基于迁移学习建模转录调控网络的方法

    公开(公告)号:CN119049539A

    公开(公告)日:2024-11-29

    申请号:CN202411003221.4

    申请日:2024-07-24

    Applicant: 同济大学

    Abstract: 本案涉及深度学习和自然语言处理领域,尤其涉及一种基于迁移学习建模转录调控网络的方法,解决现有技术难对不同染色质状态或者细胞类型中的转录调控网络进行系统性建模的问题。本案方法利用大规模转录调控因子全基因组结合图谱的数据来对语言模型进行预训练,以建模每个基因组区域上不同转录调控因子的相互作用关系。预训练语言模型学习到的这种转录调控因子的相互作用关系,能够通过迁移学习应用于不同的染色质状态和细胞类型中,从而实现对复杂且高度动态的转录调控网络的系统性建模。

    利用细胞表面分子标志物鉴定人类原态多能性的方法

    公开(公告)号:CN108088997A

    公开(公告)日:2018-05-29

    申请号:CN201611049238.9

    申请日:2016-11-21

    Abstract: 本发明涉及一种利用细胞表面分子ALPPL2鉴定人类 态多能性的方法。步骤是:建立可诱导的2代重编程系统,利用特定的诱导培养体系从人的成纤维细胞中分别建立态及primed态iPSC系;分别提取所建立的 态及primed态iPSCs中的细胞膜蛋白,通过iTRAQ标记及蛋白质谱定量技术,对两者的膜蛋白进行系统比较分析,筛选出相比于primed iPSCs, 中高表达的膜蛋白库;3.在及primed重编程过程中分别选取特定时间节点进行细胞收样,结合RNAseq分析,获得 及primed重编程过程转录组的动态变化,并将在 重编程过程中特异性上调的基因与步骤2中筛选出的膜蛋白库进行综合比较。本发明找到了可特异指征人的 态多能性的表面分子标志物ALPPL2。

    不依赖于特异性抗体的捕获TF在全基因组上结合位点的方法

    公开(公告)号:CN113005145B

    公开(公告)日:2022-10-14

    申请号:CN202110255931.6

    申请日:2021-03-09

    Applicant: 同济大学

    Abstract: 本发明属于基因转录调控领域,具体涉及一种不依赖于特异性抗体的捕获TF在全基因组上结合位点的方法。该方法包括以下步骤:S1、构建带有rFC标签的目的转录因子表达质粒,进而向细胞中引入TF‑rFC融合蛋白表达,培养到所需时期后收集细胞,并用磁珠偶联细胞;S2、通透磁珠偶联的细胞,加入pA(G)‑MNase融合蛋白孵育过夜;S3、通过加入CaCl2,活化MNase,终止反应并收集释放出核的TF‑染色质复合物,进行纯化;S4、将上述纯化后的DNA片段进行测序文库构建并进行高通量测序。本发明规避了传统用于富集TF在基因组上结合位点的方法中高质量特异性抗体的需要,且避免了由于抗体效率影响特异性结合位点的富集,进而可以使用少至5000个细胞在全基因组水平上捕获TF的结合位点。

    不依赖于特异性抗体的捕获TF在全基因组上结合位点的方法

    公开(公告)号:CN113005145A

    公开(公告)日:2021-06-22

    申请号:CN202110255931.6

    申请日:2021-03-09

    Applicant: 同济大学

    Abstract: 本发明属于基因转录调控领域,具体涉及一种不依赖于特异性抗体的捕获TF在全基因组上结合位点的方法。该方法包括以下步骤:S1、构建带有rFC标签的目的转录因子表达质粒,进而向细胞中引入TF‑rFC融合蛋白表达,培养到所需时期后收集细胞,并用磁珠偶联细胞;S2、通透磁珠偶联的细胞,加入pA(G)‑MNase融合蛋白孵育过夜;S3、通过加入CaCl2,活化MNase,终止反应并收集释放出核的TF‑染色质复合物,进行纯化;S4、将上述纯化后的DNA片段进行测序文库构建并进行高通量测序。本发明规避了传统用于富集TF在基因组上结合位点的方法中高质量特异性抗体的需要,且避免了由于抗体效率影响特异性结合位点的富集,进而可以使用少至5000个细胞在全基因组水平上捕获TF的结合位点。

    桥梁悬臂异步施工中顶板与波形钢腹板之间的连接构造

    公开(公告)号:CN111395203A

    公开(公告)日:2020-07-10

    申请号:CN202010327216.4

    申请日:2020-04-23

    Abstract: 本发明公开一种桥梁悬臂异步施工中顶板与波形钢腹板之间的连接构造,尤其是一种波形钢腹板组合桥梁悬臂异步施工过程中,用于减少波形钢腹板悬臂异步施工顶板前端应力的构造措施。上述连接构造包括开孔板、橡胶圈和固定于腹板顶部的上翼缘板,开孔板与上翼缘板连接形成开孔板连接件,开孔板的孔洞用于穿设钢筋;顶板混凝土浇筑前,在位于悬臂端部顶板内的所述开孔板的最前端孔洞内布设橡胶圈。本发明利用橡胶圈刚度小的特点,在悬臂异步施工过程中,在不影响钢与混凝土结合面抗剪强度的情况下,可有效降低顶板前端混凝土应力,有效改善波形钢腹板组合桥在异步浇筑施工过程中结合部的受力状态,提高安全性能,适用于钢与混凝土组合结构工程。

    既有输电塔抗冰加固改造方法

    公开(公告)号:CN101781937B

    公开(公告)日:2011-05-25

    申请号:CN201010121884.8

    申请日:2010-03-11

    Abstract: 本发明属于输电设备技术领域,具体公开了一种既有输电塔的抗冰加固改造方法,包括在输电塔高度范围内适当增加横隔面数以提高既有输电铁塔整体刚度和稳定性,以及根据不同的塔形在输电塔薄弱部位采取增大杆件截面面积的方法提高局部承载力;考虑到现场施工时输电塔结构的安全,本发明同时提出了加固时的施工方法。本发明具有设计施工简便,用钢量小且效果显著,可广泛用于既有输电塔的抗冰加固改造中,以达到提高输电塔刚度、减少寒冷天气中因输电塔的破坏而引起的重大社会损失。

    应用于斑马鱼胚胎的先加标签的染色质免疫共沉淀高通量测序实验方法

    公开(公告)号:CN105463090A

    公开(公告)日:2016-04-06

    申请号:CN201510967007.5

    申请日:2015-12-21

    Applicant: 同济大学

    CPC classification number: C12Q1/6888 C12N15/1003 C12N2330/31 C12Q1/6869

    Abstract: 本发明涉及应用于斑马鱼胚胎的先加标签的染色质免疫共沉淀高通量测序(iChIP-seq)实验方法,首先斑马鱼胚胎样本进行甲醛交联,然后通过MNase酶切获取单核小体,H3抗体将染色质固定在磁珠上,从而在磁珠上对各种不同的样品加上不同的标签接头,再将染色质从磁珠上释放出来浓缩后将样品混合在一起进行各种抗体的染色质免疫共沉淀反应,获得DNA样品纯化后建库测序。本发明iChIP是在传统的ChiP上进行的改良,这种方法是通过在染色质免疫共沉淀前先将每个样本进行标记后再将所有样品混合在一起进行实验,能观察到在发育过程中染色质修饰的一个动态变化,减少早期细胞量少可能造成的实验偏差,且可以通过细胞数数量对整个发育过程中的染色质修饰动态变化进行定量观察。

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