公开(公告)号：CN112992277B

公开(公告)日：2021-10-26

申请号：CN202110293491.3

申请日：2021-03-18

申请人： 南京先声医学检验实验室有限公司 ,  江苏先声诊断技术有限公司 ,  南京先声诊断技术有限公司

发明人： 陈莉 ,  张岩 ,  李振中 ,  戴岩 ,  梁相志 ,  郭昊 ,  张林 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： G16B50/30 ,  G16B30/10

摘要： 本发明提供了一种微生物基因组数据库构建方法及其应用。本发明的微生物基因组数据库构建方法使用基因组打断后加标签方式构建数据库，同时对多物种共有序列和特异序列标签化，并构建物种特异序列间比对分值矩阵，实现快速准确的获知序列来源。

公开(公告)号：CN114300055B

公开(公告)日：2023-04-25

申请号：CN202111629600.0

申请日：2021-12-28

申请人： 江苏先声医学诊断有限公司 ,  南京先声诊断技术有限公司 ,  南京先声医学检验实验室有限公司

发明人： 李珊 ,  李振中 ,  戴岩 ,  张岩 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： G16B40/30 ,  G16B30/10 ,  G16B30/20 ,  G16B50/30 ,  G16B20/40 ,  G16B10/00

摘要： 本发明提供一种通过降维分群和校正基因组长度优化宏基因组纳米孔测序数据定量的方法，所述方法能够提高宏基因组数据的定量准确度，与传统定量方法相比，相关性平均提高50％左右。

公开(公告)号：CN114300055A

公开(公告)日：2022-04-08

申请号：CN202111629600.0

申请日：2021-12-28

申请人： 江苏先声医学诊断有限公司 ,  南京先声诊断技术有限公司 ,  南京先声医学检验实验室有限公司

发明人： 李珊 ,  李振中 ,  戴岩 ,  张岩 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： G16B40/30 ,  G16B30/10 ,  G16B30/20 ,  G16B50/30 ,  G16B20/40 ,  G16B10/00

摘要： 本发明提供一种通过降维分群和校正基因组长度优化宏基因组纳米孔测序数据定量的方法，所述方法能够提高宏基因组数据的定量准确度，与传统定量方法相比，相关性平均提高50％左右。

公开(公告)号：CN114351261B

公开(公告)日：2023-12-15

申请号：CN202210189355.4

申请日：2022-02-28

申请人： 江苏先声医学诊断有限公司 ,  南京先声诊断技术有限公司 ,  南京先声医学检验实验室有限公司

发明人： 周水莲 ,  戴岩 ,  潘吾思 ,  程彪 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： C40B50/06 ,  C12Q1/70 ,  C12Q1/689 ,  C12Q1/6895 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/04

摘要： 本发明提供一种纳米孔测序平台的呼吸道样本难检病原的检测方法。本发明方法结合纳米孔测序平台的优势，对建库流程进行优化，显著提高呼吸道样本难检病原检出的灵敏度，同时实现DNA+RNA单一流程同时检测，具备更强目标性和时效性，作为宏基因组的重要补充，适用于临床推广应用。

公开(公告)号：CN114351261A

公开(公告)日：2022-04-15

申请号：CN202210189355.4

申请日：2022-02-28

申请人： 江苏先声医学诊断有限公司 ,  南京先声诊断技术有限公司 ,  南京先声医学检验实验室有限公司

发明人： 周水莲 ,  戴岩 ,  潘吾思 ,  程彪 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： C40B50/06 ,  C12Q1/70 ,  C12Q1/689 ,  C12Q1/6895 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/04

摘要： 本发明提供一种纳米孔测序平台的呼吸道样本难检病原的检测方法。本发明方法结合纳米孔测序平台的优势，对建库流程进行优化，显著提高呼吸道样本难检病原检出的灵敏度，同时实现DNA+RNA单一流程同时检测，具备更强目标性和时效性，作为宏基因组的重要补充，适用于临床推广应用。

公开(公告)号：CN112992277A

公开(公告)日：2021-06-18

申请号：CN202110293491.3

申请日：2021-03-18

申请人： 南京先声医学检验有限公司 ,  江苏先声诊断技术有限公司 ,  南京先声诊断技术有限公司

发明人： 陈莉 ,  张岩 ,  李振中 ,  戴岩 ,  梁相志 ,  郭昊 ,  张林 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： G16B50/30 ,  G16B30/10

摘要： 本发明提供了一种微生物基因组数据库构建方法及其应用。本发明的微生物基因组数据库构建方法使用基因组打断后加标签方式构建数据库，同时对多物种共有序列和特异序列标签化，并构建物种特异序列间比对分值矩阵，实现快速准确的获知序列来源。

公开(公告)号：CN115044712A

公开(公告)日：2022-09-13

申请号：CN202210818263.8

申请日：2022-04-22

申请人： 江苏先声医学诊断有限公司 ,  南京先声医学检验实验室有限公司 ,  北京先声医学检验实验室有限公司

发明人： 顾菊 ,  李振中 ,  周水莲 ,  潘吾思 ,  程彪 ,  戴岩 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： C12Q1/70 ,  C12Q1/6869 ,  C12N15/11 ,  C12R1/93

摘要： 本申请涉及生物信息学技术领域，具体提供一种适于ONT测序平台的、用于感染样本中疱疹病毒检测的靶向富集引物组及其应用。本申请根据CMV，EBV，HSV1、HSV2、VZV人源疱疹病毒的基因组序列，基于生信算法设计引物和靶向区段，本发明引物兼备种属间特异性和种属内兼容性，能快速、高效、全面的从呼吸道感染体征和症状的患者中识别并鉴别各类疱疹病毒，具有高上靶率、灵敏度和准确性。

公开(公告)号：CN115044712B

公开(公告)日：2024-05-24

申请号：CN202210818263.8

申请日：2022-04-22

申请人： 江苏先声医学诊断有限公司 ,  南京先声医学检验实验室有限公司 ,  北京先声医学检验实验室有限公司

发明人： 顾菊 ,  李振中 ,  周水莲 ,  潘吾思 ,  程彪 ,  戴岩 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： C12Q1/70 ,  C12Q1/6869 ,  C12N15/11 ,  C12R1/93

摘要： 本申请涉及生物信息学技术领域，具体提供一种适于ONT测序平台的、用于感染样本中疱疹病毒检测的靶向富集引物组及其应用。本申请根据CMV，EBV，HSV1、HSV2、VZV人源疱疹病毒的基因组序列，基于生信算法设计引物和靶向区段，本发明引物兼备种属间特异性和种属内兼容性，能快速、高效、全面的从呼吸道感染体征和症状的患者中识别并鉴别各类疱疹病毒，具有高上靶率、灵敏度和准确性。

公开(公告)号：CN114277092B

公开(公告)日：2023-03-24

申请号：CN202111473132.2

申请日：2021-12-02

申请人： 江苏先声医疗器械有限公司 ,  江苏先声诊断技术有限公司 ,  江苏先声诊断医疗器械有限公司

发明人： 周水莲 ,  潘吾思 ,  戴岩 ,  李振 ,  童桢开 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869 ,  C40B50/06

摘要： 本发明属于基因测序领域，具体涉及一种纳米孔测序平台的RNA病毒宏转录组建库方法。针对纳米孔测序平台通量低、临床样本宿主含量高和总RNA中包含大量核糖体RNA问题，通过反向富集等，对临床样本进行不完全宿主细胞DNA去除以及核糖体RNA去除；针对临床样本病毒载量低以及RNA病毒基因组多样性高问题，采用单引物等温扩增等主动正向富集cDNA。本发明通过正、反向富集步骤，成功搭建了纳米孔测序平台RNA病毒宏转录组建库检测流程，满足了临床对于未知RNA病毒病原体的快速鉴定，适用于推广应用。

公开(公告)号：CN113539369B

公开(公告)日：2022-03-25

申请号：CN202110804351.8

申请日：2021-07-14

申请人： 江苏先声医学诊断有限公司 ,  江苏先声医疗器械有限公司 ,  南京先声诊断技术有限公司

发明人： 张岩 ,  李振中 ,  任用 ,  李诗濛 ,  郭昊 ,  梁相志 ,  陈莉 ,  戴岩 ,  李珊 ,  顾菊

IPC分类号： G16B30/10

摘要： 本发明提供了一种基于kraken2单条序列kmer评分和整体基于taxonomy结构统计的生信分析方法，所述方法能够降低生信分析假阳性，提高物种检测准确度，适用于二代宏基因组测序分析。