公开(公告)号：CN107145767B

公开(公告)日：2018-09-25

申请号：CN201710250569.7

申请日：2017-04-17

Applicant: 西北农林科技大学

Inventor： 张涌 ,  陈奇 ,  佟琪

IPC: G06F19/22

Abstract: 本发明公开了一种通用RGEN基因编辑靶位点快速筛选系统。本发明通过“流水‑管道”设计思想，设计了碱基模式匹配模块、GC含量分析模块、连续n个相同碱基识别模块，形成了一个兼容性强、方便快捷并且适用于大规模数据分析的系统。支持任意模式序列在全基因组范围的匹配与查找，有效应对RNA介导核酸内切酶的快速发展。极大改善目前现有核酸内切酶工具仅能以有限模式和低通量筛选靶位点的现状。另外，本系统的模块构架及相关算法也适用于解决从任意长度字符串中抓取特定要求的子字符串这一类问题。

公开(公告)号：CN107145767A

公开(公告)日：2017-09-08

申请号：CN201710250569.7

申请日：2017-04-17

Applicant: 西北农林科技大学

Inventor： 张涌 ,  陈奇 ,  佟琪

IPC: G06F19/22

CPC classification number: G06F19/22

Abstract: 本发明公开了一种通用RGEN基因编辑靶位点快速筛选系统。本发明通过“流水‑管道”设计思想，设计了碱基模式匹配模块、GC含量分析模块、连续n个相同碱基识别模块，形成了一个兼容性强、方便快捷并且适用于大规模数据分析的系统。支持任意模式序列在全基因组范围的匹配与查找，有效应对RNA介导核酸内切酶的快速发展。极大改善目前现有核酸内切酶工具仅能以有限模式和低通量筛选靶位点的现状。另外，本系统的模块构架及相关算法也适用于解决从任意长度字符串中抓取特定要求的子字符串这一类问题。