基于cfDNA的癌症甲基化标志物筛选方法、装置及电子设备

    公开(公告)号:CN119811476A

    公开(公告)日:2025-04-11

    申请号:CN202411793420.X

    申请日:2024-12-06

    Abstract: 公开了一种基于cfDNA的癌症甲基化标志物筛选方法,包括:分别提取第一人群和第二人群的cfDNA样本及其在目标区间的所有CpG位点的甲基化值,以分别得到第一人群样本集和第二人群样本集;选择第一人群样本集和第二人群样本集的训练样本集,合并训练样本集并平均划分为l个训练样本子集,多次选取训练样本子集中的l‑1个训练样本子集并筛选其中的第一人群样本和第二人群样本的差异CpG位点,得到多个候选甲基化标志物集,利用多个候选甲基化标志物集构建多个筛选模型并提取甲基化标志物集。通过本申请所述方法交叉筛选得到的高异质性cfDNA测序样本间的标志物,提高了对癌症亚型检测的准确性。

    一种筛选基于甲基化检测的标志物的方法、模型

    公开(公告)号:CN119673481A

    公开(公告)日:2025-03-21

    申请号:CN202311220244.6

    申请日:2023-09-20

    Abstract: 本申请提供了一种筛选基于甲基化检测的标志物的方法,其中,包括:获取第一目标数据的步骤,所述第一目标数据是针对第一人群的测序数据;获取第二目标数据的步骤,所述第二目标数据是针对第二人群的测序数据;确定候选区域的步骤,基于所述第一目标数据和所述第二目标数据确定M个CpG富集的候选区域;获取第三目标数据的步骤,所述第三目标数据包括:所述第一目标数据和所述第二目标数据中M个候选区域中每个候选区域的甲基化单体型,以及各单体型出现的次数;从候选区域中确定基于甲基化检测的标志物的步骤,基于所述第三目标数据在第一人群和第二人群中的差异从候选区域中确定能够用于区分第一人群和第二人群的标志物;第一人群或第二人群是具有不同特征且所述特征不重合的两类人群。

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