一种构建抗生素抗性基因数据库的方法

    公开(公告)号:CN108491692A

    公开(公告)日:2018-09-04

    申请号:CN201810195831.7

    申请日:2018-03-09

    Inventor: 邓晔 魏子艳

    CPC classification number: G16B50/00

    Abstract: 本发明公开了生物技术领域的一种构建抗生素抗性基因数据库的生物信息学方法,该方法包括在基因数据库(GenBank)搜索抗性基因的蛋白序列;选择高度精确的序列作为初始序列;采用ClustalW方法比对;构建隐马尔可夫模型并搜索GenBank蛋白数据库,得到全部包含蛋白保守位点的序列;根据序列的E值和GenBank数据库中序列的注释信息,去除高度同源和不符合要求的序列;删除重复序列后添加物种注释信息;整合所有蛋白序列,完成数据库的构建。该方法能够综合衡量序列的注释信息和比对相似性,提高序列收集的速度和准确性。利用本发明提供的方法,可以完成抗生素抗性基因数据库的构建,为研究抗性基因的引物设计、数据分析和序列注释提供基础数据。

    五官对应的基因的突变位点的获取方法及装置

    公开(公告)号:CN106529213A

    公开(公告)日:2017-03-22

    申请号:CN201610973345.4

    申请日:2016-11-04

    Inventor: 范振鑫 郭涛

    CPC classification number: G16B40/00 G16B30/00 G16B50/00

    Abstract: 本申请提供了一种五官对应的基因的突变位点的获取方法及装置,涉及生物信息技术领域。该方法包括:将待测基因的多个短序列与参考基因组进行数据比对,获得待测基因的初步变异位点信息;根据初步变异位点信息,将多个初步变异位点中不满足预设保留条件的变异位点删除,将删除后获得的所述待测基因中的变异位点作为待检位点;将所述待检位点与五官基因库中的五官对应的基因的多个变异位点进行比较;当待检位点中存在与所述五官基因库中位置相同且突变碱基相同的变异位点,获得待测基因中五官对应的基因的位点突变情况。该方法及装置可以获得该待测基因中的变异位点中与五官相关的多个变异位点的突变情况。

    一种伴随实验生成样本ID的方法

    公开(公告)号:CN108681661A

    公开(公告)日:2018-10-19

    申请号:CN201810468822.0

    申请日:2018-05-16

    CPC classification number: G16B50/00

    Abstract: 本发明涉及一种伴随实验生成样本ID的方法,包括用于生成ID的基因位点的挑选和伴随高通量测序流程生成样本编码ID两个步骤。通过缩小基因位点范围,快速筛选出一定数目的位点用于验证样本是否错误标记或者污染,可简单快速地判断样本是否一致,识别样本集或实验中意外样本混淆错误,保证实验结果的准确可靠。

    DNA序列的数据分析
    9.
    发明授权

    公开(公告)号:CN104272311B

    公开(公告)日:2018-08-28

    申请号:CN201380008411.9

    申请日:2013-02-07

    CPC classification number: G16B50/00 G16B30/00

    Abstract: 提供了用于数据分析的系统和方法。在一实施方案中,提供了一种分析方法,包括:电子接收序列数据;电子接收一个或多个与至少一个表达载体相关的参比数据序列;将所述序列数据与所述参比数据序列中的至少一个关联以鉴定转基因侧翼序列;在基因组中搜索所述转基因侧翼序列的一个或多个插入位点;以及当在所述搜索步骤中找到一个或多个插入位点时,注释所述基因组及该基因组内的所述一个或多个插入位点。

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