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公开(公告)号：CN115651973B
公开(公告)日：2023-09-29
申请号：CN202211093343.8
申请日：2022-09-08
Applicant: 苏州京脉生物科技有限公司 , 上海交通大学
IPC: C12Q1/6869 , G16B40/00 , G16B30/00
Abstract: 本申请提供一种可传代细胞的高保真甲基化位点的分离与分析方法，包括步骤：(A)将可传代细胞进行传代培养多代后，取不同代数的细胞进行基因组DNA提取，作为实验样本；(B)将spike‑in加入实验样本中，进行重亚硫酸盐转化，构建简并代表性重亚硫酸盐测序文库，并进行测序；所述spike‑in为甲基化和未甲基化的lambda DNA；(C)对于测序数据，根据spike‑in计算转化效率和错误转化率最终对甲基化水平的评估产生偏差，并且对每个位点的DNA甲基化水平采用二项分布近似贝叶斯模型进行定量检测，通过比较不同代别的甲基化水平得到高保真甲基化位点。
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公开(公告)号：CN116106540A
公开(公告)日：2023-05-12
申请号：CN202310145143.0
申请日：2023-02-21
Applicant: 上海交通大学
IPC: G01N33/535 , G01N33/569 , G01N23/223 , G01N21/78 , G01N33/58
Abstract: 本发明提供了一种用于生物大组织高分辨率成像的标记方法，具体的，本发明提供了一种对组织样本进行均匀可控性免疫标记的方法。本发明的方法可同时解决特异性标记、大尺度样本均匀标记和反差强度可控三个问题，实现对生物大组织高分辨率成像的特定结构标记。
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公开(公告)号：CN115985392A
公开(公告)日：2023-04-18
申请号：CN202310051198.5
申请日：2023-02-02
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种高密度样品基因测序方法，通过分别采集按二维点阵排列的高密度测序样品的A、C、T、G四通道荧光采集图像各一次并确定每个荧光信号的衍射斑中心位置，从而计算得到样品点阵的整体空间位置分布并确定每一个样品点在成像时单独存在信号情况下的荧光信号计算图像，再根据该荧光信号图像对耦合图像进行解耦，得到每个样品点的信号强度，通过对每一样品点在每一次成像时不同波长通道的信号强度分析，确定每一样品点中核酸的碱基排布顺序。本发明在现有测序仪器的基础上，最小可以将样品分布间距减小到成像系统分辨率的0.45倍，且保持读取错误率为万分之一。缩小样品间距到成像系统分辨率的0.36倍，保持错误率为千分之一。
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公开(公告)号：CN115527610A
公开(公告)日：2022-12-27
申请号：CN202211396624.0
申请日：2022-11-09
Applicant: 上海交通大学 , 苏州京脉生物科技有限公司
Abstract: 本申请涉及一种单细胞组学数据的聚类分析方法，包括步骤：S1，将单细胞基因组学数据进行标准化预处理，获得预处理数据；S2，将S1的预处理数据进行多层次聚类，根据不断增加干扰条件来分析单细胞聚类的结构特征，再采用细胞聚类流向获得聚类结果；S3，对S2获得的聚类结果，采用罚函数计算聚类结果的稳定性分值，从而得到稳定性高的聚类结果；S4，根据S3获得的稳定性高的聚类结果的稳定性变化体系及对应的聚类数目出现的频次，得到最适聚类数目及细胞子群的类型和聚类结果。
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公开(公告)号：CN113322314B
公开(公告)日：2022-11-29
申请号：CN202110626124.0
申请日：2021-06-04
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6869 , G01N1/30 , G01N1/28 , G01N1/42
Abstract: 本发明提供了一种单细胞空间转录组分析方法。具体地，本发明提供了一种可以检测非解离状态的单细胞空间转录组。本发明的方法可以在保有组织中细胞空间位置信息的基础上，高通量地收集单细胞，通过二代高通量测序，获得高灵敏度、高重复性和可定量化的细胞转录组数据，并基于每个目标细胞的三维坐标值，将每个目标细胞的单细胞空间转录组测序数据映射于组织样品的对应空间上，从而获得组织样品的单细胞空间转录组测序数据集。本发明的方法可广泛应用于正常和疾病组织的单细胞基因表达定量研究，为组织中细胞状态和功能研究提供更高效和准确的工具。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN114371206B
公开(公告)日：2022-11-11
申请号：CN202210036356.5
申请日：2022-01-13
Applicant: 上海交通大学
IPC: G01N27/327 , G01N27/26
Abstract: 一种稳定均一纳米孔的制备方法，将纳米孔单体与粒径均匀的脂质囊泡生理缓冲液悬浊液混合孵育，在脂质囊泡上形成均匀稳定的纳米孔前体；依次加入解锁剂使脂质囊泡上的纳米孔前体形成纳米孔，加入交联剂使形成的纳米孔结构更稳固，加入表面活性剂破坏脂质囊泡，使纳米孔进入水溶液，形成纳米孔与脂质的混合液；经分离纯化得到分子量一致、孔径均一、结构稳固的纳米孔。本发明得到的成孔蛋白能够在特制的脂质囊泡上形成预成孔复合物，再结合使用交联剂和表面活性剂使得纳米孔的结构更加稳固、成孔成功率更高。
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公开(公告)号：CN113049804B
公开(公告)日：2022-09-09
申请号：CN202110287551.0
申请日：2021-03-17
Applicant: 上海交通大学
IPC: G01N33/532 , G01N33/533
Abstract: 本发明提供了一种快速生物组织标记的方法，具体地，本发明提供了一种对组织样本进行免疫标记的方法，包括步骤：(a)提供一标记体系，所述标记体系含有待进行免疫标记的组织样本、用于对所述组织样本进行标记的探针和缓冲液；和(b)将所述的标记体系置于电场作用下进行标记处理，从而使得所述的探针进入所述组织样本内部，从而对所述组织样本进行免疫标记，获得经免疫标记的组织样本，所述的电场具有以下特征：电流密度的变化范围为0.1‑0.3mA/mm2。本发明的方法可显著减少完整透明化组织免疫标记的时间，并且组织的宏观和微观结构都不会被破坏，保持组织的完整性。
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公开(公告)号：CN108796039B
公开(公告)日：2021-10-08
申请号：CN201810697732.9
申请日：2018-06-29
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6806
Abstract: 本发明公开了一种用于DNA甲基化检测的试剂盒，其至少包括生物素标记的甲基化的λ‑DNA和链霉素包被的磁珠。还公开了该试剂盒在少量DNA样品甲基化检测中的应用，样品量可低至1ng。本发明还公开了一种DNA甲基化检测的方法及其应用。本发明提供的技术方案显著降低了DNA甲基化检测所需的最低起始样品量，且不需要特定的试剂盒和实验设备，节省成本，具有较高的普适性。在富集甲基化DNA的同时不引入外源DNA污染，若采取文库构建和高通量测序的检测方法时不会受到外源DNA信息的影响，有利于进一步降低测序成本，提高数据质量。
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公开(公告)号：CN113049804A
公开(公告)日：2021-06-29
申请号：CN202110287551.0
申请日：2021-03-17
Applicant: 上海交通大学
IPC: G01N33/532 , G01N33/533
Abstract: 本发明提供了一种快速生物组织标记的方法，具体地，本发明提供了一种对组织样本进行免疫标记的方法，包括步骤：(a)提供一标记体系，所述标记体系含有待进行免疫标记的组织样本、用于对所述组织样本进行标记的探针和缓冲液；和(b)将所述的标记体系置于电场作用下进行标记处理，从而使得所述的探针进入所述组织样本内部，从而对所述组织样本进行免疫标记，获得经免疫标记的组织样本，所述的电场具有以下特征：电流密度的变化范围为0.1‑0.3mA/mm2。本发明的方法可显著减少完整透明化组织免疫标记的时间，并且组织的宏观和微观结构都不会被破坏，保持组织的完整性。
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公开(公告)号：CN106769350B
公开(公告)日：2019-11-22
申请号：CN201710049563.3
申请日：2017-01-20
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明涉及一种用于富含脂滴组织快速完全透明化的方法，具体地，本发明的方法包括以下步骤：提供一水凝胶固定处理后的富含脂滴的组织样品；对所述的组织样品进行透明化预处理，得到预处理样品；对所述的预处理样品进行透明化处理，得到透明化样品；以及对所述的透明化样品进行透明化后处理，得到透明化终样品。本发明的方法不会对生物组织的精细结构造成破坏，并且可以显著提高生物组织的光学成像的深度。
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