本发明公开了一种几丁质脱乙酰基酶突变体及其编码基因与应用，通过对海洋圆杆菌(Cyclobacterium marinum)来源的几丁质脱乙酰基酶进行定向进化的研究，利用先进的计算机辅助理性设计技术对亲本几丁质脱乙酰基酶进行热稳定性的筛选，最终得到了一株热稳定性显著提高的几丁质脱乙酰基酶突变体A58C/133C。本发明突变体A58C/133C在50℃下的半衰期是野生型几丁质脱乙酰基酶的1.3倍，氨基葡萄糖的产量提高了16%。同时，借助计算机模拟技术，对热稳定性提高的原理进行了分子层面的解释。本发明得到的突变体比野生型几丁质脱乙酰基酶更加适用于氨基葡萄糖的工业应用，具有良好的市场应用前景和工业价值。