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公开(公告)号：CN115346608B
公开(公告)日：2023-05-09
申请号：CN202210743555.X
申请日：2022-06-27
Applicant: 北京吉因加科技有限公司 , 深圳吉因加医学检验实验室
Abstract: 一种构建病原生物基因组数据库的方法及装置，该方法包括：获取基因组数据步骤，包括从数据库获取选定的病原生物的基因组数据；同源区域屏蔽步骤，包括对基因组数据进行质粒同源区域屏蔽、宿主源同源区域屏蔽，获得屏蔽同源区域后的基因组数据；融合基因组构建步骤，包括对屏蔽同源区域序列后的基因组数据中的各个基因组构建融合基因组；组库步骤，包括重复所述获取基因组数据步骤、同源区域屏蔽步骤、融合基因组构建步骤，遍历所选定的所有病原生物的基因组数据，汇总所有融合基因组，得到病原生物基因组数据库。该方法构建的数据库具有准确度高，分析时间短的优点。
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公开(公告)号：CN115346608A
公开(公告)日：2022-11-15
申请号：CN202210743555.X
申请日：2022-06-27
Applicant: 北京吉因加科技有限公司 , 深圳吉因加医学检验实验室
Abstract: 一种构建病原生物基因组数据库的方法及装置，该方法包括：获取基因组数据步骤，包括从数据库获取选定的病原生物的基因组数据；同源区域屏蔽步骤，包括对基因组数据进行质粒同源区域屏蔽、宿主源同源区域屏蔽，获得屏蔽同源区域后的基因组数据；融合基因组构建步骤，包括对屏蔽同源区域序列后的基因组数据中的各个基因组构建融合基因组；组库步骤，包括重复所述获取基因组数据步骤、同源区域屏蔽步骤、融合基因组构建步骤，遍历所选定的所有病原生物的基因组数据，汇总所有融合基因组，得到病原生物基因组数据库。该方法构建的数据库具有准确度高，分析时间短的优点。
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公开(公告)号：CN117265143B
公开(公告)日：2025-03-07
申请号：CN202311131633.1
申请日：2023-09-04
Applicant: 深圳吉因加医学检验实验室 , 北京吉因加医学检验实验室有限公司
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6895 , C12Q1/70 , C12N15/11 , C12R1/93 , C12R1/22 , C12R1/46 , C12R1/35 , C12R1/01 , C12R1/725 , C12R1/645
Abstract: 本发明公开了一种病原微生物检测的探针组、方法及其应用，所述探针组特异性检测样本中的病原微生物。尤其在中枢神经系统感染疾病领域，克服了常规中枢神经系统感染病原检测的缺陷：病原靶向富集克服传统检测手段周期长，阳性率低的缺陷；克服mNGS宿主占比高、微生物载量低，敏感性低的缺陷；靶向富集克服中枢神经系统感染本身病原载量低和部分胞内菌难检的感染情况。极大提高病原检测灵敏度和特异性，具有重要的临床应用价值。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN114242173B
公开(公告)日：2023-05-16
申请号：CN202111579973.1
申请日：2021-12-22
Applicant: 深圳吉因加医学检验实验室
Abstract: 本申请公开了一种mNGS鉴定微生物的数据处理方法、装置及存储介质。本申请的数据处理方法包括，利用Linux系统提供的内存映射/dev/shm加载数据库；在读取数据库之前，先检查数据库大小，如小于硬盘中原始加载的数据库大小，则通过虚拟内存触碰方式将其激活，使得加载数据库完整的缓存于内存中；采用内存映射方式加载参考基因组；采用Linux管道输出和读入，减少临时文件，提高分析速度。本申请方法，通过对数据处理过程中限制速度的关键步骤进行优化，提高了mNGS鉴定微生物的速度和效率，降低了对高性能硬件设备的依赖性，使得mNGS鉴定微生物仅采用现有常规的硬件设备就能实现快速、高效、准确的微生物分析和鉴定。
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公开(公告)号：CN115862739A
公开(公告)日：2023-03-28
申请号：CN202211377592.X
申请日：2022-11-04
Applicant: 深圳吉因加医学检验实验室 , 苏州吉因加生物医学工程有限公司 , 北京吉因加医学检验实验室有限公司
IPC: G16B30/10 , G16B40/20 , G16B50/00 , G06F16/215
Abstract: 本申请公开了一种病原微生物分析鉴定系统及其应用。本申请系统，包括数据统计模块、样本管理模块、实验管理模块、信息分析模块、报告管理模块和系统管理模块；信息分析模块包括样本分析子模块，其用于实现数据质控步骤、去宿主步骤、序列分类步骤、计算分类可信度指标步骤和过滤非致病菌步骤；可信度采用种水平、属水平reads数，种水平唯一Kmer数、对应物种基因组大小、reads覆盖大小、含有reads的窗口数、微生物基因组参考基因组按reads数进行筛选。本申请通过各个模块实现mNGS原始下机数据自动化分析，根据可信度筛选方案获得可靠分类结果，自动报出微生物，解决mNGS原始下机数据分析的专业技术人员依赖性。
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公开(公告)号：CN117778525A
公开(公告)日：2024-03-29
申请号：CN202211193666.4
申请日：2022-09-28
Applicant: 深圳吉因加医学检验实验室 , 苏州吉因加生物医学工程有限公司
IPC: C12Q1/6806 , C12N15/10
Abstract: 一种用于去除宿主核酸的探针设计方法及试剂盒，试剂盒中探针设计方法包括：参考基因组拆分步骤，包括将宿主参考基因组按预设步长、预设窗口拆分成原始探针序列集合，去掉完全重复的冗余序列，得到探针集；筛选步骤，包括将所述探针集中的所有探针进行两两比对，去掉与已选探针的汉明距离小于探针长度十分之一的探针，获得筛选后的探针集。该试剂盒中的探针集能够对宿主核酸进行高效去除，实现对微生物核酸的准确检测。
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公开(公告)号：CN117265143A
公开(公告)日：2023-12-22
申请号：CN202311131633.1
申请日：2023-09-04
Applicant: 深圳吉因加医学检验实验室 , 北京吉因加医学检验实验室有限公司
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6895 , C12Q1/70 , C12N15/11 , C12R1/93 , C12R1/22 , C12R1/46 , C12R1/35 , C12R1/01 , C12R1/725 , C12R1/645
Abstract: 本发明公开了一种病原微生物检测的探针组、方法及其应用，所述探针组特异性检测样本中的病原微生物。尤其在中枢神经系统感染疾病领域，克服了常规中枢神经系统感染病原检测的缺陷：病原靶向富集克服传统检测手段周期长，阳性率低的缺陷；克服mNGS宿主占比高、微生物载量低，敏感性低的缺陷；靶向富集克服中枢神经系统感染本身病原载量低和部分胞内菌难检的感染情况。极大提高病原检测灵敏度和特异性，具有重要的临床应用价值。
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公开(公告)号：CN114242173A
公开(公告)日：2022-03-25
申请号：CN202111579973.1
申请日：2021-12-22
Applicant: 深圳吉因加医学检验实验室
Abstract: 本申请公开了一种mNGS鉴定微生物的数据处理方法、装置及存储介质。本申请的数据处理方法包括，利用Linux系统提供的内存映射/dev/shm加载数据库；在读取数据库之前，先检查数据库大小，如小于硬盘中原始加载的数据库大小，则通过虚拟内存触碰方式将其激活，使得加载数据库完整的缓存于内存中；采用内存映射方式加载参考基因组；采用Linux管道输出和读入，减少临时文件，提高分析速度。本申请方法，通过对数据处理过程中限制速度的关键步骤进行优化，提高了mNGS鉴定微生物的速度和效率，降低了对高性能硬件设备的依赖性，使得mNGS鉴定微生物仅采用现有常规的硬件设备就能实现快速、高效、准确的微生物分析和鉴定。
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