本发明公开了一种空天飞行器内外压平衡系统设计方法，属于航天运输系统领域。该方法包括飞行器舱室内外压平衡方案、通气孔的位置选择、通气孔的大小及形状选择，舱内容积和通气孔大小关系，舱内仪器设备布局和热流环境对通气孔位置的约束，及方案合理性验证方法。本设计方法相对较为简单，易于实现，无其他附加的机构或控制元器件，不仅不增加额外重量，而且避免了因系统冗余复杂而产生的可靠性降低问题，而且普适性强，不仅适用于带翼空天飞行器，对于非密封式的可穿越大气层飞行器的飞行器，均可适用。