检测NTRK基因家族融合基因的探针库、试剂、试剂盒及应用

    公开(公告)号:CN111235242B

    公开(公告)日:2020-08-14

    申请号:CN202010352390.4

    申请日:2020-04-28

    Abstract: 本发明提供了一种用于检测NTRK基因家族融合基因的探针库、包括其的检测试剂、该检测试剂在制备用于检测NTRK基因家族融合基因的试剂盒中的应用、相应的试剂盒以及检测方法,其中的探针库包括:第一探针群和第二探针群,其中,NTRK基因家族融合基因的检测基于DNA层面和RNA层面结合进行;第一探针群用于DNA层面检测捕获、第二探针群用于RNA层面检测捕获,第一探针群包括核苷酸系列如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.170中所示的任意一条或多条探针;第二探针群包括核苷酸系列如SEQ ID NO.21‑EQ ID NO.170中的任意一条或多条探针。

    检测NTRK基因家族融合基因的探针库、试剂、试剂盒及应用

    公开(公告)号:CN111235242A

    公开(公告)日:2020-06-05

    申请号:CN202010352390.4

    申请日:2020-04-28

    Abstract: 本发明提供了一种用于检测NTRK基因家族融合基因的探针库、包括其的检测试剂、该检测试剂在制备用于检测NTRK基因家族融合基因的试剂盒中的应用、相应的试剂盒以及检测方法,其中的探针库包括:第一探针群和第二探针群,其中,NTRK基因家族融合基因的检测基于DNA层面和RNA层面结合进行;第一探针群用于DNA层面检测捕获、第二探针群用于RNA层面检测捕获,第一探针群包括核苷酸系列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.170中所示的任意一条或多条探针;第二探针群包括核苷酸系列如SEQ ID NO.21-EQ ID NO.170中的任意一条或多条探针。

    用于检测IGH重排的方法、计算设备和计算机存储介质

    公开(公告)号:CN111524548B

    公开(公告)日:2020-10-23

    申请号:CN202010629700.2

    申请日:2020-07-03

    Abstract: 本公开涉及一种检测IGH重排的方法、计算设备和计算机存储介质。该方法包括:获取关于待测样本的转录组测序序列与参考基因组测序序列的比对结果信息;获取一端比对到IGH基因并且另一端比对到其它基因的多个reads信息,以便获取经组装后的序列片段;对经组装后的序列片段进行过滤;将经过滤的序列片段与IGH基因和相关基因转录本进行比对,以便基于比对结果来保留阳性重排结果序列;以及将所获取的用于组装序列片段的对应reads序列与所保留的所述阳性重排结果序列进行比对,以便确定用于计算发生IGH重排的频率的支持reads数量。本公开能够有效提高检测IGH重排的效率和准确性。

    用于检测IGH重排的方法、计算设备和计算机存储介质

    公开(公告)号:CN111524548A

    公开(公告)日:2020-08-11

    申请号:CN202010629700.2

    申请日:2020-07-03

    Abstract: 本公开涉及一种检测IGH重排的方法、计算设备和计算机存储介质。该方法包括:获取关于待测样本的转录组测序序列与参考基因组测序序列的比对结果信息;获取一端比对到IGH基因并且另一端比对到其它基因的多个reads信息,以便获取经组装后的序列片段;对经组装后的序列片段进行过滤;将经过滤的序列片段与IGH基因和相关基因转录本进行比对,以便基于比对结果来保留阳性重排结果序列;以及将所获取的用于组装序列片段的对应reads序列与所保留的所述阳性重排结果序列进行比对,以便确定用于计算发生IGH重排的频率的支持reads数量。本公开能够有效提高检测IGH重排的效率和准确性。

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