本申请涉及一种保护尿素喷射系统的控制方法及装置，属于发动机后处理技术领域，方法包括：当尿素喷射系统完成预注后，判断是否同时满足下述条件：1)尿素喷射系统完成尿素溶液预注；2)尿素喷射系统未收到喷射请求；3)SCR入口排气温度大于预注温度且达到设定值；4)SCR入口排气流量大于预注流量且达到设定值；5)SCR入口NOx浓度大于预注浓度且达到设定值；6)距离上次尿素溶液吹扫时间大于设定值。若是则计时器开始计时，并计时器时长达到设定值，则触发尿素喷射系统的吹扫功能。本申请避免并解决了尿素喷射系统预注后频繁吹扫动作，导致后处理器内出现尿素分解不完全，在后处理器排气管壁面或催化器内形成结晶的问题。