公开(公告)号：CN118866166B

公开(公告)日：2025-01-07

申请号：CN202411372121.9

申请日：2024-09-29

Applicant: 厦门大学

Inventor： 苏劲松 ,  宋佳 ,  庄婉如 ,  林渝杰

IPC: G16C20/50 ,  G06F18/214 ,  G06F18/24 ,  G06N3/088

Abstract: 本申请提出了一种基于二维分子图的分子类药性无监督预测方法及装置，其中，该方法包括：首先，在大量包括类药和非类药分子的数据库ChEMBL上，通过原子掩码预测和化学键掩码预测的预训练任务训练教师模型，使其学到了和类药性高度相关的分子拓扑结构的特征；然后，仅在药物数据上蒸馏出一个与教师模型结构相同的学生模型；接着，将一个任意分子分别输入到教师模型和学生模型，并将两个模型输出的特征表示的差距作为这个任意分子的类药性分数；最后，根据类药性分数对这个任意分子的类药性进行预测，以得到预测结果；由此，通过训练好的教师模型和学生模型能够直接捕捉和类药性高度相关的分子特征，同时极大地缓解了一维序列模型的长度偏差问题。

公开(公告)号：CN119864091A

公开(公告)日：2025-04-22

申请号：CN202411933688.9

申请日：2024-12-26

Applicant: 厦门大学

Inventor： 杨朝勇 ,  刘沛 ,  宋佳

IPC: G16B40/20 ,  G16B25/10 ,  G06N3/042 ,  G06N3/045 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/084 ,  G06V10/40 ,  G06F16/901 ,  G06N3/09

Abstract: 本发明公开了一种基于图卷积神经网络的空间转录组数据注释方法及装置，包括：获取待注释的癌症交界区切片的空间转录组数据并进行标准化，提取标准化后的空间转录组数据中的高变基因作为特征表达矩阵；基于空间转录组切片的区域之间的位置信息和特征表达矩阵构建初始图结构；将H&E图像按照空间转录组切片的每个区域进行切割，得到对应的H&E图像块；将对应的H&E图像块输入到图像特征提取模块，提取得到对应的图像特征，将对应的图像特征整合到初始图结构中，得到最终图结构；将最终图结构输入到经训练的空间转录组数据注释模型，得到待注释的癌症交界区切片的空间转录组数据中每个区域的注释结果。本发明能够有效提高预测注释的准确率。

公开(公告)号：CN119474396A

公开(公告)日：2025-02-18

申请号：CN202411278245.0

申请日：2024-09-12

Applicant: 厦门大学

Inventor： 苏劲松 ,  闵子君 ,  刘冰帅 ,  宋佳 ,  张亮

IPC: G06F16/36 ,  G06F16/383 ,  G16C20/90 ,  G16C20/70 ,  G06N3/0455 ,  G06N3/0895

Abstract: 本发明提出了一种多粒度对齐的文本分子检索模型的训练、检索方法及装置，该训练方法包括获取分子异构图和对应的文本描述，分子异构图包括原子节点、子结构节点和分子节点，分子节点与全部子结构节点相连，每个子结构节点与其包括的原子节点相连；构建文本分子检索模型，并将文本描述输入到文本分子检索模型以得到词元表示和句子表示；将分子异构图输入到文本分子检索模型以得到原子表示、子结构表示和分子表示；将词元表示和子结构表示之间的对齐关系建模成最优传输问题，并聚合与每个子结构表示对齐的词元表示，以得到多词元表示；采用对比学习损失函数优化多粒度之间的对齐，以得到训练好的文本分子检索模型；从而提高检索结果的准确性。

公开(公告)号：CN118866166A

公开(公告)日：2024-10-29

申请号：CN202411372121.9

申请日：2024-09-29

Applicant: 厦门大学

Inventor： 苏劲松 ,  宋佳 ,  庄婉如 ,  林渝杰

IPC: G16C20/50 ,  G06F18/214 ,  G06F18/24 ,  G06N3/088

Abstract: 本申请提出了一种基于二维分子图的分子类药性无监督预测方法及装置，其中，该方法包括：首先，在大量包括类药和非类药分子的数据库ChEMBL上，通过原子掩码预测和化学键掩码预测的预训练任务训练教师模型，使其学到了和类药性高度相关的分子拓扑结构的特征；然后，仅在药物数据上蒸馏出一个与教师模型结构相同的学生模型；接着，将一个任意分子分别输入到教师模型和学生模型，并将两个模型输出的特征表示的差距作为这个任意分子的类药性分数；最后，根据类药性分数对这个任意分子的类药性进行预测，以得到预测结果；由此，通过训练好的教师模型和学生模型能够直接捕捉和类药性高度相关的分子特征，同时极大地缓解了一维序列模型的长度偏差问题。

公开(公告)号：CN119662779A

公开(公告)日：2025-03-21

申请号：CN202411914141.4

申请日：2024-12-24

Applicant: 厦门大学 ,  翔安创新实验室

Inventor： 杨朝勇 ,  秦雅斐 ,  尹坤 ,  张文耀 ,  程蕊 ,  刘沛 ,  林世超 ,  宋佳

IPC: C12Q1/6806 ,  C12Q1/6841 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种时空转录组学方法，包括如下步骤：步骤一，构建空间转录组测序芯片，所述空间转录组测序芯片上设有具空间坐标的捕获探针；步骤二，采用核苷酸类似物进行代谢标记，标记完成后进行冷冻包埋切片，将切好的组织切片贴在测序芯片上，固定透化以使细胞释放mRNA被空间转录组测序芯片上的捕获探针原位捕获；步骤三，用核苷转化试剂处理进行处理，引起对应cDNA中碱基突变，从而将新生的RNA与原来的RNA区分开来；步骤四，分析不同外部刺激时间下RNA的动态变化。

公开(公告)号：CN119432990A

公开(公告)日：2025-02-14

申请号：CN202411881341.4

申请日：2024-12-19

Applicant: 厦门大学

Inventor： 杨朝勇 ,  许依玲 ,  尹坤 ,  余敏 ,  丘宇童 ,  邹宇宁 ,  张惠敏 ,  宋佳

IPC: C12Q1/6869

Abstract: 一种组织切片的空间转录组原位测序方法，涉及基因测序领域，包括：1)原位捕获mRNA；2)逆转录得cDNA；3)去组织保留cDNA；4)cDNA探针杂交；5)原位扩增；6)荧光探针解码测序；7)清洗探针，多轮测序。本发明原位捕获RNA并逆转录为cDNA，实现核酸印迹转移，去除背景干扰，解决RNA降解问题，允许多轮杂交增检测通量。核酸序列共价结合玻片，防信号点移位脱落。用DNA编码挂锁探针识别基因，扩增放大信号，测序解码揭示基因表达。清洗探针后，换探针杂交扩增，提高通量，减少空间拥挤和荧光信号拥挤。

公开(公告)号：CN118260592A

公开(公告)日：2024-06-28

申请号：CN202410342673.9

申请日：2024-03-25

Applicant: 厦门大学

Inventor： 苏劲松 ,  宋佳 ,  庄婉如 ,  林渝杰 ,  张亮

IPC: G06F18/214 ,  G06F18/213 ,  G06F18/22 ,  G06N3/0455 ,  G06N3/042 ,  G06N3/094 ,  G06F16/2455

Abstract: 本发明提出了一种基于跨模态检索模型的检索方法及装置，该方法包括获取第一跨模数据和对应的第二跨模数据，以便得到成对的训练数据集；建立跨模态检索模型，并采用训练数据集对跨模态检索模型进行训练，其中，跨模态检索模型包括多模态编码器、判别器和基于记忆向量的模态共享特征提取器，以便采用基于记忆向量的模态共享特征提取器增强模态交互，并在训练过程中利用二阶相似度损失增强模态对齐；基于训练好的跨模态检索模型对待检索的第一跨模数据进行检索，以生成待检索的第一跨模数据对应的第二跨模数据；由此，通过在模型结构上加强了模态交互，而且在训练目标上利用二阶相似度增强模态对齐，从而有效提升了跨模态检索模型的检索效果。