高通量捕获低丰度病毒RNA结构的方法及其应用

    公开(公告)号:CN119120652A

    公开(公告)日:2024-12-13

    申请号:CN202411212061.4

    申请日:2024-08-30

    Abstract: 本发明提供了高通量捕获低丰度病毒RNA结构的方法及其应用,属于分子生物学和病毒学领域。本发明所述方法包括以下步骤:RNA病毒与交联剂混合,在紫外光下交联,提取交联的RNA病毒,用RNaseⅢ进行片段化处理,得到RNA片段;RNA片段纯化,进行邻位连接、解交联,解交联的RNA片段建立文库;采用RNA探针组杂交捕获目的RNA,对捕获后的目的RNA进行高通量测序和结构分析。本发明在建库后用RNA oligo探针捕获目的RNA,提高了目的RNA的数据深度,可用于确定低丰度病毒RNA基因组中的关键结构元件,揭示低丰度病毒RNA基因组中的长距离相互作用,识别病毒颗粒中的稳定基因组域。

    一种构建杂交捕获测序文库的方法

    公开(公告)号:CN114606576B

    公开(公告)日:2024-09-17

    申请号:CN202210367137.5

    申请日:2022-04-08

    Inventor: 杨福正

    Abstract: 本发明公开了一种构建杂交捕获测序文库的方法。所述方法包括以下步骤:(1)文库混合,按公式(1)计算子文库的体积,将子文库进行混合,得到混合文库;(2)文库杂交捕获,对所述混合文库进行纯化,并与杂交反应液混合进行预反应,加入捕获反应液进行捕获反应,进行洗脱及扩增,得到所述杂交捕获测序文库;本发明采用独特的杂交前文库混合策略,拓展杂交前文库混合方法的适用性,降低子文库质量、片段大小差异对预期数据产出的影响,提供了一种捕获效率高效、捕获均衡性好、操作简单且适应性广的杂交捕获方法。

    基于CRISPR/Cas12a系统创新激活方式检测核酸标志物RNA病毒的方法

    公开(公告)号:CN114317681B

    公开(公告)日:2024-07-09

    申请号:CN202210002404.9

    申请日:2022-01-04

    Applicant: 天津大学

    Abstract: 本发明公开基于CRISPR/Cas12a系统创新激活方式检测核酸标志物RNA病毒的方法。首先,以一种新的CRISPR/Cas12a系统的激活方式激活酶的活性,当有目标物DNA或RNA和CRISPR/Cas12a系统的crRNA及其配对的DNA结合该系统被激活去不加选择的水解单链信标分子DNA。不管是DNA还是RNA的高效、快捷、灵敏度高、特异性强的检测,该方法具有良好的特异性、灵敏度以及抗干扰能力,为建立灵敏而特异的重大疾病的核酸标志物和RNA病毒检测方法提供了新方向,并且当检测RNA时不需要逆转录等繁琐的步骤,只需要设计好CRISPR/Cas12a系统的固定DNA就可以实现特异性检测目标物。

    用于筛选剪接变异体或事件的方法

    公开(公告)号:CN111201325B

    公开(公告)日:2024-07-05

    申请号:CN201880066327.5

    申请日:2018-08-13

    Inventor: 魏建汶

    Abstract: 本发明涉及一种筛选靶基因的剪接变异体作为药物靶标或用于表征其生物学功能的高通量方法。本公开提供了一种用于筛选剪接变异体的方法,包括:(a)提供能够在靶基因上诱导第一剪接事件以表达第一剪接变异体的第一反义寡核苷酸以及能够在靶基因上诱导第二剪接事件以表达第二剪接变异体的第二反义寡核苷酸;(b)使第一反义寡核苷酸和第二反义寡核苷酸与靶基因的前体mRNA杂交;以及(c)表征剪接事件的效应。在一个实施例中,第一反义寡核苷酸将表达第二剪接变异体的剪接事件转换为表达第一剪接变异体的剪接事件,而第二反义寡核苷酸将表达第一剪接变异体的剪接事件转换为表达第二剪接变异体的剪接事件。

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