本发明公开了一种航天器总装紧固件柔性力矩加载系统，包括结构主体与系统框架，所述系统框架上开设有最近通道。本发明中，当力矩到达规定值时系统应能自动卸载，不再继续施加力矩，同时系统能进行声光警示，系统远端应能够实时记录力矩施加值及加载到紧固件上的测量值，并在卸力后能保留力矩峰值显示，系统测量精度不小于0.05Nm，系统误差在5％以内，同时基于万向节原理的柔性力矩加载装置和在线力矩实时监测系统，可以实现航天器狭小空间内操作可达，解决了传统模式下无法使用标准工具进行紧固件扭矩加载的难题，满足航天器总装快速、可靠、安全的高标准需求。