025-01-24

申请号：CN202411519074.6

申请日：2024-10-29

Applicant: 崖州湾国家实验室 ,  华中农业大学

Inventor： 赵书红 ,  唐振双 ,  刘小磊 ,  尹立林 ,  熊雄 ,  李新云

IPC: G16B50/10

Abstract: 公开了一种利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，包括整合参考群猪只基因组的多个功能注释及其位置信息；提取多个功能注释区域的SNPs数据并构建功能注释的基因组亲缘关系矩阵A；估计每个基因组亲缘关系矩阵A的方差组分，基于方差组分对多个功能注释进行排序，合并多个功能注释并得到功能注释集；删除功能注释集中的重复SNPs数据并构建功能注释集的基因组亲缘关系矩阵B，计算功能注释集的随机遗传效应值以得到猪估计的基因组育种值。本申请通过提取猪复杂性状的多种基因组功能注释，通过拟合包含多个随机遗传效应的混合线性模型得到基因组育种值，提高了猪基因组育种值预测的准确性和时效性。

公开(公告)号：CN113517020A

公开(公告)日：2021-10-19

申请号：CN202110890473.3

申请日：2021-08-04

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 赵书红 ,  刘小磊 ,  唐振双 ,  尹力林 ,  李新云

IPC: G16B20/00 ,  G16B20/20 ,  G16B25/00 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明提供一种快速准确的动物基因组选配的分析方法，涉及动物育种技术领域。该方法主要采用KAML模型计算个体之间最优的加性亲缘关系矩阵(G矩阵)和显性亲缘关系矩阵(D矩阵)，利用反向求解方法计算基因芯片中每个SNP标记的加性遗传效应和显性遗传效应，根据特定交配对的公畜、母畜的基因型数据计算后代可能的基因型概率，进而计算特定交配对后代的基因型值(genotypic values)及期望后裔值(expected progeny values)，根据期望后裔值优化待配母畜与候选公畜之间的交配组合，最终给出待配母畜最优的候选公畜交配列表，从而实现更快速、准确的基因组选配。

公开(公告)号：CN109371143B

公开(公告)日：2021-05-07

申请号：CN201811537946.6

申请日：2018-12-16

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 赵书红 ,  唐振双 ,  李新云 ,  尹立林 ,  南九红 ,  许婧雅 ,  梅全顺 ,  彭潇 ,  余梅 ,  刘小磊 ,  项涛

IPC: C12Q1/6888 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明属于猪分子标记制备技术领域，具体涉及与猪生长性状相关联的SNP分子标记。所述的猪生长性状包括校正100KG日增重性状和校正100KG日龄性状。该分子标记克隆自登陆号为Affx‑114707063的基因片段，通过基因芯片技术对该基因进行分型筛选得到一种与猪生长性状相关的分子标记，其序列如SEQ ID NO：1所示，在序列的第51位碱基处存在一个A/T的等位基因突变；导致SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列产生多态性，且当该片段第51位核苷酸为A时，表明猪具有更快的生长速度。还公开了筛选与猪生长性状相关分子标记的方法及其关联分析的应用。为猪生长性状的辅助选择提供了新的标记资源。

公开(公告)号：CN108411004A

公开(公告)日：2018-08-17

申请号：CN201810518448.0

申请日：2018-05-27

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 刘向东 ,  冯帅飞 ,  赵书红 ,  李新云 ,  刘小磊 ,  杜小勇 ,  尹立林 ,  唐振双 ,  马官军 ,  叶灯灯

IPC: C12Q1/6888 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明属于动物分子标记筛选技术领域，具体涉及检测母猪肢蹄骨密度的SNP遗传标记该遗传标记克隆自ENSSSCG00000031404基因片段。通过基因芯片技术对该基因进行分型筛选得到一种与母猪肢蹄骨密度相关的遗传标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，该序列的第51位的碱基处存在一个C/T的等位基因突变，导致该序列多态性；当SEQ ID NO：1上的第51位核苷酸为T时，判定母猪的肢蹄具有更高的骨密度。本发明公开了筛选与母猪肢蹄骨密度相关遗传标记的方法及其应用。为猪肢蹄结实度性状尤其是骨密度的标记辅助选择提供了一个新的SNP遗传标记。

公开(公告)号：CN108315446B

公开(公告)日：2021-07-20

申请号：CN201810452325.1

申请日：2018-05-12

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 刘向东 ,  南九红 ,  马官军 ,  赵书红 ,  李新云 ,  刘小磊 ,  尹立林 ,  唐振双 ,  叶灯灯 ,  许月园

IPC: C12Q1/6888 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明属于动物分子标记制备筛选技术领域，具体涉及一种与母猪肢蹄骨密度相关的SNP分子标记。该分子标记克隆自登陆号为MARC0002557的基因片段，通过基因芯片技术对该基因进行分型，筛选得到一种与母猪肢蹄骨密度相关的分子标记，该标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第51位的碱基处存在一个C/T的等位基因突变，且当SEQ ID NO：1上的第51位核苷酸为T时，则证明母猪的肢蹄具有更高的骨密度。本发明还公开了与母猪肢蹄骨密度相关分子标记的制备方法及其关联分析方法的应用。本发明为猪肢蹄结实度性状尤其是骨密度的标记辅助选择提供了一个新的SNP分子标记。

公开(公告)号：CN108411004B

公开(公告)日：2021-03-16

申请号：CN201810518448.0

申请日：2018-05-27

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 刘向东 ,  冯帅飞 ,  赵书红 ,  李新云 ,  刘小磊 ,  杜小勇 ,  尹立林 ,  唐振双 ,  马官军 ,  叶灯灯

IPC: C12Q1/6888 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明属于动物分子标记筛选技术领域，具体涉及检测母猪肢蹄骨密度的SNP遗传标记该遗传标记克隆自ENSSSCG00000031404基因片段。通过基因芯片技术对该基因进行分型筛选得到一种与母猪肢蹄骨密度相关的遗传标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，该序列的第51位的碱基处存在一个C/T的等位基因突变，导致该序列多态性；当SEQ ID NO：1上的第51位核苷酸为T时，判定母猪的肢蹄具有更高的骨密度。本发明公开了筛选与母猪肢蹄骨密度相关遗传标记的方法及其应用。为猪肢蹄结实度性状尤其是骨密度的标记辅助选择提供了一个新的SNP遗传标记。

公开(公告)号：CN108359736B

公开(公告)日：2020-12-29

申请号：CN201810497706.1

申请日：2018-05-23

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 杜小勇 ,  冯帅飞 ,  刘小磊 ,  尹立林 ,  马官军 ,  叶灯灯 ,  唐振双 ,  赵书红 ,  李新云

IPC: C12Q1/6888 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明属于动物分子标记筛选技术领域，具体涉及母猪肢蹄骨密度性状的SNP遗传标记。该分子标记克隆自登陆号为ALGA0082045的基因片段，通过基因芯片技术对该基因进行分型筛选得到一种与母猪肢蹄骨密度相关的分子标记，该标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第51位的碱基处存在一个C/T的等位基因突变，导致SEQ ID NO：1序列的多态性，且当所述的序列的51位核苷酸为C时，则母猪的肢蹄具有更高的骨密度。本发明还公开了与母猪肢蹄骨密度性状相关遗传标记的筛选方法及其在关联分析中的应用。

公开(公告)号：CN108411005B

公开(公告)日：2020-01-14

申请号：CN201810529074.2

申请日：2018-05-27

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 刘向东 ,  冯帅飞 ,  赵书红 ,  李新云 ,  刘小磊 ,  尹立林 ,  唐振双 ,  叶灯灯 ,  马官军

IPC: C12Q1/6888

Abstract: 本发明属于动物分子标记筛选技术领域，具体涉及MTHFR基因片段作为母猪肢蹄骨密度相关的SNP分子标记。该分子标记克隆自登陆号为M1GA0008657的MTHFR基因片段，通过基因芯片技术对该基因进行分型筛选得到一种与母猪肢蹄骨密度相关的分子标记，该标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第51位的碱基处存在一个A/C的等位基因突变，当SEQ ID NO：1上的第51位的核苷酸为A时，则母猪的肢蹄具有更高的骨密度。公开了筛选与母猪肢蹄骨密度相关分子标记的方法及其关联分析方法的应用。本发明为猪肢蹄结实度性状尤其是骨密度的标记辅助选择提供了一个新的SNP分子标记。

公开(公告)号：CN110484631A

公开(公告)日：2019-11-22

申请号：CN201910719346.X

申请日：2019-08-01

Applicant: 广西扬翔股份有限公司 ,  华中农业大学

Inventor： 赵书红 ,  许婧雅 ,  付亮亮 ,  刘望宏 ,  施亮 ,  唐振双 ,  马云龙 ,  刘向东 ,  项韬 ,  余梅 ,  谢胜松 ,  朱猛进 ,  李新云 ,  刘小磊

IPC: C12Q1/6888 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及一种与猪性成熟期性状相关的InDel分子标记。通过整合NCBI数据库和欧洲生物信息研究所中公开的包含58个品种的469头猪的重测序数据，对比猪参考基因组序列获得基因分型数据，得到一种与猪性成熟期性状相关InDel的分子标记，本发明的分子标记为猪15号染色体上94356743bp处发生的缺失，由原先的AG缺失为A。当个体基因型为AA时，有利于个体拥有更长的性成熟期。公开了筛选与猪性成熟期性状相关分子标记的方法及其关联分析的应用。本发明为猪性成熟期的标记辅助选择提供了一个新的InDel分子标记。

公开(公告)号：CN108753986A

公开(公告)日：2018-11-06

申请号：CN201810517664.3

申请日：2018-05-26

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 刘向东 ,  马官军 ,  尹立林 ,  叶灯灯 ,  赵书红 ,  李新云 ,  施亮 ,  刘小磊 ,  唐振双

IPC: C12Q1/6888 ,  C12N15/11

CPC classification number: C12Q1/6888 ,  C12Q2600/124 ,  C12Q2600/156

Abstract: 本发明属于动物分子标记筛选技术领域，具体涉及MAN1C1基因片段作为猪骨密度性状相关的SNP分子标记。该分子标记克隆自登陆号为ASGA0028695MAN1C1基因片段，即猪第6号染色体MAN1C1基因第一内含子上，通过基因芯片技术对该基因进行分型，筛选得到一种与母猪的骨密度性状相关的分子标记，该标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，该序列的第401位的碱基处存在一个T/C的等位基因突变，当SEQ ID NO：1序列上的第401位核苷酸为C时，母猪的肢蹄具有更高的骨密度。公开了母猪肢蹄骨密度分子标记的筛选方法及其关联分析。为猪肢蹄结实度性状尤其是骨密度的标记辅助选择提供了新的分子标记资源。