本发明公开了一种汽车自动关窗系统及其控制方法，系统包括连接在汽车总线上的车窗控制器，汽车总线上设置有总线网关，该总线网关通过总线转换模块与微控制器相连，在微控制器的输出端连接有继电器模块，微控制器用于获取当前车辆的钥匙档位信号与车窗位置信号，并根据当前车辆的钥匙档位信号与车窗位置信号控制所述车窗控制器和继电器模块工作。其显著效果是：在汽车通过遥控钥匙关闭车门的瞬间由微控制器输出控制信号，短时触发车辆带电，再通过汽车总线输出升窗命令，实现升窗；不需要对原车的车窗控制器的程序和原有的车载电路进行改造，结构简单，安装方便；同时，升窗命令是在原有车窗控制器带电状态时发出，通用性好。