公开(公告)号：CN113355438B

公开(公告)日：2022-05-10

申请号：CN202110612817.4

申请日：2021-06-02

Applicant: 深圳吉因加医学检验实验室 ,  深圳吉因加信息科技有限公司

Inventor： 陈海新 ,  黄毅 ,  林小芳 ,  刘久成 ,  易鑫

IPC: C12Q1/689 ,  C12Q1/6895 ,  C12Q1/6869 ,  G16B30/00

Abstract: 本申请公开了一种血浆微生物物种多样性评估方法、装置和存储介质，方法包括信息注释及合并步骤、物种多样性评估步骤。本申请通过两种不同的算法对血浆样本的非人源序列进行注释，以获取微生物物种及其丰度信息，并且对血浆样本的微生物物种及其丰度信息进行定量分析，得到微生物物种多样性指数，从而能够通过微生物物种多样性指数对血浆样本的微生物物种多样性进行定量评估；此外，本申请只需受检者的血浆样本即可进行液体活检，取样方便快捷，并且测序数据适用于低深度数据，检测成本更低，且支持甲基化测序数据，可对同一个样本进行多维度分析。

公开(公告)号：CN114242173A

公开(公告)日：2022-03-25

申请号：CN202111579973.1

申请日：2021-12-22

Applicant: 深圳吉因加医学检验实验室

Inventor： 黄毅 ,  杨振宇 ,  刘久成 ,  林小芳 ,  张丹 ,  易鑫 ,  杨玲

IPC: G16B50/00 ,  G16B30/10

Abstract: 本申请公开了一种mNGS鉴定微生物的数据处理方法、装置及存储介质。本申请的数据处理方法包括，利用Linux系统提供的内存映射/dev/shm加载数据库；在读取数据库之前，先检查数据库大小，如小于硬盘中原始加载的数据库大小，则通过虚拟内存触碰方式将其激活，使得加载数据库完整的缓存于内存中；采用内存映射方式加载参考基因组；采用Linux管道输出和读入，减少临时文件，提高分析速度。本申请方法，通过对数据处理过程中限制速度的关键步骤进行优化，提高了mNGS鉴定微生物的速度和效率，降低了对高性能硬件设备的依赖性，使得mNGS鉴定微生物仅采用现有常规的硬件设备就能实现快速、高效、准确的微生物分析和鉴定。

公开(公告)号：CN114242173B

公开(公告)日：2023-05-16

申请号：CN202111579973.1

申请日：2021-12-22

Applicant: 深圳吉因加医学检验实验室

Inventor： 黄毅 ,  杨振宇 ,  刘久成 ,  林小芳 ,  张丹 ,  易鑫 ,  杨玲

IPC: G16B50/00 ,  G16B30/10

Abstract: 本申请公开了一种mNGS鉴定微生物的数据处理方法、装置及存储介质。本申请的数据处理方法包括，利用Linux系统提供的内存映射/dev/shm加载数据库；在读取数据库之前，先检查数据库大小，如小于硬盘中原始加载的数据库大小，则通过虚拟内存触碰方式将其激活，使得加载数据库完整的缓存于内存中；采用内存映射方式加载参考基因组；采用Linux管道输出和读入，减少临时文件，提高分析速度。本申请方法，通过对数据处理过程中限制速度的关键步骤进行优化，提高了mNGS鉴定微生物的速度和效率，降低了对高性能硬件设备的依赖性，使得mNGS鉴定微生物仅采用现有常规的硬件设备就能实现快速、高效、准确的微生物分析和鉴定。