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公开(公告)号：CN118969129A
公开(公告)日：2024-11-15
申请号：CN202411027754.6
申请日：2024-07-30
申请人： 中国海洋大学
IPC分类号： G16C20/50 , G16C20/70 , G06N3/0455 , G06N3/084
摘要： 本发明涉及一种基于扩散模型的多模态分子联合生成方法、装置、设备和介质，涉及药物化学与计算机技术领域，所述方法融合了离散与连续扩散机制，用于学习和生成包含原子属性、二维分子结构以及三维分子坐标的多模态分子表征，以促进基于分子结构的药物设计。通过该扩散过程，方法能有效捕捉分子生成的概率特性，并分析各种因素对分子结构的作用。此外，对扩散过程进行去噪时采用了一种创新的图Transformer架构，该架构不仅能学习到稳定的原子和键的表示，还能在遵循三维空间旋转、平移等不变性约束的基础上，学习出对几何变换具有高鲁棒性的分子表征。本发明还同时提供运行所述方法的装置、计算机设备和介质。本方法具有非常高的分子有效性、唯一性和稳定性。
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公开(公告)号：CN118969058A
公开(公告)日：2024-11-15
申请号：CN202410960102.1
申请日：2024-07-17
申请人： 暨南大学
摘要： 本发明提供研究ATP/ADP载体用质子化依赖机制的模拟方法，涉及生物信息学和计算生物学的交叉领域。该研究ATP/ADP载体用质子化依赖机制的模拟方法，包括：构建AAC与ATP/ADP复合物的初始结构模型；使用CpHMD模拟在特定pH值下对该模型进行模拟，以捕捉质子化状态的变化；通过模拟数据分析AAC在不同pH条件下的结构动态和功能行为；将模拟结果与实验数据对比验证，确保模拟的准确性和可靠性。通过模拟不同pH条件下的生物分子行为，有助于研究生物分子如何在多变的环境中保持功能，对于环境适应性研究具有重要意义，能够被广泛应用于不同的生物学问题，推动了跨学科研究的发展，尤其是在膜蛋白功能研究领域。
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公开(公告)号：CN118762758B
公开(公告)日：2024-11-12
申请号：CN202411244684.X
申请日：2024-09-06
申请人： 深圳瑞健生物科技有限公司
摘要： 本发明涉及生物信息学领域，一种基于生物信息的高通量药物筛选模型构建方法及装置，包括：构建生物体的基因网络图，构建待测样品的基因表达筛选模型；构建生物体的蛋白质结构模型，构建待测样品的分子对接筛选模型；分析生物体的药物代谢机制和药物代谢调控网络，构建待测样品的代谢途径筛选模型；构建待测样品的多靶点筛选模型，对基因表达筛选模型、分子对接筛选模型、代谢途径筛选模型以及多靶点筛选模型进行组合仿真，得到待测样品的目标模型组合，构建待测样品的高通量药物筛选平台，构建待测样品的高通量药物筛选模型。本发明可提高药物筛选的效率和准确性。
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公开(公告)号：CN114530210B
公开(公告)日：2024-11-08
申请号：CN202210013833.6
申请日：2022-01-06
申请人： 山东师范大学
IPC分类号： G16C20/30 , G16C20/70 , G16C20/50 , G06F18/2415 , G06N3/0464 , G06N3/082 , G06N3/084 , G06N3/0985
摘要： 本发明提供一种药物分子筛选方法及系统，属于生物信息处理技术领域，包括：获取待筛选的药物分子；基于所述药物分子的分子式，获取分子定向信息描述符；其中，所述分子定向信息描述符为表征所述药物分子的分子键特征的多个一维向量组成；使用预先训练好的分类模型，对所述分子定向信息描述符进行处理，得到分子性质分类结果。本发明可以对分子进行灵活编码，且分子信息避免了循环采集，提高了分子描述的准确度；采取卷积神经网络结合自注意力模块处理分子描述符，提取了更多更全面的分子信息特征，提高了模型分类能力。
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公开(公告)号：CN117669572B
公开(公告)日：2024-10-29
申请号：CN202311688772.4
申请日：2023-12-08
申请人： 北京工业大学
IPC分类号： G06F40/295 , G06F40/30 , G06N5/02 , G06Q50/18 , G16C20/50
摘要： 本申请实施例提供了一种信息处理方法、装置、电子设备及计算机可读存储介质，涉及数据挖掘技术领域。该方法包括：获取目标领域相关联的多个对象的对象信息；根据对象信息确定多个对象之间的引用关系；基于引用关系构建异构网络，并提取异构网络的骨架结构；对骨架结构进行可视化展示，以便基于可视化的骨架结构确定目标领域的分析结果。本申请实施例通过构建异构网络并提取异构网络的骨架结构，实现对目标领域的精准分析，提升数据分析结果的精确性，提高产业未来发展趋势的预测准确性。
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公开(公告)号：CN114496113B
公开(公告)日：2024-10-29
申请号：CN202210106154.3
申请日：2022-01-28
申请人： 深圳北鲲云计算有限公司
IPC分类号： G16C20/50
摘要： 本发明公开了一种跨云跨地域的大规模虚拟筛选方法、系统以及存储介质，在统一数据库中把大规模的小分子库按照一定规则来进行分类，所有云计算服务器从统一的数据库中查找未被计算的类别，并下载该类别同时标识为计算状态；云计算服务器在进行筛选对接过程中，把筛选对接结果写入计算节点本地。当一个类别计算完成后，计算服务器节点重复以上操作，直到数据库中所有类别都已经被标识成计算状态。每个计算服务器在完成所下载的类别小分子筛选后，把得分最高的若干小分子编号写回到统一数据库中。本发明方案解决了目前在云上的大规模虚拟筛选方案无法做到跨云跨地域进行筛选，只能在单一云的单一地域进行筛选，实现上有难度，不便于推广的技术问题。
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公开(公告)号：CN118841103A
公开(公告)日：2024-10-25
申请号：CN202410830815.6
申请日：2024-06-26
申请人： 广州医科大学
IPC分类号： G16C20/50 , G16C20/70 , G16B40/00 , G16B45/00 , G06N5/025 , G06N5/02 , G06F40/16 , G06F40/279 , G16B20/50
摘要： 本发明公开了一种基于癌症组学的抗癌药物知识图谱动态映射嵌入方法，将与抗癌药物敏感性和基因组学数据相关的数据矩阵通过稀疏矩阵和二分图的方法构造为知识图谱格式数据，并基于动态映射矩阵嵌入的方法进一步将其通过表示学习方法转换为低维的特征向量表示，在此基础上进行知识图谱补全，以揭示实体之间的潜在关系，并发现新的知识，以发现新的药物作用机制，实现高效的抗癌药物重定位。
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公开(公告)号：CN118824402A
公开(公告)日：2024-10-22
申请号：CN202411297519.0
申请日：2024-09-18
申请人： 杭州育源生命科技有限公司
发明人： 陈应龙
摘要： 本发明属于计算机辅助药物设计技术领域，公开一种生殖类药物筛选计算方法及系统，该方法包括：构建统一的生殖类靶点蛋白质受体库、药物配体库及分子对接任务总线平台；利用分子对接任务总线平台自动匹配参数，生成预设数量的分子对接任务；基于分子对接计算机，执行分子对接文件预处理、分子对接任务计算、结果文件可视化及任务统计分析。本发明采用统一的生殖类靶点蛋白质受体库与药物配体库，结合计算机分布式计算优势与计算机药物设计和生物信息学方法相结合在生殖类药物领域应用上进行数据处理，从而可以在已有的生物信息学方法之上，结合分布式计算机学的方法，提升生殖类药物领域的范围的药物虚拟筛选的效果和效率。
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公开(公告)号：CN118817920A
公开(公告)日：2024-10-22
申请号：CN202410794644.6
申请日：2024-06-19
申请人： 郑州大学第一附属医院
摘要： 本发明属于生物医药领域，涉及一种中药质量标志物的筛选，特别是指一种脉络舒通丸的质量标志物群及其筛选方法和应用。通过入血成分的网络药理学分析，确定MLSTP治疗TAO的可能靶点、信号通路和潜在活性成分。通过动物实验验证了某些相关靶点和信号通路。此外，还建立了MLSTP样品的超高效液相色谱（UHPLC）指纹图谱，并与参考物质进行了共峰鉴定。通过网络药理学结果结合超高效液相色谱指纹图谱筛选出了MLSTP的潜在Q‑markers。最后，利用一测多评法（QAMS）确定潜在Q‑markers的含量。
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公开(公告)号：CN118800479A
公开(公告)日：2024-10-18
申请号：CN202410043895.0
申请日：2024-01-11
申请人： 中移物联网有限公司 , 中国移动通信集团有限公司
发明人： 高上林
IPC分类号： G16H70/40 , G16C20/50 , G06N3/0464
摘要： 本公开涉及物联网技术领域的一种药物与疾病关系的预测方法、装置、电子设备及存储介质。方法包括：构建药物‑药物相似性网络；构建疾病‑疾病相似性网络；基于GCN图卷积神经网络模型预测药物‑疾病关系。通过基于图卷积神经网络算法，并基于药物‑药物相似性网络、疾病‑疾病相似性网络构建出药物‑疾病异构网络，能够实现对包括罕见疾病在内的所有疾病有效药物的挖掘和预测。
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