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    Expression quantification using mass spectrometry
    2.
    发明申请
    Expression quantification using mass spectrometry 审中-公开
    使用质谱法进行表达量化

    公开(公告)号：US20060078960A1

    公开(公告)日：2006-04-13

    申请号：US11134850

    申请日：2005-05-19

    申请人： Christie Hunter ,  Sally Webb ,  Anthony Hunt ,  Neil Kitteringham ,  Stephen Pennington

    发明人： Christie Hunter ,  Sally Webb ,  Anthony Hunt ,  Neil Kitteringham ,  Stephen Pennington

    IPC分类号： C12Q1/26 ,  G06F19/00

    CPC分类号： G01N33/68 ,  G01N33/6803 ,  G01N33/6848 ,  G01N33/6851 ,  G01N2333/90209 ,  H01J49/0031

    摘要： In various aspects, the present teachings provide systems, methods, assays and kits for the absolute quantitation of protein expression. In various aspects, the present teachings provide methods of determining the concentration of one or more proteins of interest in one or more samples of interest. In various aspects, the present teachings provide methods of determining the absolute concentration of one or more isoforms of a protein using standard samples of signature protein fragments and parent-daughter ion transition monitoring (PDITM). In various embodiments, the absolute concentration of multiple isoforms of a biomolecule in a sample, multiple proteins in a biological process, a combination of multiple samples, or combinations thereof, can be determined in a multiplex fashion using the present teachings. In various aspects, provided are methods of assessing the response of a biological system to a chemical agent.

    摘要翻译： 在各个方面，本教导提供用于蛋白质表达的绝对定量的系统，方法，测定和试剂盒。 在各个方面，本教导提供了确定感兴趣的一种或多种感兴趣的一种或多种感兴趣的蛋白质的浓度的方法。 在各个方面，本教导提供使用标记蛋白片段和父 - 子离子转移监测（PDITM）的标准样品测定蛋白质的一种或多种同种型的绝对浓度的方法。 在各种实施方案中，可以使用本教导以多种方式确定样品中生物分子的多种同种型，生物过程中的多种蛋白，多种样品的组合或其组合的绝对浓度。 在各个方面，提供了评估生物系统对化学试剂的响应的方法。

    Expression quantification using mass spectrometry
    3.
    发明申请
    Expression quantification using mass spectrometry 审中-公开
    使用质谱法进行表达量化

    公开(公告)号：US20070054345A1

    公开(公告)日：2007-03-08

    申请号：US11441457

    申请日：2006-05-25

    申请人： Christie Hunter

    发明人： Christie Hunter

    IPC分类号： C12Q1/37 ,  G01N33/50

    CPC分类号： G01N33/68 ,  G01N33/6848 ,  G01N33/6851 ,  G01N2333/90209

    摘要： In various aspects, the present teachings provide systems, methods, assays and kits for the absolute quantitation of protein expression. In various aspects, the present teachings provide methods of determining the concentration of one or more proteins of interest in one or more samples of interest. In various aspects, the present teachings provide methods of determining the absolute concentration of one or more isoforms of a protein using standard samples of signature protein fragments and parent-daughter ion transition monitoring (PDITM). In various embodiments, the absolute concentration of multiple isoforms of a biomolecule in a sample, multiple proteins in a biological process, a combination of multiple samples, or combinations thereof, can be determined in a multiplex fashion using the present teachings. In various aspects, provided are methods of assessing the response of a biological system to a chemical agent.

    摘要翻译： 在各个方面，本教导提供用于蛋白质表达的绝对定量的系统，方法，测定和试剂盒。 在各个方面，本教导提供了确定感兴趣的一种或多种感兴趣的一种或多种感兴趣的蛋白质的浓度的方法。 在各个方面，本教导提供使用标记蛋白片段和父 - 子离子转移监测（PDITM）的标准样品测定蛋白质的一种或多种同种型的绝对浓度的方法。 在各种实施方案中，可以使用本教导以多种方式确定样品中生物分子的多种同种型，生物过程中的多种蛋白，多种样品的组合或其组合的绝对浓度。 在各个方面，提供了评估生物系统对化学试剂的响应的方法。

    Methods and Systems for Sequence-Based Design of Multiple Reaction Monitoring Transitions and Experiments
    5.
    发明申请
    Methods and Systems for Sequence-Based Design of Multiple Reaction Monitoring Transitions and Experiments 有权
    多反应监测过程和实验的基于序列设计的方法和系统

    公开(公告)号：US20080021687A1

    公开(公告)日：2008-01-24

    申请号：US11777248

    申请日：2007-07-12

    申请人： Christie Hunter ,  Alpesh Patel

    发明人： Christie Hunter ,  Alpesh Patel

    IPC分类号： G06G7/58

    CPC分类号： G06F19/18 ,  H01J49/004

    摘要： Computer-implementable methods consistent with the present teachings can be used in the design of selective- and multiple-reaction monitoring experiments for the identification of proteins and peptides of interest. By determining candidate parent-daughter ion transition pairs and scoring the pairs based on their ability to be detected experimental design time can be reduced and with a more focused list of transition pairs more experiments can be run successfully in a given period of time.

    摘要翻译： 与本教导一致的可计算机可实施的方法可用于选择性和多重反应监测实验的设计，用于鉴定感兴趣的蛋白质和肽。 通过确定候选亲 - 子离子转移对并根据其检测能力对这些对进行评分，可以减少实验设计时间，并且通过更集中的转移对列表，可以在给定的时间段内成功运行更多的实验。

    Methods for the development of a biomolecule assay
    6.
    发明申请
    Methods for the development of a biomolecule assay 审中-公开
    开发生物分子测定的方法

    公开(公告)号：US20070231909A1

    公开(公告)日：2007-10-04

    申请号：US11580221

    申请日：2006-10-12

    申请人： Christie Hunter

    发明人： Christie Hunter

    IPC分类号： G01N33/48 ,  G01N30/00 ,  G01N33/483 ,  G01N33/49

    CPC分类号： G01N33/6848 ,  G01N30/7233 ,  Y10T436/105831 ,  Y10T436/24

    摘要： The present teachings provide methods for the development of a mass spectrometric based assay for a protein in a sample using parent-daughter ion transition monitoring (PDITM). In various aspects, the present teachings provide methods for developing a mass spectrometric based assay for a protein in a sample without the use of a standard for the protein. In various embodiments, the sample comprises proteolytic fragments of a protein which is present in low abundance in the physiological fluid from which it is derived.

    摘要翻译： 本教导提供了使用亲 - 子离子跃迁监测（PDITM）开发用于样品中的蛋白质的基于质谱法的测定方法。 在各个方面，本教导提供了开发用于样品中蛋白质的基于质谱法的测定方法而不使用蛋白质标准的方法。 在各种实施方案中，样品包含蛋白质的蛋白水解片段，所述蛋白质蛋白质在其衍生的生理液体中的丰度低。