一种基于菌群的Hi-C检测方法
    83.
    发明公开

    公开(公告)号:CN115109836A

    公开(公告)日:2022-09-27

    申请号:CN202210674267.3

    申请日:2022-06-14

    Abstract: 本发明公开了一种基于菌群的Hi‑C检测方法,包括以下检测步骤:菌群收集,菌群DNA交联反应,菌群DNA完整性验证,细菌裂解,限制性酶切反应,生物素末端填补,连接反应,反向交联,菌群Hi‑C文库提取,Hi‑C文库纯化,酚氯仿提取DNA,二代建库。利用菌群Hi‑C建库测序技术,能够重现样品中的部分质粒与特定细菌菌群之间的宿主关系,进一步阐明了环境中耐药基因的传播规律。

    细菌HI-C基因组及质粒构象捕获方法

    公开(公告)号:CN113215141A

    公开(公告)日:2021-08-06

    申请号:CN202110204762.3

    申请日:2021-02-23

    Abstract: 本发明公开了细菌HI‑C基因组及质粒构象捕获方法,包括以下捕获步骤:细菌培养、交联反应、验证样品完整性、细菌裂解、消化染色质、生物素填补、连接反应、反向交联、文库提取、去除生物素、酚氯仿提取DNA、二代建库。通过甲醛处理将DNA与蛋白质交联在一起从而固定DNA的构象,并进行酶切、生物素引入、酶连和提取,然后对处理好的核酸进行文库构建和高通量测序,最终通过对测序数据进行分析即可揭示细菌染色质片段之间及其与质粒间的交互信息,可以应用于基因组组装、基因表达调控研究等。

    一种非洲猪瘟基因芯片及其应用

    公开(公告)号:CN111534639A

    公开(公告)日:2020-08-14

    申请号:CN202010373798.X

    申请日:2020-05-06

    Abstract: 本发明提供了一种非洲猪瘟病毒的序列组合,所述序列组合包括DNA探针组,所述DNA探针包括SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.14、SEQ ID NO.24、SEQ ID NO.31、SEQ ID NO.40、SEQ ID NO.73、SEQ ID NO.74、SEQ ID NO.77、SEQ ID NO.78、SEQ ID NO.84、SEQ ID NO.96、SEQ ID NO.130、SEQ ID NO.134、SEQ ID NO.142、SEQ ID NO.153。优选地,所述的DNA探针包括155条DNA探针,所述的DNA探针序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.155所示。利用本发明的优选实施方案,可以实现100%的突变位点的检出率。

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