本发明公开了一种利用多菌种发酵的苦荞酵素及其制备方法，按重量份计，包括以下原料：苦荞粉0.4‑0.6份、红糖0.2‑0.4份、大麦芽0.6‑1.5份、发酵菌；所述的发酵菌由酵母菌、乳酸菌和乙酸菌组成。本发明利用酵母、乳酸菌和乙酸菌进行多菌种发酵，缩短了酵素发酵周期，酵素香味浓郁、酸甜适中、风味突出、杀口感丰富、操作工艺简单、产品质量好、性能稳定、不添加任何添加剂，适合规模化工业生产作为一种苦荞酵素饮品具有很好的市场发展前景。