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公开(公告)号：CN109576304A
公开(公告)日：2019-04-05
申请号：CN201811445445.5
申请日：2018-11-29
Applicant: 西北农林科技大学
CPC classification number: C12N15/85 , C12N9/22 , C12N15/66 , C12N15/907
Abstract: 本发明公开了一种通用型转录组编辑载体及其制备方法，对Cas13d基因进行序列优化，并且对Cas13d进行点突变，使HEPN失活；在pCas13d-gRNA的多克隆位点处定向插入靶向目的基因的guide RNA序列，在guide RNA的辅助作用下将Cas13d蛋白定点结合到特定的目的基因序列上；利用Cas13d蛋白结合在剪接受体的作用，进行转录组编辑。本发明基于CRISPR-Cas13d，将HEPN无活性的dCas13d设计为灵活的RNA结合模块以靶向特定的RNA元件，实现基因组编辑并且不扰乱蛋白质翻译，为RNA研究提供了一个通用工具。
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公开(公告)号：CN105524940B
公开(公告)日：2019-04-05
申请号：CN201511025413.6
申请日：2015-12-31
Applicant: 西北农林科技大学 , 杨凌科元克隆股份有限公司
IPC: C12N15/85 , C12N5/10 , C12N15/873
Abstract: 本发明公开了一种基于组蛋白甲基化水平的修饰提高牛克隆效率的载体、细胞及方法。本发明提供的载体包括阻遏物表达载体和含有阻遏操纵子的表达载体，在转染时将两者共转染到供体细胞中；所述的含有阻遏操纵子的表达载体中插入有牛KDM4B或牛KDM4C基因。将阳性转染的细胞作为供体细胞，再将其注入到去核后的卵母细胞并进行电融合，挑选成功融合的牛体细胞克隆胚培养至36h时，诱导表达牛KDM4B和KDM4C。本发明可以有效减弱体细胞克隆胚在合子激活时期的组蛋白H3K9me3表观遗传修饰水平，从而显著提高后期牛体细胞克隆囊胚的发育率和质量，可高效体外生产牛体细胞克隆胚胎，胚胎移植后克隆牛的出生率也显著提高。
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公开(公告)号：CN108949824A
公开(公告)日：2018-12-07
申请号：CN201810813577.2
申请日：2018-07-23
Applicant: 西北农林科技大学
CPC classification number: C12N15/85 , C07K14/35 , C12N15/65 , C12N15/907 , C12N2510/00 , C12Q1/66
Abstract: 本发明公开了一种利用Cas9切割核酸酶基于HMEJ的方法介导Ipr1定点插入获取转基因牛胎儿成纤维细胞的方法，本发明通过电穿孔的方法分别将HMEJ策略的供体载体与HR策略的供体载体和针对打靶位点的CRISPR/Cas9表达载体共转染牛胎儿成纤维细胞，供体载体中MSR1启动子可以使Ipr1实现在专职吞噬性细胞中的特异性表达，嘌呤霉素药物筛选后，经过PCR鉴定获得打靶的阳性克隆细胞。HMEJ策略获得阳性克隆细胞的效率高于传统的HR策略。以HMEJ策略获得的转基因阳性克隆细胞为核供体，获得转基因克隆胚胎，进一步将转基因克隆胚胎移植到发情的受体牛子宫内，最终获得成活的Ipr1定点插入转基因克隆牛。
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公开(公告)号：CN107145767B
公开(公告)日：2018-09-25
申请号：CN201710250569.7
申请日：2017-04-17
Applicant: 西北农林科技大学
IPC: G06F19/22
Abstract: 本发明公开了一种通用RGEN基因编辑靶位点快速筛选系统。本发明通过“流水‑管道”设计思想，设计了碱基模式匹配模块、GC含量分析模块、连续n个相同碱基识别模块，形成了一个兼容性强、方便快捷并且适用于大规模数据分析的系统。支持任意模式序列在全基因组范围的匹配与查找，有效应对RNA介导核酸内切酶的快速发展。极大改善目前现有核酸内切酶工具仅能以有限模式和低通量筛选靶位点的现状。另外，本系统的模块构架及相关算法也适用于解决从任意长度字符串中抓取特定要求的子字符串这一类问题。
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公开(公告)号：CN107451429A
公开(公告)日：2017-12-08
申请号：CN201710607777.8
申请日：2017-07-24
Applicant: 西北农林科技大学
IPC: G06F19/28
CPC classification number: G16B50/00
Abstract: 本发明公开了一种一键化分析RNA数据的系统。本发明通过综合各种分析软件写成一个脚本，一键化得出最终结果并得出需要的图片。本发明能够接受单端和双端序列的输入文件，并能够分别分析两组数据的mRNA和lncRNA的基因差异，并对结果作图，直观的查看分析的结果。本发明能够方便、快速、准确的完成对于RNA数据分析。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN102943092A
公开(公告)日：2013-02-27
申请号：CN201210472708.8
申请日：2012-11-20
Applicant: 西北农林科技大学 , 杨凌科元克隆股份有限公司
Abstract: 本发明公开了一种通用型PiggyBac转座子转基因载体及其制备方法，包括供体载体和辅助载体；所述的供体载体包括PiggyBac转座子5’重复末端序列5’TR和3’重复末端序列3’TR，在5’TR和3’TR之间设有两个绝缘子，在绝缘子序列之间设有多克隆位点；所述的辅助载体包括PiggyBac转座酶编码基因Pbase，在Pbase的上游设有启动子，在其下游设有PloyA。将外源基因克隆至供体载体的多克隆位点中，然后再与辅助载体混合转染细胞，稳定筛选细胞单克隆，通过PB转座子元件将外源基因特异性整合到基因组中的TTAA位点。
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公开(公告)号：CN102827873A
公开(公告)日：2012-12-19
申请号：CN201210271661.9
申请日：2012-07-31
Applicant: 西北农林科技大学 , 杨凌科元克隆股份有限公司
Abstract: 本发明公开了一种Cre融合蛋白功能检测细胞及修饰后的Cre融合蛋白。Cre融合蛋白功能检测细胞，宿主细胞为HEK293细胞，将pAcmv-stop-EGFP载体和phiC31整合酶共转染宿主细胞。通过phiC31整合酶的作用，使得携带检测Cre重组酶功能的LoxP元件的载体以单拷贝的形式整合到HEK293细胞系的假attP位点，为研究Cre融合蛋白穿膜效率和生物活性提供稳定可靠的细胞模型。经TAT和NLS多肽修饰的Cre融合蛋白HNTC，其穿膜效率高、生物活性好，可有效地作为哺乳动物细胞染色体水平上基因操作的工具。
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公开(公告)号：CN102628061A
公开(公告)日：2012-08-08
申请号：CN201210100590.6
申请日：2012-04-09
Applicant: 西北农林科技大学 , 杨凌科元克隆股份有限公司
IPC: C12N15/85 , C12N5/10 , C12N15/873
Abstract: 本发明公开了一种HBD3乳腺特异性表达载体及构建的重组细胞，该载体包含带有信号转导肽的HBD3基因，分别在HBD3基因的上游和下游设有CSN5和CSN3作为调控元件。所述的重组细胞其宿主细胞为牛胎儿成纤维细胞，将外源性表达载体pARNG-HBD3在φC31整合酶的作用下整合到假attP位点，通过药物筛选取得阳性克隆，再经过Cre重组酶的处理，去除载体上两个同向LoxP序列之间的抗生素筛选标记。以去除抗生素筛选标记的包含HBD3的牛胎儿成纤维细胞作为核移植构建转基因克隆胚的核供体细胞，通过SCNT获得基因克隆胚，将这些胚胎移入受体牛的子宫有望生产出无抗生素筛选标记的转HBD3基因的奶牛。
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公开(公告)号：CN102517294A
公开(公告)日：2012-06-27
申请号：CN201110402670.2
申请日：2011-12-07
Applicant: 西北农林科技大学 , 杨凌科元克隆股份有限公司
IPC: C12N15/12 , C12N15/85 , C12N5/10 , C12N15/877
Abstract: 本发明公开了一种基于Ipr1基因构建的巨噬细胞异性打靶载体和重组细胞，通过在Ipr1基因5′端连接MSR1启动子使Ipr1基因在牛的巨噬细胞中特异的高效表达；并进一步构建重组基因LA-MSR1-Ipr1-SA，使目的基因定点整合在牛28号染色体SP-A与MAT1A基因之间。构建了Ipr1巨噬细胞特异性打靶载体pLMIS，将其转染到新生牛耳成纤维细胞，通过G418和GCV正负筛选，构建转基因的新生牛耳成纤维细胞系，作为核供体移入牛去核卵母细胞，获得转基因克隆胚；胚胎移植后，生产出定点插入Ipr1基因的转基因牛5头，其中4头存活，转基因牛对M.bovis有抗性。
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公开(公告)号：CN102321655A
公开(公告)日：2012-01-18
申请号：CN201110259942.8
申请日：2011-09-05
Applicant: 西北农林科技大学 , 杨凌科元克隆股份有限公司
Abstract: 本发明公开了一种基于假attP位点整合的通用型表达载体及其构建方法和应用，该表达载体包括attB序列、pUC ori和多克隆位点MCS，CMV组成型启动子与attB序列相连接，CMV组成型启动子下游插入两个同向的LoxP元件，在LoxP元件下游设有第一荧光指示蛋白开放阅读框及其终止子，在两个LoxP元件之间设有第二荧光指示蛋白开放阅读框及其终止子和抗生素表达元件。该载体可应用于筛选稳定表达荧光标记蛋白的无抗生素筛选标记的重组细胞。
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