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公开(公告)号：CN113322314A
公开(公告)日：2021-08-31
申请号：CN202110626124.0
申请日：2021-06-04
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6869 , G01N1/30 , G01N1/28 , G01N1/42
Abstract: 本发明提供了一种单细胞空间转录组分析方法。具体地，本发明提供了一种可以检测非解离状态的单细胞空间转录组。本发明的方法可以在保有组织中细胞空间位置信息的基础上，高通量地收集单细胞，通过二代高通量测序，获得高灵敏度、高重复性和可定量化的细胞转录组数据，并基于每个目标细胞的三维坐标值，将每个目标细胞的单细胞空间转录组测序数据映射于组织样品的对应空间上，从而获得组织样品的单细胞空间转录组测序数据集。本发明的方法可广泛应用于正常和疾病组织的单细胞基因表达定量研究，为组织中细胞状态和功能研究提供更高效和准确的工具。
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公开(公告)号：CN115527610B
公开(公告)日：2023-11-24
申请号：CN202211396624.0
申请日：2022-11-09
Applicant: 上海交通大学 , 苏州京脉生物科技有限公司
Abstract: 本申请涉及一种单细胞组学数据的聚类分析方法，包括步骤：S1，将单细胞基因组学数据进行标准化预处理，获得预处理数据；S2，将S1的预处理数据进行多层次聚类，根据不断增加干扰条件来分析单细胞聚类的结构特征，再采用细胞聚类流向获得聚类结果；S3，对S2获得的聚类结果，采用罚函数计算聚类结果的稳定性分值，从而得到稳定性高的聚类结果；S4，根据S3获得的稳定性高的聚类结果的稳定性变化体系及对应的聚类数目出现的频次，得到最适聚类数目及细胞子群的类型和聚类结果。
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公开(公告)号：CN115527610A
公开(公告)日：2022-12-27
申请号：CN202211396624.0
申请日：2022-11-09
Applicant: 上海交通大学 , 苏州京脉生物科技有限公司
Abstract: 本申请涉及一种单细胞组学数据的聚类分析方法，包括步骤：S1，将单细胞基因组学数据进行标准化预处理，获得预处理数据；S2，将S1的预处理数据进行多层次聚类，根据不断增加干扰条件来分析单细胞聚类的结构特征，再采用细胞聚类流向获得聚类结果；S3，对S2获得的聚类结果，采用罚函数计算聚类结果的稳定性分值，从而得到稳定性高的聚类结果；S4，根据S3获得的稳定性高的聚类结果的稳定性变化体系及对应的聚类数目出现的频次，得到最适聚类数目及细胞子群的类型和聚类结果。
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公开(公告)号：CN113322314B
公开(公告)日：2022-11-29
申请号：CN202110626124.0
申请日：2021-06-04
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6869 , G01N1/30 , G01N1/28 , G01N1/42
Abstract: 本发明提供了一种单细胞空间转录组分析方法。具体地，本发明提供了一种可以检测非解离状态的单细胞空间转录组。本发明的方法可以在保有组织中细胞空间位置信息的基础上，高通量地收集单细胞，通过二代高通量测序，获得高灵敏度、高重复性和可定量化的细胞转录组数据，并基于每个目标细胞的三维坐标值，将每个目标细胞的单细胞空间转录组测序数据映射于组织样品的对应空间上，从而获得组织样品的单细胞空间转录组测序数据集。本发明的方法可广泛应用于正常和疾病组织的单细胞基因表达定量研究，为组织中细胞状态和功能研究提供更高效和准确的工具。
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