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公开(公告)号:CN103588838A
公开(公告)日:2014-02-19
申请号:CN201310533070.9
申请日:2013-10-30
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07H19/10 , C07H1/00 , C07H19/14 , C07H19/044 , C07C217/10 , C07C213/02 , C07C217/08 , C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种碱基修饰核苷酸的合成方法及其用途;所述方法包括将各种修饰核苷在磷酸化试剂的作用下,选择性地生成5′-核苷三磷酸;这些磷酸化试剂包括反应过程中原位生成的环状磷酸化试剂以及三氯氧磷和三丁基焦磷酸铵协同作用下的反应产物。本发明合成的碱基修饰核苷酸在DNA测序、标记、延伸等生物学领域广泛使用,目前其销售价格很高,合成方法复杂,反应选择性差,副反应多,不好分离纯化;而本发明提供的合成方法选择性好,副反应少,容易分离纯化,且所需实验条件易得,合成过程均为常规化学反应,可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号:CN102937743A
公开(公告)日:2013-02-20
申请号:CN201210487879.8
申请日:2012-11-26
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种随机光学重建荧光显微镜及其实现方法,该显微镜包括载物台、电子耦合器件及紧挨载物台下方的物镜,其还包括:双滤光片层,设置于该载物台下方,包含两层电动转换的滤光片盒;活化光光源产生模块,产生活化光,产生的活化光经扩束、聚焦后,经双滤光片层的一层电动滤光片盒的二向色镜及物镜后照在载物台的样品表面照明;以及激发光光源产生模块,其产生的激发光,经过扩束聚焦后,经双滤光片层的另一电动滤光片盒的二向色镜及物镜后照在载物台的样品表面照明,本发明可以使得传统荧光显微镜的分辨率从光学衍射极限(200nm)提高到纳米尺度(20-50nm),且实现的成本远低于目前的商业化超高分辨率显微镜产品。
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公开(公告)号:CN116106540A
公开(公告)日:2023-05-12
申请号:CN202310145143.0
申请日:2023-02-21
Applicant: 上海交通大学
IPC: G01N33/535 , G01N33/569 , G01N23/223 , G01N21/78 , G01N33/58
Abstract: 本发明提供了一种用于生物大组织高分辨率成像的标记方法,具体的,本发明提供了一种对组织样本进行均匀可控性免疫标记的方法。本发明的方法可同时解决特异性标记、大尺度样本均匀标记和反差强度可控三个问题,实现对生物大组织高分辨率成像的特定结构标记。
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公开(公告)号:CN115985392A
公开(公告)日:2023-04-18
申请号:CN202310051198.5
申请日:2023-02-02
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种高密度样品基因测序方法,通过分别采集按二维点阵排列的高密度测序样品的A、C、T、G四通道荧光采集图像各一次并确定每个荧光信号的衍射斑中心位置,从而计算得到样品点阵的整体空间位置分布并确定每一个样品点在成像时单独存在信号情况下的荧光信号计算图像,再根据该荧光信号图像对耦合图像进行解耦,得到每个样品点的信号强度,通过对每一样品点在每一次成像时不同波长通道的信号强度分析,确定每一样品点中核酸的碱基排布顺序。本发明在现有测序仪器的基础上,最小可以将样品分布间距减小到成像系统分辨率的0.45倍,且保持读取错误率为万分之一。缩小样品间距到成像系统分辨率的0.36倍,保持错误率为千分之一。
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公开(公告)号:CN113049804B
公开(公告)日:2022-09-09
申请号:CN202110287551.0
申请日:2021-03-17
Applicant: 上海交通大学
IPC: G01N33/532 , G01N33/533
Abstract: 本发明提供了一种快速生物组织标记的方法,具体地,本发明提供了一种对组织样本进行免疫标记的方法,包括步骤:(a)提供一标记体系,所述标记体系含有待进行免疫标记的组织样本、用于对所述组织样本进行标记的探针和缓冲液;和(b)将所述的标记体系置于电场作用下进行标记处理,从而使得所述的探针进入所述组织样本内部,从而对所述组织样本进行免疫标记,获得经免疫标记的组织样本,所述的电场具有以下特征:电流密度的变化范围为0.1‑0.3mA/mm2。本发明的方法可显著减少完整透明化组织免疫标记的时间,并且组织的宏观和微观结构都不会被破坏,保持组织的完整性。
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公开(公告)号:CN113049804A
公开(公告)日:2021-06-29
申请号:CN202110287551.0
申请日:2021-03-17
Applicant: 上海交通大学
IPC: G01N33/532 , G01N33/533
Abstract: 本发明提供了一种快速生物组织标记的方法,具体地,本发明提供了一种对组织样本进行免疫标记的方法,包括步骤:(a)提供一标记体系,所述标记体系含有待进行免疫标记的组织样本、用于对所述组织样本进行标记的探针和缓冲液;和(b)将所述的标记体系置于电场作用下进行标记处理,从而使得所述的探针进入所述组织样本内部,从而对所述组织样本进行免疫标记,获得经免疫标记的组织样本,所述的电场具有以下特征:电流密度的变化范围为0.1‑0.3mA/mm2。本发明的方法可显著减少完整透明化组织免疫标记的时间,并且组织的宏观和微观结构都不会被破坏,保持组织的完整性。
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公开(公告)号:CN106769350B
公开(公告)日:2019-11-22
申请号:CN201710049563.3
申请日:2017-01-20
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明涉及一种用于富含脂滴组织快速完全透明化的方法,具体地,本发明的方法包括以下步骤:提供一水凝胶固定处理后的富含脂滴的组织样品;对所述的组织样品进行透明化预处理,得到预处理样品;对所述的预处理样品进行透明化处理,得到透明化样品;以及对所述的透明化样品进行透明化后处理,得到透明化终样品。本发明的方法不会对生物组织的精细结构造成破坏,并且可以显著提高生物组织的光学成像的深度。
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公开(公告)号:CN105085591B
公开(公告)日:2018-02-09
申请号:CN201510388164.0
申请日:2015-07-03
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种荧光标记偶氮修饰核苷酸及其在DNA测序中的用途;其结构式如式I所示:其中,R1、R2、R3、R4、R5、R6不同时为H;m,n为0~10的整数。与现有技术相比,本发明合成了一类新的基于偶氮连接单元的可逆终端;用变性PAGE胶即测序胶证明,该类可逆终端在模板为连续多个相同碱基时,一次只能延伸一个可逆终端,且延伸效率为100%,在还原剂作用下,可实现高效快递完全剪切,具有应用于DNA测序的巨大潜力和价值;同时,其合成所需原料简单易得,合成过程均为常规化学反应,可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号:CN107590798A
公开(公告)日:2018-01-16
申请号:CN201710642640.6
申请日:2017-07-31
Abstract: 本发明公开了一种生物组织三维图像背景去除系统和方法。该系统包括图像提供模块,用于提供目标生物组织的同一断面的多通道荧光图像;归一化处理模块,用于对多通道荧光图像进行窗口分割,并对窗口中的每个像素进行归一化处理;映射窗口计算模块,用于计算多通道一对映射窗口的Dif值;采样模块,用于根据Dif值选择采样点,并获得采样像素;以及结果计算模块,用于将采样模块的采样像素作为背景估计值进行插值,获得整张图像的背景估计值;其中,归一化处理模块与图像提供模块以及映射窗口计算模块连接,采样模块与映射窗口计算模块以及结果计算模块连接。本发明的系统,结构简单,运行速度快,效率高。
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公开(公告)号:CN104693258B
公开(公告)日:2017-12-08
申请号:CN201410692943.5
申请日:2014-11-26
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种基于分子胶的荧光标记核苷酸及其在DNA测序中的用途;所述荧光标记核苷酸的结构式如式(Ⅰ)所示:,其中,R1为或R2为荧光素或dNTP为含四个不同的碱基的核苷三磷酸;荧光素选自BODIPY、罗丹明、香豆素、呫吨、花青、芘、酞菁、alexa、squarene染料、产生能量转移染料的组合以及其衍生物中的一种。本发明的荧光标记核苷酸可用于DNA测序;同时,本发明荧光标记核苷酸的合成所需原料简单易得,可用于大规模推广使用,并且生物学评价结果表明该类可逆终端能完全满足高通量测序的生化反应所有要求,具备很好的实用前景。
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