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公开(公告)号：CN120015119A
公开(公告)日：2025-05-16
申请号：CN202510495727.X
申请日：2025-04-21
Applicant: 浙江大学
IPC: G16B25/10 , G16B40/00 , G06N3/0455
Abstract: 本申请公开了一种化合物扰动细胞系基因转录谱预测方法、装置、设备及介质，涉及化合物扰动基因转录谱预测领域。本申请的方法首先构建包含均方误差、皮尔逊相关系数损失和KL散度损失的组合损失函数，然后基于该组合损失函数对深度神经网络模型进行训练，得到基因转录谱预测模型，实现化合物扰动后的基因表达谱信息的预测，本申请基于均方误差、皮尔逊相关性损失和KL散度损失的优化策略，在数值精确度和趋势一致性方面均表现优越，该方法不仅能够准确预测基因扰动后的表达水平，还可以确保基因表达变化模式与真实生物学变化高度相关，从而提高了在不同细胞系和化合物扰动场景下的泛化能力。
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公开(公告)号：CN119626575A
公开(公告)日：2025-03-14
申请号：CN202510162109.3
申请日：2025-02-14
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
Abstract: 本申请公开了一种脑卒中空间知识图谱数据库的构建方法、装置、设备及介质，涉及大数据分析技术领域。本申请利用通义千问2.1模型深入挖掘和分析公开可获取的论文，识别和标注与缺血性脑卒的基因、生理区域、病理区域的空间分布情况，并以脑卒中空间知识图谱数据库的形式进行展示，本申请利用通义千问2.1模型的自然语言处理能力，从文献中自动提取基因及其空间分布信息，并构建了动态更新的知识图谱，解决了现有技术中脑卒中空间异质性研究的数据整合效率低、标注准确性不足及动态关联不足等问题。
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公开(公告)号：CN118447502A
公开(公告)日：2024-08-06
申请号：CN202410896593.8
申请日：2024-07-05
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
IPC: G06V20/69 , G06V10/30 , G06V10/44 , G06V10/26 , G06V10/52 , G06V10/764 , G06V10/82 , G06N3/0455 , G06N3/0464 , G06N3/08 , G06T7/00 , G06T7/13 , G06T7/62 , G06T5/70 , G06T5/90
Abstract: 本发明提供了单细胞轮廓识别与提取的方法、系统、设备及存储介质，属于图像处理技术领域。所述的方法包括如下步骤：S1、采集图像；S2、图像数据增强；S3、U‑net分割；S4、细胞外轮廓识别；S5、剔除干扰；S6、保留分散的单细胞；S7、单细胞编号。本发明提供的方法通过输入染色后的组织切片，经过深度学习模型进行实例分割，识别组织中的单细胞，并进行编号，标注每个细胞的轮廓，去除重叠在一起的细胞，仅保留分散的单个细胞，从而实现单细胞轮廓的自动化提取输出。本发明提供的方法能够提高组织切片中单细胞识别的准确率和效率，为后续实验方法的开发提供强大的工具。
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公开(公告)号：CN117423400B
公开(公告)日：2024-04-12
申请号：CN202311738161.6
申请日：2023-12-18
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
Abstract: 本发明属于化学分析技术领域，公开了一种基于质谱数据的天然分子的解析方法和系统，该解析方法通过采集标准品质谱实验数据，建立标准品质谱数据库；收集天然产物信息，按照碎片裂解规律，得到虚拟裂解碎片结构，建立虚拟碎片库；设计数据库匹配算法；将标准品质谱数据库、虚拟碎片库以及数据库匹配算法编码为质谱数据智能解析计算机系统；将待解析天然产物的质谱数据输入计算机系统中，得到待解析天然产物的分子解析结果。该解析方法能够系统、准确地完成天然产物高分辨质谱数据智能解析，提高解析工作效率和质量。
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公开(公告)号：CN112980648B
公开(公告)日：2023-02-28
申请号：CN202110217398.4
申请日：2021-02-26
Applicant: 浙江大学
IPC: C12M1/00 , C12Q1/6806 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种高通量磁珠快速转移器，包括上、中、下三层的转移器本体，上层和中层通过旋转轴可转动连接，上层嵌设有强磁铁，中层活动设置有微针阵列，微针阵列底部设置在中层下表面且端部指向下层，中层和下层通过相匹配的锚定装置可拆分连接，下层设置有用于固定孔板的孔板插槽，孔板插槽下方设置有用于放置磁铁的空槽。本发明具有高通量优势，可以一次性对多个孔进行同样的操作，同时能够实现磁珠的快速吸附和释放。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN118925623A
公开(公告)日：2024-11-12
申请号：CN202411333729.0
申请日：2024-09-24
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
Abstract: 本发明公开了一种用于多通道浓度或粒径梯度水凝胶微球的微流控器件及应用。本发明所述微流控器件包括两个水相入口、一个油相入口、八个流动聚焦液滴生成十字微管道和八个出口；基于所述微流控器件，本发明还提供多通道浓度梯度或粒径梯度水凝胶微球的制备方法。本发明在以微流控技术生产水凝胶微球的基础上设计的微流控器件结构，用于同时生成不同载药浓度或粒径梯度的水凝胶微球，提升了生产效率及浓度可控性，为研究药物作用浓度提供更便捷的生产工具。
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公开(公告)号：CN118658535A
公开(公告)日：2024-09-17
申请号：CN202411133882.9
申请日：2024-08-19
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
Abstract: 本发明公开了一种基于脑组织空间转录组图谱的可视化方法，涉及空间转录组信息展示领域，其技术方案要点是获取脑组织，确定脑组织的脑区分布并切片；通过激光捕获显微切割技术和空间条形码技术进行细胞转录组测序，并构建数据库，所述数据库包括通过空间转录组图谱呈现的基因信息、脑区信息、标记基因信息、通路富集信息、基因表达谱信息和切片信息；构建与数据库链接的检索页面，通过检索页面以基因、脑区和切片中的任意一种为检索条目进行对数据库的检索，便于研究人员从多个角度快速检索到所需的数据。通过空间转录组图谱，数据库返回的检索结果得以通过3D可视化的形式进行展示。
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公开(公告)号：CN117079726B
公开(公告)日：2024-01-30
申请号：CN202311332719.0
申请日：2023-10-16
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
Abstract: 本发明涉及单细胞数据整合的领域，尤其是涉及一种基于单细胞的数据库可视化方法及相关设备，其包括建立数据库，存储收集的用于疾病治疗的潜在药物信息、蛋白和RNA层面的基因相互作用信息，以及包含单细胞层面的疾病研究的数据集；基于药物信息、基因相互作用信息以及数据集，整理成关系型数据表并存储在数据库内；获取输入的基因和药物列表，在数据库中检索，返回与基因和药物列表匹配的结果集；基于结果集，绘制包括聚类图、表达图谱或小提琴图的关系图形，并输出。本发明具有将单细胞研究数据与其他研究数据进行更好的整合，使得单细胞研究数据的访问更加直接的效果。(56)对比文件郑淮予.单细胞相关技术趋势分析算法研究《.中国优秀硕士学位论文全文数据库 基础科学辑》.2022,第2022年卷(第1期),A006-395.Xue-juan Li 等.CancerSCEM: a databaseof single-cell expression map acrossvarious human cancers《.2013 IEEEInternational Conference onBioinformatics and Biomedicine》.2022,第50卷(第D1期),D1147–D1155.郑光敏 等.单细胞测序数据的智能解析与数据库《.发育医学电子杂志》.2020,第8卷(第1期),8-14.
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公开(公告)号：CN117116349A
公开(公告)日：2023-11-24
申请号：CN202311052732.0
申请日：2023-08-21
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
Abstract: 本发明提供了一种基于单细胞转录组数据的药物响应细胞群排序方法及系统，涉及药物响应细胞群排序领域，该方法包括：根据已知细胞群类型的疾病状态下的scRNA‑seq数据构建每种细胞群的靶点基因调控网络GRN；根据药物靶点信息虚拟敲除掉所述GRN中的靶点，构建每种细胞群虚拟敲除靶点后的靶点基因调控网络tpGRN；通过流形对齐训练GRN中每个网络节点在GRN以及所述tpGRN中的低维表示；通过欧式距离计算每个网络节点在GRN以及tpGRN中的距离；综合考虑GRN以及tpGRN中药物靶点、2‑hop节点以及2‑hop节点的边的变化趋势对不同细胞群的药物响应进行打分，生成药物扰动分数，以对细胞群的药物响应进行排序，确定药物响应细胞群排序结果。本发明能够提高药物响应细胞群的推断准确度。
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公开(公告)号：CN112961902B
公开(公告)日：2023-02-24
申请号：CN202110217399.9
申请日：2021-02-26
Applicant: 浙江大学
IPC: C12Q1/6806
Abstract: 本发明公开了一种对大量样本进行标记的DNA条形码标记方法。该方法包括以下步骤：(1)建立立体孔阵；(2)将立体孔阵沿X、Y、Z方向分别标记为NX1～NXn、NY1～NYn和NZ1～NZn；(3)将连接至磁珠的第一段序列、第二段序列和第三段序列分别沿X、Y、Z方向进行标记，并与孔相对应；(4)将具有与磁珠孔坐标相同标记的第一段序列、第二段序列和第三段序列依次添加至相应的孔内，然后将组织样本置于相应孔内即可。本申请设计了一个立方体孔阵，使得加入条形码序列的操作是系统化的，这样就能够在已知合成磁珠条形码序列的前提下，实现同时对成千上万个组织样本进行标记。
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