公开(公告)号：CN112992277A

公开(公告)日：2021-06-18

申请号：CN202110293491.3

申请日：2021-03-18

申请人： 南京先声医学检验有限公司 ,  江苏先声诊断技术有限公司 ,  南京先声诊断技术有限公司

发明人： 陈莉 ,  张岩 ,  李振中 ,  戴岩 ,  梁相志 ,  郭昊 ,  张林 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： G16B50/30 ,  G16B30/10

摘要： 本发明提供了一种微生物基因组数据库构建方法及其应用。本发明的微生物基因组数据库构建方法使用基因组打断后加标签方式构建数据库，同时对多物种共有序列和特异序列标签化，并构建物种特异序列间比对分值矩阵，实现快速准确的获知序列来源。

公开(公告)号：CN112992277B

公开(公告)日：2021-10-26

申请号：CN202110293491.3

申请日：2021-03-18

申请人： 南京先声医学检验实验室有限公司 ,  江苏先声诊断技术有限公司 ,  南京先声诊断技术有限公司

发明人： 陈莉 ,  张岩 ,  李振中 ,  戴岩 ,  梁相志 ,  郭昊 ,  张林 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： G16B50/30 ,  G16B30/10

摘要： 本发明提供了一种微生物基因组数据库构建方法及其应用。本发明的微生物基因组数据库构建方法使用基因组打断后加标签方式构建数据库，同时对多物种共有序列和特异序列标签化，并构建物种特异序列间比对分值矩阵，实现快速准确的获知序列来源。

公开(公告)号：CN113971986A

公开(公告)日：2022-01-25

申请号：CN202111189780.5

申请日：2021-10-12

申请人： 江苏先声医疗器械有限公司 ,  江苏先声诊断技术有限公司 ,  江苏先声诊断医疗器械有限公司

发明人： 李振中 ,  郭一凡 ,  顾菊 ,  王辉 ,  孙世俊 ,  尹玉瑶 ,  李珊 ,  胥慧 ,  郭昊 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： G16B30/10 ,  G16B10/00

摘要： 本发明提供一种通过序列相似性排查测序样本交叉污染的方法，所述方法基于矫正后序列结果或单核苷酸多态性的结果构建进化树，进而判断测序样本间交叉污染情况。

公开(公告)号：CN112634983A

公开(公告)日：2021-04-09

申请号：CN202110023840.X

申请日：2021-01-08

申请人： 江苏先声医疗器械有限公司 ,  江苏先声诊断技术有限公司

发明人： 梁相志 ,  李振中 ,  周水莲 ,  何祥鹏 ,  潘吾思 ,  胥慧 ,  郭昊 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： G16B20/00 ,  G16B45/00

摘要： 本发明提供一种病原物种特异PCR引物优化设计方法。所述引物优化设计方法使用K‑mer法鉴定物种的特异区间，基于特异片段作引物设计，确保了引物的物种特异性，避免了使用单一基因组造成的菌株特异性。

公开(公告)号：CN113971986B

公开(公告)日：2023-03-21

申请号：CN202111189780.5

申请日：2021-10-12

申请人： 江苏先声医疗器械有限公司 ,  江苏先声诊断技术有限公司 ,  江苏先声诊断医疗器械有限公司

发明人： 李振中 ,  郭一凡 ,  顾菊 ,  王辉 ,  孙世俊 ,  尹玉瑶 ,  李珊 ,  胥慧 ,  郭昊 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： G16B30/10 ,  G16B10/00

摘要： 本发明提供一种通过序列相似性排查测序样本交叉污染的方法，所述方法基于矫正后序列结果或单核苷酸多态性的结果构建进化树，进而判断测序样本间交叉污染情况。

公开(公告)号：CN112634983B

公开(公告)日：2021-07-09

申请号：CN202110023840.X

申请日：2021-01-08

申请人： 江苏先声医疗器械有限公司 ,  江苏先声诊断技术有限公司

发明人： 梁相志 ,  李振中 ,  周水莲 ,  何祥鹏 ,  潘吾思 ,  胥慧 ,  郭昊 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： G16B20/00 ,  G16B45/00

摘要： 本发明提供一种病原物种特异PCR引物优化设计方法。所述引物优化设计方法使用K‑mer法鉴定物种的特异区间，基于特异片段作引物设计，确保了引物的物种特异性，避免了使用单一基因组造成的菌株特异性。

公开(公告)号：CN113611359B

公开(公告)日：2022-08-05

申请号：CN202110927474.0

申请日：2021-08-13

申请人： 江苏先声医学诊断有限公司 ,  江苏先声医疗器械有限公司 ,  南京先声诊断技术有限公司

发明人： 李振中 ,  陈莉 ,  李珊 ,  戴岩 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： G16B20/20

摘要： 本发明提供一种通过降维聚类分群提高宏基因组测序数据菌种组装效率的方法，所述方法通过k‑mer频率或频数统计，在组装前进行降维预分群，能够显著提高宏基因组组装效率，组装时间至少减少一半以上，同时保证生信鉴定的有效性和准确性。

公开(公告)号：CN114300055A

公开(公告)日：2022-04-08

申请号：CN202111629600.0

申请日：2021-12-28

申请人： 江苏先声医学诊断有限公司 ,  南京先声诊断技术有限公司 ,  南京先声医学检验实验室有限公司

发明人： 李珊 ,  李振中 ,  戴岩 ,  张岩 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： G16B40/30 ,  G16B30/10 ,  G16B30/20 ,  G16B50/30 ,  G16B20/40 ,  G16B10/00

摘要： 本发明提供一种通过降维分群和校正基因组长度优化宏基因组纳米孔测序数据定量的方法，所述方法能够提高宏基因组数据的定量准确度，与传统定量方法相比，相关性平均提高50％左右。

公开(公告)号：CN113539369B

公开(公告)日：2022-03-25

申请号：CN202110804351.8

申请日：2021-07-14

申请人： 江苏先声医学诊断有限公司 ,  江苏先声医疗器械有限公司 ,  南京先声诊断技术有限公司

发明人： 张岩 ,  李振中 ,  任用 ,  李诗濛 ,  郭昊 ,  梁相志 ,  陈莉 ,  戴岩 ,  李珊 ,  顾菊

IPC分类号： G16B30/10

摘要： 本发明提供了一种基于kraken2单条序列kmer评分和整体基于taxonomy结构统计的生信分析方法，所述方法能够降低生信分析假阳性，提高物种检测准确度，适用于二代宏基因组测序分析。

公开(公告)号：CN113611359A

公开(公告)日：2021-11-05

申请号：CN202110927474.0

申请日：2021-08-13

申请人： 江苏先声医学诊断有限公司 ,  江苏先声医疗器械有限公司 ,  南京先声诊断技术有限公司

发明人： 李振中 ,  陈莉 ,  李珊 ,  戴岩 ,  李诗濛 ,  任用

IPC分类号： G16B20/20

摘要： 本发明提供一种通过降维聚类分群提高宏基因组测序数据菌种组装效率的方法，所述方法通过k‑mer频率或频数统计，在组装前进行降维预分群，能够显著提高宏基因组组装效率，组装时间至少减少一半以上，同时保证生信鉴定的有效性和准确性。