公开(公告)号：CN116959570A

公开(公告)日：2023-10-27

申请号：CN202310873519.X

申请日：2023-07-17

Applicant: 扬州大学 ,  中垦种业股份有限公司

Inventor： 徐扬 ,  杨文艳 ,  于广宁 ,  周恺 ,  张宇翔 ,  徐一亿 ,  李成 ,  徐辰武 ,  杨泽峰 ,  陈茹佳 ,  鲁月 ,  王怡 ,  刘伟 ,  何水华 ,  薛文侠

IPC: G16B25/00 ,  G16B20/20 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明属于育种技术领域，涉及一种代谢标志物辅助的全基因组预测方法及其应用，获取亲本自交系的SNP、代谢物以及表型数据，进行代谢组关联分析，挖掘产量相关性状的代谢标志物，构建代谢标志物辅助的全基因组预测模型，并对表型未知的杂交种进行表型预测，根据表型预测结果选择具有高产潜力的候选杂交组合。本发明可以提高GS模型对玉米杂种表型的预测准确度，进而能够更精准地筛选出具有高产潜力的候选杂交组合，为进一步提高作物产量做出贡献。

公开(公告)号：CN116863998B

公开(公告)日：2024-04-05

申请号：CN202310741264.1

申请日：2023-06-21

Applicant: 扬州大学

Inventor： 徐扬 ,  张宇翔 ,  周恺 ,  于广宁 ,  李成 ,  杨文艳 ,  王欣 ,  徐辰武 ,  杨泽峰 ,  鲁月 ,  陈茹佳 ,  陶天云 ,  李鹏程

IPC: G16B20/50 ,  G16B15/00 ,  G16B5/00 ,  G16B40/00 ,  G06N3/126

Abstract: 本发明属于生物信息领域，涉及一种基于遗传算法的全基因组预测方法及其应用，采用基因组最佳线性无偏估计模型来预测个体的育种值，包括以下步骤：获取待预测作物的分子标记；从中重复地随机选择一定比例的分子标记子集供遗传算法初始化，并构建基因组预测模型，计算不同分子标记子集的适合度，保留适合度较高的分子标记子集，将保留的分子标记子集以一定的比率进行突变、配对、交叉互换，产生新的分子标记子集；再次计算不同分子标记子集的适合度函数，保留适合度较高的分子标记子集，直到达到最大迭代次数或者收敛，得到最终的分子标记子集并构建基因组最佳线性无偏估计模型用于全基因组预测。本发明方法可用于提高杂交种全基因组选择的准确性，可以为杂交种的精准选育提供重要的技术支撑。

公开(公告)号：CN117987588A

公开(公告)日：2024-05-07

申请号：CN202410124686.9

申请日：2024-01-30

Applicant: 扬州大学

Inventor： 徐扬 ,  于广宁 ,  朱彩倩 ,  张宇翔 ,  周恺 ,  杨文艳 ,  徐辰武 ,  杨泽峰 ,  鲁月 ,  陈茹佳 ,  陶天云

IPC: C12Q1/6895 ,  C12Q1/6874 ,  G16B20/20 ,  G06Q50/02

Abstract: 本发明涉及生物信息学和基因组育种领域，涉及一种玉米全基因组选择的液相育种芯片及应用，所述玉米全基因组选择的液相育种芯片用于玉米品种选育，所述SNP位点包括SNP0001～SNP5851，芯片中包含经GWAS鉴定的多个性状关联位点及重要结构变异，分布在全基因组范围，在选育阶段，可利用芯片中的功能位点，对玉米自交系进行初步鉴定，提高基因组选择效率。

公开(公告)号：CN117987588B

公开(公告)日：2025-03-07

申请号：CN202410124686.9

申请日：2024-01-30

Applicant: 扬州大学

Inventor： 徐扬 ,  于广宁 ,  朱彩倩 ,  张宇翔 ,  周恺 ,  杨文艳 ,  徐辰武 ,  杨泽峰 ,  鲁月 ,  陈茹佳 ,  陶天云

IPC: C12Q1/6895 ,  C12Q1/6874 ,  G16B20/20 ,  G06Q50/02

Abstract: 本发明涉及生物信息学和基因组育种领域，涉及一种玉米全基因组选择的液相育种芯片及应用，所述玉米全基因组选择的液相育种芯片用于玉米品种选育，所述SNP位点包括SNP0001～SNP5851，芯片中包含经GWAS鉴定的多个性状关联位点及重要结构变异，分布在全基因组范围，在选育阶段，可利用芯片中的功能位点，对玉米自交系进行初步鉴定，提高基因组选择效率。

公开(公告)号：CN116863998A

公开(公告)日：2023-10-10

申请号：CN202310741264.1

申请日：2023-06-21

Applicant: 扬州大学

Inventor： 徐扬 ,  张宇翔 ,  周恺 ,  于广宁 ,  李成 ,  杨文艳 ,  王欣 ,  徐辰武 ,  杨泽峰 ,  鲁月 ,  陈茹佳 ,  陶天云 ,  李鹏程

IPC: G16B20/50 ,  G16B15/00 ,  G16B5/00 ,  G16B40/00 ,  G06N3/126

Abstract: 本发明属于生物信息领域，涉及一种基于遗传算法的全基因组预测方法及其应用，采用基因组最佳线性无偏估计模型来预测个体的育种值，包括以下步骤：获取待预测作物的分子标记；从中重复地随机选择一定比例的分子标记子集供遗传算法初始化，并构建基因组预测模型，计算不同分子标记子集的适合度，保留适合度较高的分子标记子集，将保留的分子标记子集以一定的比率进行突变、配对、交叉互换，产生新的分子标记子集；再次计算不同分子标记子集的适合度函数，保留适合度较高的分子标记子集，直到达到最大迭代次数或者收敛，得到最终的分子标记子集并构建基因组最佳线性无偏估计模型用于全基因组预测。本发明方法可用于提高杂交种全基因组选择的准确性，可以为杂交种的精准选育提供重要的技术支撑。

公开(公告)号：CN116574840A

公开(公告)日：2023-08-11

申请号：CN202310758749.1

申请日：2023-06-26

Applicant: 扬州大学

Inventor： 徐扬 ,  于广宁 ,  周恺 ,  张宇翔 ,  李成 ,  杨文艳 ,  徐一亿 ,  李芙蓉 ,  关秀生 ,  陈茹佳 ,  鲁月 ,  李鹏程 ,  杨泽峰 ,  徐辰武

IPC: C12Q1/6895 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明公开了一种玉米耐旱基因位点的开发方法及应用，属于基因组序列及植物生物技术领域。它包括检测待测玉米的基因型，根据基因型结果鉴定或辅助鉴定耐旱；ZmReDroSNP0201492位点是玉米基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为A或T，为序列表中SEQ ID No.1的第71位核苷酸；ZmReDroSNP1038761位点是玉米基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为G或C，为序列表中SEQ ID No.2的第71位核苷酸。本发明开发了新的玉米耐旱基因位点，并利用KASP分型技术对耐旱基因位点进行快速基因分型，可用于玉米分子标记辅助育种。分子标记辅助玉米进行耐旱性选育，选择效率高、周期短，可在苗期进行定向基因型选择，淘汰大量不耐旱的材料，降低育种成本，提高育种效率。