本发明公开了一种低剖面多层频率选择表面复材天线罩的制备方法，包括以下步骤：分别热压成型，以形成若干层复材透波基体；处理复材透波基体的表面；在复材透波基体顶面制备激光活化膜；在复材透波基体顶面激光刻蚀；清洗，以去除激光活化膜；在激光刻蚀区域沉积导电金属；对导电层进行激光刻蚀修形；将所有设置有导电层的复材透波基体依次堆叠并热压成型；热压成型，以在最下方复材透波基材的底端和最上方导电层的顶端制备绝缘保护层。本发明能够高效且高质量地制备低剖面多层频率选择表面复材天线罩。