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公开(公告)号：CN118658535B
公开(公告)日：2024-11-01
申请号：CN202411133882.9
申请日：2024-08-19
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
Abstract: 本发明公开了一种基于脑组织空间转录组图谱的可视化方法，涉及空间转录组信息展示领域，其技术方案要点是获取脑组织，确定脑组织的脑区分布并切片；通过激光捕获显微切割技术和空间条形码技术进行细胞转录组测序，并构建数据库，所述数据库包括通过空间转录组图谱呈现的基因信息、脑区信息、标记基因信息、通路富集信息、基因表达谱信息和切片信息；构建与数据库链接的检索页面，通过检索页面以基因、脑区和切片中的任意一种为检索条目进行对数据库的检索，便于研究人员从多个角度快速检索到所需的数据。通过空间转录组图谱，数据库返回的检索结果得以通过3D可视化的形式进行展示。
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公开(公告)号：CN118737275A
公开(公告)日：2024-10-01
申请号：CN202410773192.3
申请日：2024-06-17
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
Abstract: 本发明提供了一种Bulk转录组数据增强空间基因表达分辨率的方法，涉及生物信息技术领域，该方法分三步实施：首先，整合与优化数据输入，涉及Bulk与空间转录组数据的预处理、共同高度表达基因的选择以及通过MuSiC软件进行的解卷积操作，产出基因在空间聚类上的丰度矩阵。其次，通过构建“伪Bulk”基因表达矩阵并与实际Bulk数据对比，调整空间转录组的表达估算，此过程利用变量因子矩阵实现精确调整。相比现有技术，本发明显著增强了空间基因表达的解析能力，为生物医学研究提供了强大的工具，促进了对复杂组织结构中基因表达模式的深入理解。
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公开(公告)号：CN118109286A
公开(公告)日：2024-05-31
申请号：CN202410258321.5
申请日：2024-03-07
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
Abstract: 本发明涉及DNA条形码序列合成技术领域，具体涉及一种DNA条形码序列合成仪、控制系统及合成方法，控制系统，包括设备管理模块、工作流管理模块、数据与管理模块、故障与管理模块、软件平台、LIMS‑API模块、调度与引擎模块、应用模块，合成仪包括存储器、处理器、机械手、封撕膜一体机、PCR仪、离心机、磁力震荡机、液体工作站、声波移液系统、移液站、摇匀器、涡旋仪、开关盖机、洗板机、孵育仪、过滤器，以及采用上述合成仪的合成方法，本发明的有益效果为，实现了DNA条形码序列的自动化合成，提高了合成效率。
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公开(公告)号：CN119875809A
公开(公告)日：2025-04-25
申请号：CN202510028510.8
申请日：2025-01-08
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
IPC: C12M1/34 , C12M1/42 , C12M1/00 , C12Q1/6874 , C12Q1/6806 , B01L3/00
Abstract: 本发明公开了一种高分辨率高通量位置信息的空间转录组微流控芯片及制备方法。所述空间转录组微流控芯片包括微坑阵列层、空间条形码X编码层、空间条形码Y编码层、空间条形码Z编码层，利用所述空间转录组微流控芯片采用简单的操作步骤即可将X、Y、Z三个维度上各100种编码序列依次连接构成100万种空间条形码信息，用于记录100万个微坑对应的位置信息，其分辨率达到10μm及以下，点阵数量达到百万级水平，在基于空间条形码的空间转录组测序中具有良好的应用前景。
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公开(公告)号：CN119709951A
公开(公告)日：2025-03-28
申请号：CN202510221432.3
申请日：2025-02-27
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6869 , C12Q1/6888 , C12Q1/6883 , C40B50/06
Abstract: 本发明提供了一种基于激光显微切割系统和DNA条形码标记的空间转录组高通量测序方法及其应用，具体属于基因测序技术领域。本发明所述空间转录组高通量测序方法，包括以下步骤：两步法合成DNA空间条形码；将DNA空间条形码和细胞裂解液与单细胞混合，裂解，捕获mRNA，逆转录，PCR扩增，得到cDNA；进行cDNA文库构建，测序，对测序结果进行处理，并进行空间转录组数据分析。本发明所述空间转录组高通量测序方法具有较高的细胞通量，能获得单细胞空间分辨率。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN117746998A
公开(公告)日：2024-03-22
申请号：CN202310816505.4
申请日：2023-07-05
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
IPC: G16B50/00 , C12Q1/6886 , G16B30/00 , G16B20/20
Abstract: 本发明公开了一种基于单细胞转录组数据预测细胞外囊泡miRNA介导的细胞间通讯的方法，涉及细胞间通讯预测技术领域，其技术方案要点是：本发明构建了miRTalkDB数据库，并基于该数据库识别出scRNA‑seq数据中的细胞外囊泡miRNA及其靶基因，通过自主设计的概率学模型计算细胞外囊泡miRNA与其靶基因相互作用的概率，进而预测出细胞间通讯。本发明建立了国内首个细胞外囊泡miRNA‑靶点互作数据库，首次提供了基于单细胞转录组测序数据可视化细胞外囊泡miRNA介导的细胞间通讯的功能。
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公开(公告)号：CN117423400A
公开(公告)日：2024-01-19
申请号：CN202311738161.6
申请日：2023-12-18
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
Abstract: 本发明属于化学分析技术领域，公开了一种基于质谱数据的天然分子的解析方法和系统，该解析方法通过采集标准品质谱实验数据，建立标准品质谱数据库；收集天然产物信息，按照碎片裂解规律，得到虚拟裂解碎片结构，建立虚拟碎片库；设计数据库匹配算法；将标准品质谱数据库、虚拟碎片库以及数据库匹配算法编码为质谱数据智能解析计算机系统；将待解析天然产物的质谱数据输入计算机系统中，得到待解析天然产物的分子解析结果。该解析方法能够系统、准确地完成天然产物高分辨质谱数据智能解析，提高解析工作效率和质量。
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公开(公告)号：CN117079726A
公开(公告)日：2023-11-17
申请号：CN202311332719.0
申请日：2023-10-16
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
Abstract: 本发明涉及单细胞数据整合的领域，尤其是涉及一种基于单细胞的数据库可视化方法及相关设备，其包括建立数据库，存储收集的用于疾病治疗的潜在药物信息、蛋白和RNA层面的基因相互作用信息，以及包含单细胞层面的疾病研究的数据集；基于药物信息、基因相互作用信息以及数据集，整理成关系型数据表并存储在数据库内；获取输入的基因和药物列表，在数据库中检索，返回与基因和药物列表匹配的结果集；基于结果集，绘制包括聚类图、表达图谱或小提琴图的关系图形，并输出。本发明具有将单细胞研究数据与其他研究数据进行更好的整合，使得单细胞研究数据的访问更加直接的效果。
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公开(公告)号：CN119626575A
公开(公告)日：2025-03-14
申请号：CN202510162109.3
申请日：2025-02-14
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
Abstract: 本申请公开了一种脑卒中空间知识图谱数据库的构建方法、装置、设备及介质，涉及大数据分析技术领域。本申请利用通义千问2.1模型深入挖掘和分析公开可获取的论文，识别和标注与缺血性脑卒的基因、生理区域、病理区域的空间分布情况，并以脑卒中空间知识图谱数据库的形式进行展示，本申请利用通义千问2.1模型的自然语言处理能力，从文献中自动提取基因及其空间分布信息，并构建了动态更新的知识图谱，解决了现有技术中脑卒中空间异质性研究的数据整合效率低、标注准确性不足及动态关联不足等问题。
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公开(公告)号：CN118447502A
公开(公告)日：2024-08-06
申请号：CN202410896593.8
申请日：2024-07-05
Applicant: 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
IPC: G06V20/69 , G06V10/30 , G06V10/44 , G06V10/26 , G06V10/52 , G06V10/764 , G06V10/82 , G06N3/0455 , G06N3/0464 , G06N3/08 , G06T7/00 , G06T7/13 , G06T7/62 , G06T5/70 , G06T5/90
Abstract: 本发明提供了单细胞轮廓识别与提取的方法、系统、设备及存储介质，属于图像处理技术领域。所述的方法包括如下步骤：S1、采集图像；S2、图像数据增强；S3、U‑net分割；S4、细胞外轮廓识别；S5、剔除干扰；S6、保留分散的单细胞；S7、单细胞编号。本发明提供的方法通过输入染色后的组织切片，经过深度学习模型进行实例分割，识别组织中的单细胞，并进行编号，标注每个细胞的轮廓，去除重叠在一起的细胞，仅保留分散的单个细胞，从而实现单细胞轮廓的自动化提取输出。本发明提供的方法能够提高组织切片中单细胞识别的准确率和效率，为后续实验方法的开发提供强大的工具。
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