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公开(公告)号：CN118239996A
公开(公告)日：2024-06-25
申请号：CN202410334815.7
申请日：2024-03-22
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07H19/10 , C07H19/23 , C07H1/00 , C09K11/06 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种荧光标记核苷酸在DNA合成测序及单分子测序中的应用，所述荧光标记核苷酸典型结构#imgabs0#其中Base为U,C,A,G四个不同的碱基；R为苯环；Cleavable Linker为偶氮连接单元；R1是将偶氮连接单元与荧光素连接在一起的化学分子基团，Dye是荧光染料。该结构式通过可裂解连接单元使荧光素与含有芳环的碱基相连。该类荧光标记核苷酸参与DNA延伸、断裂后，残留在碱基上的基团只有苯胺基。本发明在DNA合成测序及单分子测序中，荧光标记核苷酸在参与延伸并断裂反应后，在DNA链上的残基只有苯胺基，在单分子测序中的实验结果表明，有望发展为长读长DNA测序方法，且保持低错误率。
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公开(公告)号：CN118020760A
公开(公告)日：2024-05-14
申请号：CN202410173169.0
申请日：2024-02-07
Applicant: 上海交通大学
IPC: A01N1/02
Abstract: 本发明公开了一种高压低温无冰的器官保存系统。该器官保存系统包括温控容器(1)和压控容器(2)；所述温控容器内有导热流体介质，温控容器设置有温控系统，所述温控系统包括冷却子系统和加热子系统；所述压控容器置于温控容器内部并浸没于导热流体介质中，压控容器内的压力能够受控调节；所述压控容器用于容置器官，压控容器内充盈保护液，需要保存的器官放置在压控容器的内腔中并浸没于保护液中。本发明的器官保存系统能够提供一个高压低温的保存环境，从而获得一个低温(零度以下)且不结冰的器官保存环境，将器官置于此低温环境下保存，能够大大提升器官保存的时长并保证有良好活性。
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公开(公告)号：CN115058494A
公开(公告)日：2022-09-16
申请号：CN202210789003.2
申请日：2022-07-06
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6837 , C12Q1/6869 , C12N15/11 , C12M1/34 , C12M1/00 , C12M1/38 , G02B21/00 , G02B21/06 , G01J5/48
Abstract: 本发明提供一种全内反射单分子基因测序系统，涉及基因测序技术领域，包括：全内反射测序芯片、成像测温装置、照明装置以及精密位移台；全内反射测序芯片，包含棱镜基板、盖板、固定架以及多片流道板；其中，棱镜基板的上表面与下表面分别与一片流道板贴合，流道板又与一片盖板贴合，所述流道板的中间加工有贯穿上下表面的流道；成像测温装置，包含显微物镜、成像模块、对焦测温模块；照明装置，包含照明镜头、照明镜头位移器以及照明光偏折镜。本发明能够不依赖镜油进行单分子成像的全内反射单分子基因测序，可靠性高，且维护成本低。
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公开(公告)号：CN111811939B
公开(公告)日：2022-08-02
申请号：CN202010714529.5
申请日：2020-07-21
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种超低温环境下的高精度纳米力学检测系统，包括低温系统单元，用于提供稳定的常压非真空低温清洁环境；壳体，置于罐体和低温液体的液面围成的上部空间中；探针，固定于壳体中，且探针上设有微悬臂；光学检测单元，包括激光光路单元和激光探测单元；处理单元，用于将电信号转变成微悬臂的偏折量；反馈与执行单元，包括压电陶瓷管，压电陶瓷管用于调节样品和探针之间的相对位移。本发明将系统保持在低温，利用冷阱作用，降低测量空间污染物，进而对材料或单分子进行稳定的超低温高精度力学测量，拓展了纳米力学测量的温度应用范围。
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公开(公告)号：CN108251516B
公开(公告)日：2021-04-02
申请号：CN201711280069.4
申请日：2017-12-06
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供了一种DNA单分子测序方法与测序系统，所述DNA单分子测序方法包括如下步骤：S1对基体表面进行修饰，将水溶性双功能连接单元连接于基体表面；然后将引物P1与水溶性双功能连接单元连接，即得固定有引物的基体；S2、将含待测DNA模板、聚合酶、四色荧光标记可逆终止剂的混合溶液置于固定有引物P1的基体上，进行延伸，形成含荧光素的引物/模板复合物；S3、对延伸后的引物/模板复合物进行成像，确定参与延伸的核苷酸碱基种类；S4、将参与延伸的核苷酸的可裂解连接单元断裂，进行下一次延伸；S5、重复上述步骤S2至步骤S4，获得待测DNA模板的碱基序列。本发明能够完美地做到一次测序循环只延伸一个可逆终止剂的效果。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN111579769A
公开(公告)日：2020-08-25
申请号：CN202010407241.3
申请日：2015-04-30
Applicant: 上海交通大学
IPC: G01N33/533
Abstract: 本发明公开了一种对组织样本进行免疫标记的方法，具体地，本发明(a)提供一标记体系，所述标记体系含有待进行免疫标记的组织样本、用于对所述组织样本进行标记的探针和缓冲液；和(b)将所述的标记体系置于电场作用下进行标记处理，从而使得所述的探针进入所述组织样本内部，从而对所述组织样本进行免疫标记，获得经免疫标记的组织样本。本发明不仅能够缩短探针进入组织样本内部的时间，还能保持组织内部的完整性，具有极大的应用价值。
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公开(公告)号：CN110343612A
公开(公告)日：2019-10-18
申请号：CN201810308292.3
申请日：2018-04-08
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供了一种基于多色荧光可逆终止核苷酸的DNA单分子测序系统及装置，所述测序系统包括引物、待测DNA模板、多色荧光可逆终止核苷酸测序试剂；所述引物固定在流通池反应器表面；将待测DNA模板与测序引物进行杂交，然后用多色荧光可逆终止核苷酸延伸引物后，检测延伸引物的荧光信号即可得到待测DNA序列信息；所述待测DNA模板的3’端不需要标记定位荧光。本发明通过利用测序循环过程中，延伸反应物的荧光作为下一次延伸的定位荧光，或采用固定在流通池反应器表面的定位荧光标记物作为定位荧光，无需对待测DNA模板的3’端标记定位荧光，从而有效避免了由于淬灭而导致定位信息丢失的问题，可进一步大幅延长测序读长并降低错误率。
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公开(公告)号：CN106588722B
公开(公告)日：2018-08-03
申请号：CN201510684831.X
申请日：2015-10-20
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07C323/52 , C07C319/20 , C07H19/10 , C07H1/00 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了种硫代缩酮连接单元的合成及其在DNA测序中的用途。该连接单元的结构式为:其中R=OH或者COOH;R=R=甲基,或R=苯基、对甲氧基苯基、2,4,6‑三甲氧基苯基、萘基或对甲氧基萘基,R=H,或R、R共同构成环己基、环戊基。该连接单元与核苷酸及荧光素连接得到的荧光素标记核苷酸可用于DNA测序。与现有技术相比,本发明合成的基于硫代缩酮结构的连接单元的可逆终止剂用于DNA测序时,其延伸效率接近100%,并且在模板为连续多个相同碱基时,次只延伸个可逆终止剂;同时,其合成所需原料简单易得,合成过程均为常规化学反应,可用于大规模推广使用。
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公开(公告)号：CN108251516A
公开(公告)日：2018-07-06
申请号：CN201711280069.4
申请日：2017-12-06
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供了一种DNA单分子测序方法与测序系统，所述DNA单分子测序方法包括如下步骤：S1对基体表面进行修饰，将水溶性双功能连接单元连接于基体表面；然后将引物P1与水溶性双功能连接单元连接，即得固定有引物的基体；S2、将含待测DNA模板、聚合酶、四色荧光标记可逆终止剂的混合溶液置于固定有引物P1的基体上，进行延伸，形成含荧光素的引物/模板复合物；S3、对延伸后的引物/模板复合物进行成像，确定参与延伸的核苷酸碱基种类；S4、将参与延伸的核苷酸的可裂解连接单元断裂，进行下一次延伸；S5、重复上述步骤S2至步骤S4，获得待测DNA模板的碱基序列。本发明能够完美地做到一次测序循环只延伸一个可逆终止剂的效果。
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公开(公告)号：CN105131064B
公开(公告)日：2018-04-20
申请号：CN201510401611.1
申请日：2015-07-09
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07H19/10 , C07H1/00 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明提供了一种基于四氢呋喃修饰核苷酸及其在DNA测序中的用途。本发明的四氢呋喃修饰核苷酸，结构式如式I所示：该类化合物合成原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，易于实现大量合成；且该类化合物在DNA聚合酶作用下，可参与DNA链延伸反应，并且在模板为多个相同碱基时，一次只能延伸一个，延伸效率几乎100％。在酸性条件下，连接单元可以完全断裂将标记的荧光素切掉，下一轮延伸反应同样可以几乎100％效率进行，具有应用于DNA测序的价值。
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