本发明涉及隧道工程领域，具体涉及一种穿越大型全充填溶洞的隧底复合式加固处理方法，对待加固处理的区域进行分区，在隧道的纵向方向上，分为至少两个区域，包括第一加固区和第二加固区；依次进行以下步骤：S1.对第一加固区，施作下部串珠状小溶洞范围内的下部加固结构，同时对第二加固区，施作上部全充填溶洞范围内的上部加固结构；S2.对第一加固区，施作上部全充填溶洞范围内的上部加固结构，同时对第二加固区，施作下部串珠状小溶洞范围内的下部加固结构。本发明的一种穿越大型全充填溶洞的隧底复合式加固处理方法，能够增加作业面，缩短隧底加固时间。