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公开(公告)号：CN113284560B
公开(公告)日：2022-05-17
申请号：CN202110466657.7
申请日：2021-04-28
申请人： 广州微远基因科技有限公司 , 广州微远医疗器械有限公司 , 广州微远医学检验实验室有限公司 , 深圳微远医疗科技有限公司 , 微远(深圳)医学研究中心有限公司
摘要： 本发明涉及一种病原检测背景微生物判断方法及应用，属于生物信息学分析技术领域。该判断方法包括以下步骤：确定核心背景微生物列表：取若干生物样本，将其中各微生物基因序列数据比对至相应微生物的特征序列区域，与核酸提取浓度或文库浓度进行相关性检验，得到相关性呈负相关的微生物列表，得核心背景微生物列表；确定核心背景微生物校正指数CBI：以上述核心背景微生物列表中所有微生物的特异性比对序列数之和为CBI；背景序列判断：将待测样本中微生物的特异性比对序列数与所述CBI相除得判断值。采用该方法可以背景微生物指数的大小来校正背景相关微生物，根据校正后的量来判断样本中该病原微生物是否存在，能够更为准确的判断结果。
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公开(公告)号：CN113270145B
公开(公告)日：2022-05-06
申请号：CN202110466665.1
申请日：2021-04-28
申请人： 广州微远基因科技有限公司 , 广州微远医疗器械有限公司 , 广州微远医学检验实验室有限公司 , 深圳微远医疗科技有限公司 , 微远(深圳)医学研究中心有限公司
摘要： 本发明涉及一种判断背景引入微生物序列的方法及其应用，属于生物信息分析技术领域。该方法包括以下步骤：确定背景微生物列表：取若干病原微生物阴性样本，将各微生物丰度的定量值A与核酸总量D进行相关性检验，呈负相关则判定为背景病原微生物；判断模型建立：分别取背景病原微生物的阴性对照样本集和阳性样本集，将背景病原微生物基因序列数据比对至该微生物的特征序列区域，计算丰度，建立判断模型；微生物特异性区域定量分析：获取待测样本中背景病原微生物基因序列数据，采用上述判断模型进行判断。该方法能够准确判断测序所得微生物序列是否为背景引入，且可降低批次假阳或者假阴问题，可广泛应用于病原微生物检测的数据分析中。
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公开(公告)号：CN112837745A
公开(公告)日：2021-05-25
申请号：CN202110055186.0
申请日：2021-01-15
申请人： 广州微远基因科技有限公司 , 广州微远医疗器械有限公司 , 广州微远医学检验实验室有限公司 , 深圳微远医疗科技有限公司 , 微远(深圳)医学研究中心有限公司
摘要： 本发明涉及一种病原微生物毒力基因关联模型及其建立方法和应用，属于基因检测技术领域。该方法包括以下步骤：建立病原微生物基因数据库和毒力基因数据库；获取临床样本的病原微生物宏基因组测序数据，得到每个临床样本中病原微生物和所对应的毒力基因序列数据；对上述病原微生物的序列数据和毒力基因序列数据进行聚类分析，获得单个毒力基因与至少一个疑似关联病原微生物的正态分布模型，选取其中病原微生物丰度高且毒力基因序列数与病原微生物序列数强相关的模型，即得。采用该方法得到的病原微生物毒力基因关联模型，能够判断每种毒力基因究竟来源于哪种细菌，弥补了现有技术的缺陷，且具有适用范围广、准确性高的优点。
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公开(公告)号：CN114974427A
公开(公告)日：2022-08-30
申请号：CN202210543735.3
申请日：2022-05-19
申请人： 广州微远基因科技有限公司 , 广州微远医疗器械有限公司 , 广州微远医学检验实验室有限公司 , 深圳微远医疗科技有限公司 , 微远(深圳)医学研究中心有限公司
摘要： 本发明涉及一种多靶标检测引物组及其设计方法，涉及核酸检测技术领域。该方法通过筛选得到目标靶标的靶标特异性区域序列，再通过检出目标靶标的临床样本的高通量测序数据与靶标特异性区域序列进行比对，得到覆盖区域，引物对设计，分析，得到各引物对可扩增生物样本数的先验概率，最后按照引物对的先验概率由高到低排序，依次挑选排序在先的引物对加入引物池，并将后加入引物对和已先加入引物对进行兼容性评价，最终形成可兼容引物池，即得多靶标检测引物组。该设计方法适用生物样本类型广泛，不受生物样本类型、病原体类型、测序类型、panel大小的限制，确保优先挑选检测信号高的引物对，减少生物样本的异质性，提高检测的灵敏度。
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公开(公告)号：CN112837745B
公开(公告)日：2023-11-21
申请号：CN202110055186.0
申请日：2021-01-15
申请人： 广州微远基因科技有限公司 , 广州微远医疗器械有限公司 , 广州微远医学检验实验室有限公司 , 深圳微远医疗科技有限公司
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公开(公告)号：CN113284560A
公开(公告)日：2021-08-20
申请号：CN202110466657.7
申请日：2021-04-28
申请人： 广州微远基因科技有限公司 , 广州微远医疗器械有限公司 , 广州微远医学检验实验室有限公司 , 深圳微远医疗科技有限公司 , 微远(深圳)医学研究中心有限公司
摘要： 本发明涉及一种病原检测背景微生物判断方法及应用，属于生物信息学分析技术领域。该判断方法包括以下步骤：确定核心背景微生物列表：取若干生物样本，将其中各微生物基因序列数据比对至相应微生物的特征序列区域，与核酸提取浓度或文库浓度进行相关性检验，得到相关性呈负相关的微生物列表，得核心背景微生物列表；确定核心背景微生物校正指数CBI：以上述核心背景微生物列表中所有微生物的特异性比对序列数之和为CBI；背景序列判断：将待测样本中微生物的特异性比对序列数与所述CBI相除得判断值。采用该方法可以背景微生物指数的大小来校正背景相关微生物，根据校正后的量来判断样本中该病原微生物是否存在，能够更为准确的判断结果。
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公开(公告)号：CN113270145A
公开(公告)日：2021-08-17
申请号：CN202110466665.1
申请日：2021-04-28
申请人： 广州微远基因科技有限公司 , 广州微远医疗器械有限公司 , 广州微远医学检验实验室有限公司 , 深圳微远医疗科技有限公司 , 微远(深圳)医学研究中心有限公司
摘要： 本发明涉及一种判断背景引入微生物序列的方法及其应用，属于生物信息分析技术领域。该方法包括以下步骤：确定背景微生物列表：取若干病原微生物阴性样本，将各微生物丰度的定量值A与核酸总量D进行相关性检验，呈负相关则判定为背景病原微生物；判断模型建立：分别取背景病原微生物的阴性对照样本集和阳性样本集，将背景病原微生物基因序列数据比对至该微生物的特征序列区域，计算丰度，建立判断模型；微生物特异性区域定量分析：获取待测样本中背景病原微生物基因序列数据，采用上述判断模型进行判断。该方法能够准确判断测序所得微生物序列是否为背景引入，且可降低批次假阳或者假阴问题，可广泛应用于病原微生物检测的数据分析中。
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