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公开(公告)号：CN104292117B
公开(公告)日：2016-10-05
申请号：CN201410186697.6
申请日：2014-05-05
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07C217/08 , C07C217/12 , C07C217/10 , C07C213/02 , C07H19/10 , C07H19/14 , C07H1/00 , C08G65/48 , C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种酸敏感连接单元的合成及其在DNA测序中的用途。该酸敏感连接单元，结构式为：其中R为NH2或N3，m为0～44中任一整数，n为0～44中任一整数；R1，R2均为脂肪族烷基，或R1，R2均为芳香族衍生物，或R1为苯基、萘基、苯基的衍生物、或萘基的衍生物，R2为脂肪族烷基或氢；或R2为苯基、萘基、苯基的衍生物、或萘基的衍生物，R1为脂肪族烷基或氢，或R1、R2构成环己基、环戊基或环丁基。该酸敏感连接单元与核苷酸及荧光素连接得到的可逆终端可用于DNA合成测序。该类可逆终端可用于DNA测序；同时，其合成所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN105535013A
公开(公告)日：2016-05-04
申请号：CN201610082951.7
申请日：2016-02-05
Applicant: 上海交通大学
IPC: A61K31/715 , A61K36/896 , A61K36/90 , C08B37/00 , A61P35/00
CPC classification number: A61K36/90 , A61K31/715 , A61K36/896 , A61K2236/331 , A61K2236/51 , A61K2236/53 , A61K2236/55 , C08B37/006
Abstract: 本发明公开了龙须菜多糖在制备用于诱导细胞中的FADD和GADD基因的表达的制剂中的应用。该龙须菜多糖制剂可以明显诱导肿瘤细胞的凋亡，对人胃癌、肺癌和小鼠黑色素瘤细胞都有诱导凋亡的作用。具体地，该龙须菜多糖制剂可以是凋亡诱导剂。本发明的龙须菜多糖制剂，在抗肿瘤药物或防癌保健品的制备中具有应用前景，也为治疗或预防肿瘤的药物开发提供了新的选择。
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公开(公告)号：CN104003902B
公开(公告)日：2016-05-04
申请号：CN201410203327.9
申请日：2014-05-14
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07C247/10 , C07H19/10 , C07H1/00 , C09K11/06 , C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种三氮烯连接单元的合成及其在DNA测序中的用途；该三氮烯连接单元结构式如下：其中-CH2OH和-CH2N3分别连接于三氮烯结构的邻位、对位或间位。该酸敏感的三氮烯连接单元与核苷酸及荧光素连接得到的可逆终端可用于DNA合成测序。与现有技术相比，本发明合成了一类新的酸敏感连接单元，并用于合成了基于这种连接单元的可逆终端；该类可逆终端可用于DNA合成测序；同时，其合成所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN103819523B
公开(公告)日：2016-02-10
申请号：CN201410030095.1
申请日：2014-01-22
IPC: C07H19/167 , C07H1/00 , C07H19/173 , C07H19/20
CPC classification number: Y02P20/55
Abstract: 本发明公开了一种7-去氮-7-卤素鸟嘌呤核苷的合成方法；所述方法包括如下步骤：式(III)化合物在碱性条件下去保护基得式(IV1)或(IV2)化合物；进一步去甲基得式(I)化合物，即所述7-去氮-7-卤素鸟嘌呤核苷；其中，R1为H或OH，R2为I、Br或Cl，R3为H或本发明合成的7-去氮-7-卤素-鸟嘌呤核苷是在DNA测序、标记、延伸等生物学领域广泛使用的基本原料，目前其销售价格很高，且合成方法复杂，难以控制；而本发明的合成方法所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN103087131B
公开(公告)日：2015-07-08
申请号：CN201310015235.3
申请日：2013-01-15
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种可逆终端及其合成和在DNA合成测序中的用途。所述可逆终端的结构式如式(I)所示：其中R1为荧光素，R2为连接单元。本发明的可裂解该可逆终端可用于DNA合成测序；同时，本发明的可逆终端的合成所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用，并且生物学评价结果表明该类可逆终端能完全满足高通量测序的生化反应要求，具备较好的实用前景。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN103911449A
公开(公告)日：2014-07-09
申请号：CN201410138517.7
申请日：2014-04-08
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6869 , C12Q2563/143 , C12Q2525/173 , C12Q2525/131
Abstract: 本发明涉及一种检测RNA？PAS（Poly？A？Site）的方法，提供了一种基于3T-seq全基因组范围分析APA的方法，包括含有oligo？dT的磁珠制备，即将5'端生物素修饰的oligo？dT引物与带链霉亲和素的磁珠混合结合；用所述磁珠与总RNA混合，筛选含有Poly？A的RNA；逆转录，双链cDNA第二链合成，双链cDNA断裂；移除Poly？A结构；末端修饰后连接测序接头；文库回收。该方法减少了RNA水平操作，在DNA水平移除Poly？A序列，消除Poly结构对测序的影响；选择双链DNA断裂酶处理，在不影响文库质量的基础上在DNA水平断裂；简化实验流程，降低实验难度和造价，使其应用范围更广。
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公开(公告)号：CN103484106A
公开(公告)日：2014-01-01
申请号：CN201310401580.0
申请日：2013-09-05
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种四色荧光标记可逆终端及其在DNA测序中的用途；所述可逆终端的结构式如式(I)所示：(I)；其中，R1为三磷酸盐；R2为H或者OH；碱基为U，C，A，G或其衍生物；连接单元为在温和条件下可以断裂的双官能团化合物；荧光基团选自BODIPY、荧光素、罗丹明、香豆素、呫吨、花青、芘、酞菁、alexa、squarene染料、产生能量转移染料的组合以及其衍生物中的一种。本发明的可逆终端可用于DNA单分子测序；同时，本发明的可逆终端的合成所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用，并且生物学评价结果表明该类可逆终端能完全满足高通量测序的生化反应要求，具备很好的实用前景。
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公开(公告)号：CN113718017A
公开(公告)日：2021-11-30
申请号：CN202111061395.2
申请日：2021-09-10
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6806 , C40B50/06 , C12N15/10
Abstract: 本发明公开了一种单细胞ChIP‑seq文库的制备方法，涉及表观遗传学领域，添加物包括辅助DNA添加物或者抗原类似物；单细胞ChIP‑seq文库制备方法为将单细胞分选到96孔板中，经过染色质开放处理之后，每个样品孔中加入带有特异序列标签的Tn5转座酶，在转座酶的作用下，实现对单个细胞核的标记。经过特异性抗体捕获之后，对所得样品进行扩增和纯化。文库由Illumina Nextseq 500测序平台进行测序。本发明添加辅助DNA，降低样品损失；添加抗原类似物，降低抗体的非特异性吸附，增加免疫沉淀反应效率；还提供一种Tn5转座酶介导的染色质打断技术，避免了低效率的传统TruSeq建库法。
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公开(公告)号：CN109023537B
公开(公告)日：2021-10-08
申请号：CN201811025369.2
申请日：2018-09-04
Applicant: 上海交通大学
IPC: C40B50/06
Abstract: 本发明提供了一种微量DNA样品高通量测序文库的构建技术。具体地，本发明方法包括步骤：(a)提供DNA片段和辅助核酸片段；(b)向DNA片段和辅助核酸片段两端添加接头；(c)用特异性抗体捕获、富集末端带有接头的DNA片段和辅助核酸片段；(d)用特异性酶去除所述辅助核酸片段；(e)用特异性引物对所述步骤(c)中捕获、富集的DNA片段和辅助核酸片段进行扩增，从而获得扩增产物。本发明方法更适用于少量来源的微量样品的文库构建；文库质量好，无污染；成本较低，具有较高的普遍适用性。
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