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公开(公告)号：CN117418004A
公开(公告)日：2024-01-19
申请号：CN202211240571.3
申请日：2022-10-11
Applicant: 复旦大学
IPC: C12Q1/6886
Abstract: 本发明提供一种针对WHOII级胶质瘤患者的分子分型方案以及用于预后评估和选择相应的治疗方案的用途，通过检测IDH基因型(突变型和野生型)以及检测MGMT‑p甲基化(甲基化和未甲基化)，可以将II级胶质瘤患者进行新的分子分型，进而指导治疗方案，例如当IDH基因型为野生型且MGMT‑p未甲基化的患者，对化疗不敏感，术后化疗会产生缩短患者生存时间的风险。
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公开(公告)号：CN109897822B
公开(公告)日：2023-04-04
申请号：CN201711309755.X
申请日：2017-12-11
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N5/0781 , C12N15/11 , C12R1/91
Abstract: 本发明提供了一组人永生化B淋巴细胞系的建立和应用，具体地，本发明将4株具有亲缘关系的永生化淋巴细胞系组合用作对检测平台进行准确性评判的标准物产品，并且将4株具有亲缘关系的永生化淋巴细胞系用作表观基因组、转录组、蛋白质组、代谢物组的标准物产品时，可形成内在的量值差异梯度，用于评价组学检测的灵敏度。
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公开(公告)号：CN115651968A
公开(公告)日：2023-01-31
申请号：CN202211001239.1
申请日：2022-08-19
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6869 , C12N5/0781
Abstract: 本发明公开了一种同卵双胞胎家系人源B淋巴细胞系全转录组RNA标准物质及制备方法和应用，该标准物质包括从同卵双胞胎家系中父、母、子代双胞胎共4个人源B淋巴细胞系中提取的全转录组RNA，其量值为父亲、母亲、一个子代分别与另一个子代中差异基因表达的比值。该标准物质来自健康人的血液中永生化的B淋巴细胞系，与真实样本具有极高的相似度，可体现真实样本的质量结果。该标准物质一套有4个样本，标准数据集有一套3个样本对比值，可通过多个样本实现对转录组测序数据的评估；该标准数据集是基于两种不同测序技术原理获得的9,000‑11,000个基因表达水平的比值，更适用于转录组测序中对多基因的表达结果的评估。
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公开(公告)号：CN116312814B
公开(公告)日：2024-09-27
申请号：CN202111459974.2
申请日：2021-12-02
Applicant: 复旦大学
IPC: G16B40/30 , G16B25/10 , G16B25/20 , C12Q1/6886 , G01N33/574
Abstract: 本发明涉及生物技术领域，具体涉及肺腺癌亚型分子分型模型构建方法、分型设备、装置以及试剂盒。通过测定肺腺癌患者肿瘤组织COL11A1和THBS2等基因表达值，基于PAM算法构建肺腺癌患者进行分子分型模型，根据不同分型的预后特点进行，临床个性化诊疗。本发明的优点：能够将肺腺癌患者分成稳定的两类亚型，S1(预后好)和S2(预后差)，S1亚型的分子趋近原位癌/微浸润癌，而S2亚型与原位癌/微浸润癌分子差异明显。S2亚型拥有更活跃的肿瘤纤维化细胞(CAF)，可以使用CAF抑制剂进行术后辅助治疗，为临床医生匹配药物和精准选择治疗方案提供了依据。
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公开(公告)号：CN109897822A
公开(公告)日：2019-06-18
申请号：CN201711309755.X
申请日：2017-12-11
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N5/0781 , C12N15/11 , C12R1/91
Abstract: 本发明提供了一组人永生化B淋巴细胞系的建立和应用，具体地，本发明将4株具有亲缘关系的永生化淋巴细胞系组合用作对检测平台进行准确性评判的标准物产品，并且将4株具有亲缘关系的永生化淋巴细胞系用作表观基因组、转录组、蛋白质组、代谢物组的标准物产品时，可形成内在的量值差异梯度，用于评价组学检测的灵敏度。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN105468451A
公开(公告)日：2016-04-06
申请号：CN201410409376.8
申请日：2014-08-19
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属计算机领域，涉及一种基于高通量测序数据的计算机集群的作业调度系统。具体涉及针对高通量组学数据的数据密集性计算的集群作业调度系统。本发明中包括：搭建独立的消息与储存网络构架；指定分析软件与输入数据；通过文件系统自动生成指定的分析作业任务；通过消息传递侦听集群计算结点负载状态，向结点布署批量任务；在计算结点里，通过进程通迅侦听任务状态，根据指定负载要求控制任务量，并最终完成批量任务。该作业调度系统与现有技术相比，可以实现以大数据文件为主要输入的高通量组学数据分析的任务自动化，减少结点间的消息通迅，并形成对数据密集型任务的多层次负载平衡，充分利用高速网络资源进行数据传输。
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公开(公告)号：CN115655816A
公开(公告)日：2023-01-31
申请号：CN202210999916.7
申请日：2022-08-19
Abstract: 本发明公开了一种同卵双胞胎家系人源B淋巴细胞系代谢物标准物质及制备方法和应用，包括从同卵双胞胎家系中父、母、子代双胞胎共4个人源B淋巴细胞系中提取的代谢物，其量值为父亲、母亲、一个子代分别与另一个子代中代谢物表达的比值。本发明的同卵双胞胎家系人源B淋巴细胞系代谢物标准物质可用于对代谢组检测进行质量控制和性能评价，也可用于评估和消除多批次检测中的技术噪音，为多中心、长期大队列研究的数据整合提供质量保证。
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公开(公告)号：CN106676183A
公开(公告)日：2017-05-17
申请号：CN201710071851.9
申请日：2017-02-09
Applicant: 复旦大学
IPC: C12Q1/68 , C07K16/18 , A61K39/395 , A61P35/00
CPC classification number: C12Q1/6886 , A61K39/00 , C07K16/18 , C12Q2600/118 , C12Q2600/156 , C12Q2600/158
Abstract: 本发明属于基因工程及肿瘤医学技术领域，具体为ZFHX4作为食管癌预后诊断的生物标志物的用途。本发明通过检测ZFHX4基因的体细胞突变来预测食管癌患者预后。本发明确立了ZFHX4基因突变是食管癌预后差的指标之一，也可以作为新的食管癌治疗靶点。
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公开(公告)号：CN115831226A
公开(公告)日：2023-03-21
申请号：CN202211001242.3
申请日：2022-08-19
IPC: G16B20/50 , C12Q1/6869 , C12Q1/6806
Abstract: 本发明公开了一种同卵双胞胎家系人源B淋巴细胞系全基因DNA标准物质及制备方法和应用，包括同卵双胞胎家系中父、母、子代双胞胎共4个人源B淋巴细胞系全基因DNA，其标准参考数据集为：1)四个标准物质的高置信简单变异集合；2)高置信结构变异SV信息以及对应的高置信参考基因组区域；3)高置信的5’‑甲基胞嘧啶信息，包括5mC的标称特性及丰度参考数据集。本方法制备的标准物质可以用于评估基因组测序的性能；还可用于评估测序和数据分析过程中对SNV、Indel、SV和5mC检出的真阳性、假阳性、真阴性和假阴性水平，为基因组测序技术平台、实验室、相关产品的质量控制与性能验证提供标准物质和标准参考数据。
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公开(公告)号：CN114807301A
公开(公告)日：2022-07-29
申请号：CN202111000539.3
申请日：2021-08-27
Applicant: 复旦大学
IPC: C12Q1/6806 , C12N15/10 , C40B50/06
Abstract: 本发明提供了一种高通量自动化血浆小RNA文库构建方法及其应用，具体地涉及高通量自动化血浆小RNA文库的构建，所述高通量自动化血浆小RNA文库构建方法可用作血浆小RNA表达水平定量研究、挖掘与疾病相关的潜在生物标志物。应用本发明的优化方法，可以在一天之内对96个起始量小于5ng的微量小RNA样本完成文库构建，通过高通量测序后，可以获得质量良好的数据。经性能评估分析，本发明的技术具有良好的跨批次稳定性，对于不同生物样本小RNA表达水平的内在生物学差异具有良好的区分能力，可用于超大型队列的小RNA文库构建实验。
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