本发明提供了一种齿轨列车运行控制方法、装置及系统，包括：获取多个列车的位置信息，位置信息包括：齿轨段区段信息、黏着路段位置信息；根据每个列车所追踪列车的位置信息确定该列车的追踪方式，基于追踪方式计算该列车的授权点；根据每个列车对应的位置信息确定该列车的限速运行方式；以及，发送授权点与限速运行方式至对应列车。本发明通过获取多个列车的位置信息，并配置基于位置信息的追踪方式与运行方式，根据每个列车所追踪列车(前车)是位于黏着路段或者位于齿轨区段来确定不同的追踪方式与，以及，根据列车所在的位置信息确定列车对应的限速运行方式；从而基于运行方式与追踪方式的切换实现对齿轨列车的智能化自动运行控制。